Biopython

Vytvořil mezinárodní tým vývojářů, že je distribuován společné úsilí vyvinout Pythonu knihoven a aplikací, které se zaměřují na potřeby současných i budoucích pracuje v bioinformatiky.

Co je nového v Toto vydání:.

• Bio.Phylo má nyní strom stavební a konsensu moduly, ze na GSoC práci Yanbo Ye
• Bio.Entrez nyní automaticky stahovat a mezipaměti nové soubory NCBI DTD pro XML parsování v domovském adresáři uživatele (pomocí ~ / .biopython na Unixu, jako systému, a $ APPDATA / Biopython na Windows).
• Bio.Sequencing.Applications nyní obsahuje wrapper pro samtools nástroje příkazového řádku.
• Bio.PopGen.SimCoal nyní také podporuje fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-text, hmmer3-tab, a hmmer3-domtab nyní podporuje výstup z hmmer3.1b1.
• BioSQL nyní mohou používat balíček mysql-konektor (k dispozici pro Python 2, 3 a PyPy) jako alternativu k MySQLdb (Python 2 pouze) pro připojení k databázi MySQL.

Co je nového ve verzi 1.63:

• Nyní používá styl Python 3 vestavěné další funkce v Způsob místo .Dále Python 2 styl iterátorů "().
• Aktuální verze odstranil požadavek knihovny 2to3.

Co je nového ve verzi 1.62:.

• První vydání Biopython který oficiálně podporuje Python 3

Co je nového ve verzi 1.60:

• Nový modul Bio.bgzf podporuje čtení a psaní BGZF soubory ( blokován GNU Zip formát), varianta GZIP s účinnou náhodným přístupem, nejčastěji používá jako součást formátu BAM souboru a v tabix.
• GenBank / EMBL parser bude nyní dát upozornění na neuznaných zahrnuje umístění a pokračovat v analýze (opuštění funkci je místo jako žádné).
• Bio.PDB.MMCIFParser je nyní sestavuje ve výchozím nastavení (ale stále ještě nejsou k dispozici v jython, PyPy nebo Python 3).

Co je nového ve verzi 1.59:

• Nové Bio.TogoWS Modul nabízí wrapper pro TogoWS REST API.
• NCBI Entrez Načíst funkce Bio.Entrez.efetch byl aktualizován pro zpracování NCBI je přísnější zacházení s několika ID argumentů EFetch 2.0.

Co je nového ve verzi 1.58:

• Nové rozhraní a analyzátory pro PAML (Phylogenetic Analýza maximální věrohodnosti) balík programů, podporující codeml, baseml a yn00 stejně jako Python opětovné zavedení chi2 přidá jako modul Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO nyní obsahuje podporu pro čtení ABI souborů (& quot; Sanger & quot; kapilární sekvenční trasovací soubory, které obsahují názvem sekvenci s Phred vlastnostmi)
.
• Bio.AlignIO & quot; FASTA-m10 & quot; parser byl aktualizován, aby se vyrovnaly s obrysovými liniemi, jak je používán v Bill Pearson FASTA verze 3.36.

Co je nového ve verzi 1.57:.

• Biopython může být nyní instalována s PIP

Co je nového ve verzi 1.56:

• Modul Bio.SeqIO byl aktualizován na podporu protein EMBL soubory (používané k databázi patentů), IMGT soubory (varianta formátu EMBL souboru s pomocí Uri Laserson) a UniProt XML soubory.

Co je nového ve verzi 1.55:

• Hodně práce bylo na Python 3 podpory (via 2to3 skript), ale pokud jsme se rozešli něco, co by si nevšiml žádné změny.
• Pokud jde o nové funkce, nejnápadnější vrcholem je, že obálky třídy příkazového řádku aplikace, je nyní spustitelný, který by měl dělat to mnohem jednodušší volat externí nástroje.

Požadavky na :

• Python 2.6 nebo vyšší,