SSuMMo

SSuMMo je knihovna funkcí navržených kolem opakované použití HMMER přiřadit sekvencí taxonů. & Nbsp; Výsledky jsou velmi komentovaných stromy vykazující druh / distribuci rod v této komunitě.
Programy součástí se zdrojovým kódem jsou nástroje pro: -
- Vybudovat hierarchickou databázi skryté Markovovy modely - dictify.py;
- Přidělit sekvencí uznávaných taxonomické názvy - SSUMMO.py;
- Analyzovat biologické rozmanitosti, pomocí Simpson, Shannon a další methods- rankAbundance.py;
- Představit výsledky jako cladograms s výraznou schopností snadno cross-porovnávání datových sad - comparative_results.py
- Převod výsledků do formátu phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Build html reprezentace - dict_to_html.py.
- Spiknutí rozředění křivky a výpočet odpovídajících indexů v oblasti biologické rozmanitosti
Python zdrojový kód je zde k dispozici, na webu Google Code. Montované hierarchické databáze HMM, stejně jako optimalizovaný SQL taxonomie databáze (používá se pro odvození řady každého taxonu) si můžete stáhnout z: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Pro instalaci informací najdete v README. Pro informace o použití, je wiki (viz výše), a předběžný uživatelská příručka byla přidána do svn kufru

Požadavky na :.

• Python