RAPTOR

RAPTOR je inovativní software určený pro přesné predikci struktury proteinů. Kombinuje pokročilé nástroje pro analýzu v jednom integrovaném řešení softwaru a nabízí tři různé způsoby závitů. Raptor Unikátní celočíselné programování optimalizace přístup je efektivní pro nalezení šablon struktury cílů s nízkou sekvenční homologie, a je schopen generovat vysoce kvalitní modely. Snadno použitelné rozhraní a snadno pochopit E hodnoty jsou ideální pro začátečníky a experty. Především intuitivní zobrazení výstupu umožňuje uživatelům pochopit výsledky prostě na první pohled. Vzhledem k tomu, sekvenci cílového proteinu, v případě, že je homologní protein se známým 3D struktury, to může být zjištěno pomocí sekvence vyhledávací nástroje jako PSI-BLAST, také k dispozici ve RAPTOR. Struktura cílové je pak postaven ze známého struktury; nicméně, když sekvenční homologie není významná, tj méně než 25%, může PSI-BLAST ne přijít s jistý hit. Na rozdíl od PSI-BLAST, který prostě dělá hledání sekvence, bílkovin závitů, sklopné uznání, využívá jak homologní a struktura informací. Je to skenuje proteinovou sekvenci s neznámé struktury proti databázi známých konstrukcí. Použitím funkce bodování a provádění analýzy kompatibility mezi trojrozměrné struktury a lineární proteinových sekvencí, bude nejlépe strukturální šablona být identifikovány z něhož vycházejí strukturu se sekvencí v. Jako výsledek, protein závitů dává lepší předpověď než homologní modelování, když tam je okrajový sekvenční homologie

Omezení :.

Omezená funkčnost