mpiBLAST

Software screenshot:
mpiBLAST
Podrobnosti Software:
Verze: 1.4.0-pio / 1.5.0 Beta 1
Datum uploadu: 3 Jun 15
Vývojka: mpiBLAST team
Licence: Volný
Popularita: 35

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

mpiBLAST je založen MPI paralelní implementace NCBI BLAST. Projekt se skládá z dvojice programů, které nahrazují formatdb a blastall s verzemi, které provádějí BLAST úlohy paralelně na clusteru počítačů s MPI nainstalovanými. Existují dvě základní výhody použití mpiBLAST oproti tradičním výbuchu.
Za prvé, mpiBLAST rozdělí databázi přes každém uzlu v clusteru. Protože část každého uzlu databáze je menší, to může obvykle bydlí v nárazníkové-cache, čímž se získá významné zrychlení kvůli eliminaci disk I / O. Za druhé, to umožňuje uživatelům výbuch využít efektivní a low-cost Beowulf se seskupí, protože interprocessor komunikační požadavky jsou nízké.
mpiBLAST dosahuje super-lineární zrychlení v situacích, kdy databáze je příliš velký, aby se vešly do paměti RAM, a nedaleko lineární zrychlení v jiných situacích. To nevyžaduje speciální clusteru.
Požadavky:

Podobný software

ProteinShop
ProteinShop

12 May 15

pyNetConv
pyNetConv

3 Jun 15

Seal
Seal

14 Apr 15

SyntenyMiner
SyntenyMiner

3 Jun 15

Komentáře k mpiBLAST

Komentáře nebyl nalezen
Přidat komentář
Zapnout obrázky!