BioRuby

BioRuby poskytuje integrované prostředí pro bioinformatika (biologie informační vědy).
Objektově orientovaný skriptovací jazyk Ruby má mnoho funkcí vhodných pro výzkum bioinformatiky, například jasné, syntax, jak vyjádřit složité objekty, regulární výrazy pro zpracování textu tak silný jako Perl & rsquo; s, širokou paletu knihoven, včetně webové služby atd.
Vzhledem k tomu, syntaxe Ruby je jednoduchá a velmi čisté, se domníváme, že je snadné se naučit pro začátečníky, snadno použitelné pro biology, a také dostatečně výkonný pro vývojáře softwaru.
V BioRuby, vývojář může získat biologické záznamy databáze z textových souborů, internetových webových serverů a místních relačních databází.
Tyto položky databáze lze analyzovat získat informace, které potřebujete. Biologické sekvence mohou být léčeny způsoby podle plnily Ruby a rsquo; s String třídy a s regulárních výrazů.
Knihovna může být integrován s nástroji, jako Blast, Fasta, HMMER a mnoho jiných softwarových balíků pro biologickou analýzu.
 BioRuby podporuje významné biologické databáze formátů a poskytuje mnoho způsobů, jak pro přístup k jejich prostřednictvím flatfile indexování, SQL, webové služby atd Různé webové služby, včetně KEGG API, mohou být snadno využity BioRuby.

Vlastnosti :

• BioRuby shell
• API
• Documentation

Požadavky na

• Ruby 1.8.7 nebo novější