The Chemistry Development Kit (také známý jako CDK) je nezávislý na platformě, volně distribuován a open source knihovnu software implementován v Javě a je navržen speciálně pro strukturální bioinformatiky, chemoinformatika a výpočetní chemie.
Projekt se skládá z různých užitečných algoritmů a datových struktur, speciálně vytvořenými pro programátory, kteří chtějí ušetřit spoustu času a úsilí o opakované použití kódu. The Chemistry Development Kit není určen pro použití koncovými uživateli.
Stručná charakteristika
Mezi klíčové funkce patří podpora pro čtení a zápis formátů chemické údaje, podporu pro renderování chemických struktur, podporu pro QSAR (Quantitative Structure & ndash; aktivita vztahu). Popisovačů, stejně jako vestavěné algoritmy pro podporu chemickou teorie grafů
Pro vaše pohodlí, aplikace je distribuován jako předpřipravených binárních souborů ve formátu JAR souboru. Pokud jej chcete použít v projektu, jednoduše stáhnout nejnovější stabilní verzi z Softoware pomocí výše uvedeného odkazu, kde můžete také najít program & rsquo; s. Zdrojový tarball
Programátoři naleznete podrobné informace o tom, jak sestavit program ze zdrojů, jak spustit různé testy, jakož i, jak ji použít v jiných programech v souboru Readme.txt, který je umístěn uvnitř archivu tar.gz..
Pod kapotou a podporovaných operačních systémů
se podrobněji podíváme pod kapotu CDK software (Chemistry Development Kit), můžeme zmínit, že byla napsána zcela v programovacím jazyce Java.
V současné době je plně kompatibilní s 32-bit a 64-bitové chutí GNU / Linux, Microsoft Windows a operačními systémy Mac OS X.. Mělo by však fungovat na libovolném operačním systému s podporou Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; a Java Development Kit (JDK) & nbsp; technologií
Co je nového v této verzi:
- formální náboj IAtomcontainer je převedena na IMolecularFormula
- Opravena chyba 2787332 Starý vazba pole ve výpočtu Gasteiger poplatku byla stanovena na
- Aktualizováno opravit chybu 2788357 SMARTSQueryTool nyní chytá TokenMgrError v CONSTRUC
- Přidán nový taglet zpracovat cdk.githash značek a odkazů javadocs ke zdrojům v Git repo
- Aktualizované cdk.svnrev tagy cdk.githash tagy
- Bug_2787332. Přidal test na molekulu triclosanu (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Odstraněno zastaralé renderer kód: buď použití CDK-1.0.x nebo jchempaint primárních
- Přidána test na chyby 2786624 v parser testovací sady
- Přidány odkazy na stránky PMD
- Přidán odkaz na JUnit Statistiky
- Přidal seznam tříd v modulu, s odkazy na Nightly @ Pele
- Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
- Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
Co je nového ve verzi 1.5.10:
- formální náboj IAtomcontainer se přenáší na IMolecularFormula
- Opravena chyba 2787332 Starý vazba pole ve výpočtu Gasteiger poplatku byla stanovena na
- Aktualizováno opravit chybu 2788357 SMARTSQueryTool nyní chytá TokenMgrError v CONSTRUC
- Přidán nový taglet zpracovat cdk.githash značek a odkazů javadocs ke zdrojům v Git repo
- Aktualizované cdk.svnrev tagy cdk.githash tagy
- Bug_2787332. Přidal test na molekulu triclosanu (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Odstraněno zastaralé renderer kód: buď použití CDK-1.0.x nebo jchempaint primárních
- Přidána test na chyby 2786624 v parser testovací sady
- Přidány odkazy na stránky PMD
- Přidán odkaz na JUnit Statistiky
- Přidal seznam tříd v modulu, s odkazy na Nightly @ Pele
- Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
- Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
Co je nového ve verzi 1.2.2:
- Pevné spoje. Suboptimální, protože cesta je ještě napevno do jednoho Nightly instanci, ale nemáme rámec XML ještě shrnout, co přes všechny nightlies (běh
- Aktualizováno číslo verze
- Přidal testu, aby zajistily IAtomContainers nejsou vplížil přes IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- přepsána addAtomContainer (IAtomContainer, double) také vyvoláním IllegalArgumentException, kdy je předán non-IMolecule
- Nyní vyvolá IllegalArgumentException když je pokusil uložit IAtomContainer, který není IMolecule
- Přidána testovací jednotka pro # 2784182
- Nový test s reserpinem
- Přidány taglets pro navlékání bezpečnost
- S jedním atomem nebo méně, definujeme to, aby byl připojen, protože neexistuje potřeba partitioning (opravy # 2784209, NullPointerException na IAtomContainer bez atomy)
- Přidána testovací jednotka pro bug # 2784209 která v současné době nedokáže
- Další odstranění explicitní org.openscience.cdk názvů balíků: hází doložky
- Více odstraňování jmen explicitní org.openscience.cdk balíku
- Další odstranění explicitních názvů org.openscience.cdk balíčku: nové org.openscience.cdk.Foo () volá
- Odebráno explicitní org.openscience.cdk.interfaces balíky jména (opravy # 2783549)
- Odebráno explicitní názvy balíků, ve prospěch dovozu, pro org.openscience.cdk v datadebug modulu (opravy # 2783549)
- Odebráno explicitní názvy balíků, ve prospěch dovozu, pro org.openscience.cdk v datovém modulu (opravy # 2783549)
- breakout možnost rekurze ze dne AllRingsFinder
- Odsávací z řetězce elementární vzorec poplatek.
- Odsávací z řetězce elementární vzorec poplatek.
- Regulátor hmotnosti, pokud je mimo rozsah
- Aktualizováno inteligentně přidat H do PLANAR3 N, opravuje chybu 2781199
- Přidána prubířským chybu 2781199
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
- volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
- Přidal jednotky test, aby zajistily pole SD jsou čteny pro všechny molekuly
- rozešli testovací
- nové soubory
- více testů u CML čtení
- z přidané jednotka test # 1848591: nesprávná rámec Murcko
- Pevná obsazení, odstranění nadbytečného úplný název balíku
- Přidána testovací jednotka pro # 2692107
- Pevná překlep: chybí 's'
Co je nového ve verzi 1.2.1:
- Opravena chyba 2.714.283, ke kterému byla řádně způsobí výjimku při kroužky nejsou správně zavřené. Je-li kroužek není uzavřen příslušným číslem kruhu, InvalidSmilesException je vyvolána. Zápasy Daylight chování
- Opravena chyba 2729120 a přidal test jednotky
- Aktualizováno komentář opravit chybu 2768643.
- Dílčí oprava chyba 2719237. Made getBondOrderSum statické, dodal jednotky test pro ni
- Typo: proteinl - & gt; protein
- Made class veřejnost, aby unbreak přidáním do build / *. Javafiles
- Částečně fixní SMARTS odpovídající za R0. Aktualizovaný inicializace cílová molekula se výslovně uvést atomy nejsou v kruhu a také aktualizovaný RingMembership atom dělat explicitní kontrolu, pokud není uvedeno R0. Částečně opravuje chybu 2587204
- Pevná pochybné testy rovnosti. Soukromý metoda byla kontrola Double objektů prostřednictvím odkazu. Fungovalo dobře, když byli null. Selže při musíme porovnávat hodnotu. Kodex je aktualizován tak, aby ji v úvahu. Přidán test jednotky (a také chráněný způsob tak, že může být testována)
- Přidána testovací metoda anotace. Dokončí pokrytí pro datový modul
- refactored ChiIndexUtils, aby to balit soukromé. Vyčistí veřejné API, neboť se používají pouze chi popisovače kódu. Aktualizovaný všechny závislé tříd. Přesunut Zkušební předpis (který je třeba vyplnit!) I
- Kód vyčištění ChiIndexUtils. V přepočtu na 1,5 idiomy
- Clean up PathTools a přidal zkušební metoda anotace, takže jádro je zcela pokryt
- Pevná předchozí zavázat k úpravě cdk.keyword linku, ne cdk.module řádek
- Lepší soulad s klíčovými slovy použité
- Přidal test, aby bylo zajištěno, že objekty Integer jsou porovnávány hodnotou a nikoli odkazem
- Přidal modelový případ pro kontrolu, zda se nádoba atom diffs jsou správné při použití rekonstruován objektů
- Pevná IntegerDifference tak, aby se skutečně kontroluje celočíselnou hodnotu spíše než reference objektu Integer. Řeší problém, kdy objekt serializován na disk a potom rekonstruován neodpovídá původní objekt (tj., Non prázdný diff řetězec)
- Applied náplast # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch přidat removeReaction do reactionSet
- Použít rozhraní namísto zavádění
- Odstraněno nepoužívané import
- Použít IAtomContainer namísto IMolecule, jelikož skutečná shoda je pomocí IAtomContainers již (opravy # 2686249)
- Opravena ClassCastException (opravy # 2685134)
- Přidal zdroj attrib opravit budování Ubuntu .deb
- Pevná pomoc při budování systému: použít Doclet sklenic develjar /; aktualizováno pro nový src složky src / main; odstraněny velmi zastaralé použití rt.jar
- Odstraněno libdepends zahrnují testovacích ioformats, která nemá ve skutečnosti mít libdepends
- Aktualizováno tak, aby v případě, že cílový atom nemá žádný symbol (například atomy pseudo) utkání vrátí false (nikoli NPE)
- Pevná správné zacházení # n SMARTS dotazy ve shodě
- Přidána prubířským chybu 2686473
- přidána poznámka o Ant 1.7.1 požaduje
- Pevná zdrojem NPE: 'null == 2' způsobí výjimku, takže první zkouškou nullness
- Pevná o autorských právech za rok 2009
- Pevná duplicitní ukládání šablon rozložení, které pouze patří do SDG modulu, není navíc modul příliš
- Sloučit větev "local1.2" z ../../ git-svn / CDK
Co je nového ve verzi 1.2.0:
- opravuje několik chytrosti rozebrat problém, použití dvou -letter symboly a IPseudoAtom v Fingerprinter a přidává 4 nové definice typu atom jódu a síry.
Co je nového ve verzi 1.1.5:.
- převážně opravy chyb
Co je nového ve verzi 1.1.4:.
- Možnost malých oprav
Co je nového ve verzi 1.1.1:
- většinou malé opravy chyb a obecné kód uklidit.
Co je nového ve verzi 1.1.0:.
- Mnoho, mnoho změn
Požadavky
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Komentáře nebyl nalezen