MetagenomeDB

MetagenomeDB je knihovna Pythonu navrženy tak, aby snadno ukládat, načítat a komentovat metagenomic sekvence. & Nbsp; MetagenomeDB působí jako abstrakce vrstva na vrcholu databáze MongoDB. To poskytuje API vytvářet a upravovat a spojit dva typy objektů, jmenovitě sekvencí a sbírkách:
& Nbsp; * sekvence (Sequence třída), může být čte, contigs, PCR klonů, atd.
& Nbsp; * sady (třída Collection) reprezentuje sady sekvencí; např, čte vyplývající z sekvenování vzorku, contigs sestaven ze sady čte, PCR knihovny
Jakýkoli objekt lze komentovaný pomocí syntaxe slovníku-jako:
# První, dovážíme knihovnu
import MetagenomeDB jako MDB
# Pak jsme se vytvořit novou sekvenci objekt s dvěma
# (Povinné) vlastnosti, 'name' a 'sekvence "
s = mdb.Sequence ({"name": "Můj sekvence", "sekvence": "atgc"})
# Objekt může být nyní komentovaný
Tisk s ["délka"]
s ["type"] = "číst"
# Jednou upraven, je třeba objekt být spáchány
# Do databáze pro úpravy zůstanou
s.commit ()
Objekty typu sekvence nebo Collection je možné připojit k sobě, aby se představují různé metagenomic soubory dat. Příklady zahrnují, ale nejsou omezeny na:
& Nbsp; * sbírka přečte vyplývající ze sekvenčního běhu (vztah mezi roztroušenou Sequence objekty a jeden Collection)
& Nbsp; * soubor contigs vyplývající z montáže sady čte (vztah mezi dvěma sbírkových předmětů)
& Nbsp; * čtení, které jsou součástí kontigu (vztah mezi: vícenásobné sekvenční objektů a jedna sekvence)
& Nbsp; * sekvence, která je podobná další sekvencí (vztah mezi dvěma objekty sekvence)
& Nbsp; * kolekce, která je součástí většího kolekce (vztah mezi dvěma sbírkových předmětů)
Výsledkem je síť sekvencí a kolekce, které mohou být zkoumány pomocí specializovaných metod; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Každá z těchto metod umožňují sofistikovaných filtrů pomocí dotazování syntaxe MongoDB:
# Seznam všechny sbírky typu 'collection_of_reads "
# Sekvence "s" patří
Sbírky = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# Seznam všechny sekvence, které rovněž patří do těchto sbírek
# S délkou alespoň 50 bp
pro c se v kolekcích:
& Nbsp; tiskové c.list_sequences ({"délka": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB také poskytuje sadu nástrojů příkazového řádku dovážet nukleotidových sekvencí, proteinových sekvencí, výbuch a zarovnání FASTA algoritmů výstupu, a montážních souborů ACE. . Další nástroje jsme připravili přidat nebo odebrat více objektů, nebo je anotovat

Požadavky na :

• Python