The Chemistry Development Kit

Software screenshot:
The Chemistry Development Kit
Podrobnosti Software:
Verze: 1.5.13 Aktualizováno
Datum uploadu: 26 Apr 16
Vývojka: The CDK Project
Licence: Volný
Popularita: 36

Rating: 3.7/5 (Total Votes: 3)

The Chemistry Development Kit (také známý jako CDK) je nezávislý na platformě, volně distribuován a open source knihovnu software implementován v Javě a je navržen speciálně pro strukturální bioinformatiky, chemoinformatika a výpočetní chemie.

Projekt se skládá z různých užitečných algoritmů a datových struktur, speciálně vytvořenými pro programátory, kteří chtějí ušetřit spoustu času a úsilí o opakované použití kódu. The Chemistry Development Kit není určen pro použití koncovými uživateli.


Stručná charakteristika

Mezi klíčové funkce patří podpora pro čtení a zápis formátů chemické údaje, podporu pro renderování chemických struktur, podporu pro QSAR (Quantitative Structure & ndash; aktivita vztahu). Popisovačů, stejně jako vestavěné algoritmy pro podporu chemickou teorie grafů

Pro vaše pohodlí, aplikace je distribuován jako předpřipravených binárních souborů ve formátu JAR souboru. Pokud jej chcete použít v projektu, jednoduše stáhnout nejnovější stabilní verzi z Softoware pomocí výše uvedeného odkazu, kde můžete také najít program & rsquo; s. Zdrojový tarball

Programátoři naleznete podrobné informace o tom, jak sestavit program ze zdrojů, jak spustit různé testy, jakož i, jak ji použít v jiných programech v souboru Readme.txt, který je umístěn uvnitř archivu tar.gz..


Pod kapotou a podporovaných operačních systémů

se podrobněji podíváme pod kapotu CDK software (Chemistry Development Kit), můžeme zmínit, že byla napsána zcela v programovacím jazyce Java.

V současné době je plně kompatibilní s 32-bit a 64-bitové chutí GNU / Linux, Microsoft Windows a operačními systémy Mac OS X.. Mělo by však fungovat na libovolném operačním systému s podporou Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; a Java Development Kit (JDK) & nbsp; technologií

Co je nového v této verzi:

  • formální náboj IAtomcontainer je převedena na IMolecularFormula
  • Opravena chyba 2787332 Starý vazba pole ve výpočtu Gasteiger poplatku byla stanovena na
  • Aktualizováno opravit chybu 2788357 SMARTSQueryTool nyní chytá TokenMgrError v CONSTRUC
  • Přidán nový taglet zpracovat cdk.githash značek a odkazů javadocs ke zdrojům v Git repo
  • Aktualizované cdk.svnrev tagy cdk.githash tagy
  • Bug_2787332. Přidal test na molekulu triclosanu (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Odstraněno zastaralé renderer kód: buď použití CDK-1.0.x nebo jchempaint primárních
  • Přidána test na chyby 2786624 v parser testovací sady
  • Přidány odkazy na stránky PMD
  • Přidán odkaz na JUnit Statistiky
  • Přidal seznam tříd v modulu, s odkazy na Nightly @ Pele
  • Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
  • Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek

Co je nového ve verzi 1.5.10:

  • formální náboj IAtomcontainer se přenáší na IMolecularFormula
  • Opravena chyba 2787332 Starý vazba pole ve výpočtu Gasteiger poplatku byla stanovena na
  • Aktualizováno opravit chybu 2788357 SMARTSQueryTool nyní chytá TokenMgrError v CONSTRUC
  • Přidán nový taglet zpracovat cdk.githash značek a odkazů javadocs ke zdrojům v Git repo
  • Aktualizované cdk.svnrev tagy cdk.githash tagy
  • Bug_2787332. Přidal test na molekulu triclosanu (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Odstraněno zastaralé renderer kód: buď použití CDK-1.0.x nebo jchempaint primárních
  • Přidána test na chyby 2786624 v parser testovací sady
  • Přidány odkazy na stránky PMD
  • Přidán odkaz na JUnit Statistiky
  • Přidal seznam tříd v modulu, s odkazy na Nightly @ Pele
  • Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek
  • Přidána nastavení pro vytváření modul HTML stránek

Co je nového ve verzi 1.2.2:

  • Pevné spoje. Suboptimální, protože cesta je ještě napevno do jednoho Nightly instanci, ale nemáme rámec XML ještě shrnout, co přes všechny nightlies (běh
  • Aktualizováno číslo verze
  • Přidal testu, aby zajistily IAtomContainers nejsou vplížil přes IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
  • přepsána addAtomContainer (IAtomContainer, double) také vyvoláním IllegalArgumentException, kdy je předán non-IMolecule
  • Nyní vyvolá IllegalArgumentException když je pokusil uložit IAtomContainer, který není IMolecule
  • Přidána testovací jednotka pro # 2784182
  • Nový test s reserpinem
  • Přidány taglets pro navlékání bezpečnost
  • S jedním atomem nebo méně, definujeme to, aby byl připojen, protože neexistuje potřeba partitioning (opravy # 2784209, NullPointerException na IAtomContainer bez atomy)
  • Přidána testovací jednotka pro bug # 2784209 která v současné době nedokáže
  • Další odstranění explicitní org.openscience.cdk názvů balíků: hází doložky
  • Více odstraňování jmen explicitní org.openscience.cdk balíku
  • Další odstranění explicitních názvů org.openscience.cdk balíčku: nové org.openscience.cdk.Foo () volá
  • Odebráno explicitní org.openscience.cdk.interfaces balíky jména (opravy # 2783549)
  • Odebráno explicitní názvy balíků, ve prospěch dovozu, pro org.openscience.cdk v datadebug modulu (opravy # 2783549)
  • Odebráno explicitní názvy balíků, ve prospěch dovozu, pro org.openscience.cdk v datovém modulu (opravy # 2783549)
  • breakout možnost rekurze ze dne AllRingsFinder
  • Odsávací z řetězce elementární vzorec poplatek.
  • Odsávací z řetězce elementární vzorec poplatek.
  • Regulátor hmotnosti, pokud je mimo rozsah
  • Aktualizováno inteligentně přidat H do PLANAR3 N, opravuje chybu 2781199
  • Přidána prubířským chybu 2781199
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru provedené v rámci bloku catch nyní obsahuje kořen výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
  • volá CDKException konstruktoru probíhající uvnitř bloku catch nyní obsahuje kořenový výjimku zachovat trasování zásobníku
  • Přidal jednotky test, aby zajistily pole SD jsou čteny pro všechny molekuly
  • rozešli testovací
  • nové soubory
  • více testů u CML čtení
  • z přidané jednotka test # 1848591: nesprávná rámec Murcko
  • Pevná obsazení, odstranění nadbytečného úplný název balíku
  • Přidána testovací jednotka pro # 2692107
  • Pevná překlep: chybí 's'

Co je nového ve verzi 1.2.1:

  • Opravena chyba 2.714.283, ke kterému byla řádně způsobí výjimku při kroužky nejsou správně zavřené. Je-li kroužek není uzavřen příslušným číslem kruhu, InvalidSmilesException je vyvolána. Zápasy Daylight chování
  • Opravena chyba 2729120 a přidal test jednotky
  • Aktualizováno komentář opravit chybu 2768643.
  • Dílčí oprava chyba 2719237. Made getBondOrderSum statické, dodal jednotky test pro ni
  • Typo: proteinl - & gt; protein
  • Made class veřejnost, aby unbreak přidáním do build / *. Javafiles
  • Částečně fixní SMARTS odpovídající za R0. Aktualizovaný inicializace cílová molekula se výslovně uvést atomy nejsou v kruhu a také aktualizovaný RingMembership atom dělat explicitní kontrolu, pokud není uvedeno R0. Částečně opravuje chybu 2587204
  • Pevná pochybné testy rovnosti. Soukromý metoda byla kontrola Double objektů prostřednictvím odkazu. Fungovalo dobře, když byli null. Selže při musíme porovnávat hodnotu. Kodex je aktualizován tak, aby ji v úvahu. Přidán test jednotky (a také chráněný způsob tak, že může být testována)
  • Přidána testovací metoda anotace. Dokončí pokrytí pro datový modul
  • refactored ChiIndexUtils, aby to balit soukromé. Vyčistí veřejné API, neboť se používají pouze chi popisovače kódu. Aktualizovaný všechny závislé tříd. Přesunut Zkušební předpis (který je třeba vyplnit!) I
  • Kód vyčištění ChiIndexUtils. V přepočtu na 1,5 idiomy
  • Clean up PathTools a přidal zkušební metoda anotace, takže jádro je zcela pokryt
  • Pevná předchozí zavázat k úpravě cdk.keyword linku, ne cdk.module řádek
  • Lepší soulad s klíčovými slovy použité
  • Přidal test, aby bylo zajištěno, že objekty Integer jsou porovnávány hodnotou a nikoli odkazem
  • Přidal modelový případ pro kontrolu, zda se nádoba atom diffs jsou správné při použití rekonstruován objektů
  • Pevná IntegerDifference tak, aby se skutečně kontroluje celočíselnou hodnotu spíše než reference objektu Integer. Řeší problém, kdy objekt serializován na disk a potom rekonstruován neodpovídá původní objekt (tj., Non prázdný diff řetězec)
  • Applied náplast # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch přidat removeReaction do reactionSet
  • Použít rozhraní namísto zavádění
  • Odstraněno nepoužívané import
  • Použít IAtomContainer namísto IMolecule, jelikož skutečná shoda je pomocí IAtomContainers již (opravy # 2686249)
  • Opravena ClassCastException (opravy # 2685134)
  • Přidal zdroj attrib opravit budování Ubuntu .deb
  • Pevná pomoc při budování systému: použít Doclet sklenic develjar /; aktualizováno pro nový src složky src / main; odstraněny velmi zastaralé použití rt.jar
  • Odstraněno libdepends zahrnují testovacích ioformats, která nemá ve skutečnosti mít libdepends
  • Aktualizováno tak, aby v případě, že cílový atom nemá žádný symbol (například atomy pseudo) utkání vrátí false (nikoli NPE)
  • Pevná správné zacházení # n SMARTS dotazy ve shodě
  • Přidána prubířským chybu 2686473
  • přidána poznámka o Ant 1.7.1 požaduje
  • Pevná zdrojem NPE: 'null == 2' způsobí výjimku, takže první zkouškou nullness
  • Pevná o autorských právech za rok 2009
  • Pevná duplicitní ukládání šablon rozložení, které pouze patří do SDG modulu, není navíc modul příliš
  • Sloučit větev "local1.2" z ../../ git-svn / CDK

Co je nového ve verzi 1.2.0:

  • opravuje několik chytrosti rozebrat problém, použití dvou -letter symboly a IPseudoAtom v Fingerprinter a přidává 4 nové definice typu atom jódu a síry.

Co je nového ve verzi 1.1.5:.

  • převážně opravy chyb

Co je nového ve verzi 1.1.4:.

  • Možnost malých oprav

Co je nového ve verzi 1.1.1:

  • většinou malé opravy chyb a obecné kód uklidit.

Co je nového ve verzi 1.1.0:.

  • Mnoho, mnoho změn

Požadavky

  • Java 2 Standard Edition Runtime Environment

Podobný software

Razi
Razi

11 May 15

GChemPaint
GChemPaint

2 Jun 15

Kalzium
Kalzium

20 Feb 15

Komentáře k The Chemistry Development Kit

Komentáře nebyl nalezen
Přidat komentář
Zapnout obrázky!