Topographica

Topographica je softwarový balíček pro počítačového modelování neuronových map.
Cílem je pomoci vědcům pochopit mozkové funkce na úrovni topografické mapy, které tvoří senzorické a motorické systémy.
Topographica má doplňují mnoho dobrých low-level neuron simulátory, které jsou k dispozici, jako je Genesis a Neuron. Tyto simulátory se zaměřují na modelování podrobně vnitřní chování neuronů a malých sítích z nich.
Topographica místo toho se zaměřuje na struktury a funkce ve velkém měřítku, které je viditelné pouze tehdy, když jsou připojeny tisíce takových neuronů do topografických map, které obsahují miliony připojení.
Mnohé důležité jevy nemohou být studovány bez těchto velkých sítí, včetně dvou-dimenzionální uspořádání vizuální orientace a směr pohybu map a objektů segmentace a seskupení procesů.
Chcete-li takové modely praktických, Topographica základní jednotkou je list neuronů, spíše než neuron nebo část neuronu.
Pro většinu simulace, listy mohou být implementovány na vysoké úrovni, skládající se z abstraktní vypalovací sazbou nebo integrovat-and-Fire neuronů.
V případě potřeby pro ověřování, nebo pro konkrétní jevy, Topographica lze snadno rozšířit pomocí list, který tvoří rozhraní na více detailních modelů neuronů v jiných simulátorech.
Méně detailní listy lze také dočasně použít, např při interakci s modelem v reálném čase.
Po celou dobu, Topographica usnadňuje používání vhodnou úroveň detailů a složitosti, jak je určeno k dispozici výpočetní sílu, jevy zájmů, a množství biologických dat k dispozici pro ověření.
Obrázek vpravo nahoře ukazuje příklad Topographica model raných fázích v zrakového systému, modelování, jak sítnice vstup je transformován thalamu, primární zrakové kůry a vyšší kortikální oblasti. Vzhledem k tomu, Topographica je univerzální mapa simulátor, ale také podporuje další smyslové modality, která je rozdělena na topografických mapách, jako je touch a sluchu, stejně jako motorová oblastech.
Topographica je volně k dispozici ke stažení, a je open source projekt, jehož schopnosti mohou být rozšiřovány a modifikovány kterýmkoliv uživatelem. Vítány jsou příspěvky od uživatelů, a pozvat zájemce do naší globálně distribuovaného vývojového týmu.
I když kód je stále ve velmi aktivním vývojem, je v každodenní použití v řadě výzkumných projektů a akademických tříd.
Vzhledem k rychlému tempu aktuálním vývoji, že developer je pravděpodobně nejlepší způsob, jak udržet krok s všechny změny.