Marvin

Projekt Marvin nabízí kolekci Java nástrojů pro kreslení, zobrazování a charakterizaci chemické struktury, podezdívky a reakce.
Marvin lze snadno instalovat na pracovní ploše a bez problémů integrovat do webových stránek a aplikací třetích stran prostřednictvím své Application Programming Interface (API).
Marvin rodiny se skládá z následujících nástrojů:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applety nebo fazole?
Marvin je k dispozici ve dvou balíčcích v závislosti na způsobu použití:
* Marvin applety pro webové vývojáře
* Marvin Beans pro desktop lékárny a pro vývojáře softwaru.
Marvin applety jsou nástroje pro stavební chemie webové stránky, které jsou kompatibilní s většinou prohlížečů (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, atd.) Mají přístup z / do JavaScriptu a jsou nastavitelné parametry applet.
Marvin Fazole jsou snadno instalovatelné aplikace pro desktop a nástroje pro integraci funkce Marvin do libovolné aplikace Java

Co je nového v této verzi:.

• MarvinSketch:
• Hledání Public databází chemicalize.org.
• Možnost změny ligand pořadí v MarvinSketch.
• Mlha-účinek může být řízen různými způsoby:
• Je jezdec na kartě Zobrazení v dialogu Předvolby v náčrtu / zobrazení GUI nastavit sílu mlhy efektu a volbu, pokud chcete vypnout automatické mlhy efekt.

jsou zavedeny
• appletu a fazole parametry: fogFactor, automaticFogEnabled. (Téma forum).
• Připojení ke skupině bodu připojení není automaticky oddělit Sgroup ještě.
• Stanovení obsahu S-skupina:. Více a generické S-skupiny mají obsahovat celou podgraf mezi dluhopisy překračujících závorky
• Aktualizace obsahu S-skupiny, pokud závorky pozice změnit: buď rozpětí nebo konstrukce se pohybuje
.
• S-group vkládání a překrývají se kontrolují na molekuly kontrol shody.
• SMARTS dovoz podporuje alifatických atomech uhlíku dvojné vazby (téma forum).
• SMILES import / export podporuje allenů.
• Generování tradiční název fragmentů uvnitř větší sloučeniny (např & quot; dextromethorphan hydrobromidu & quot;).
• Podpora číslo CAS převod.
• Lepší OCR korekce chyb v DocumentExtractor (chybějící čárky, misrecognized typu závorka, další prostory, ...).
• Document Extractor na PDF dokumentech nyní dává číslo stránky zásahů.
• Vylepšená podpora pro běžné jména v struktury-to-jméno a název-to-struktury. Všeobecná podpora názvu dovoz vzrostl o zhruba 5%, pro obecné a 10% pro systematické názvy. Rychlost konverze je zvýšena asi o 20%.
• JChem a Marvin Fazole instalátory pro Windows také extrahovat skript pro Cygwin.
• Zachovat exocycyclic skupin Bemis-Murcko rámců.
• Halogenové může mít více než jedno připojení během výčtu.
• Aromatické dluhopisy jsou považovány za výpočet počtu dvojných vazeb pro kontrolu homologní majetku.
• Režim Lasso výběru může být nastaven jako výchozí v MSketchPane (topic forum).
• nová funkce, isChiral byla přidána do TopologyAnalyzer.
• New Chmical podmínky funkce: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Opravy chyb:
• Name box nebyla aktualizována po vytvoření skupiny, protože vytvoření skupiny nezvýšil graf neměnný počet změn (téma forum).
• MarvinSketch aplikace nerozuměl & quot; - {name} & quot; parametr příkazového řádku.
• Při Structure & gt; Najít strukturovat nabídku on-line byla vyvolána pod Linuxem, výchozí prohlížeč nemůže být detekován zobrazit výsledek (téma forum).
• naložení isotopes.data souboru z java mezipaměti selhal, pokud jeho nekomprimované verze byla uložena v cache (tedy pokud uncompression bylo provedeno automaticky webový server, a ne Marvin). Příspěvek do diskuse, dokumentace.
• Grafické objekty nebyly zobrazeny v okně výsledků Geometrie Plugin.
• na šipku elektron-flow, modrý box pro zvýraznění byla promarněna (téma fóra).
• ligand objednávka nebyla zobrazena na popravišti, pokud byly odstraněny definice, a to i v případě, že & quot; Vždy & quot; možnost zobrazení byl stanoven na & quot; ligand objednávky & quot; v dialogovém okně předvoleb.
• Index multicentrické atomu se stal zkažený po exportu do formátu MDL Mol, pokud byl připojen k R-skupiny.
• Arrow přilepená na obdélníky v průběhu MRV import / export (téma Forum) byl poškozen.
• Import 1 písmeno peptidu selhal v jednom histidinu (téma forum).
• Implicitní atomy vodíku chyběly importem z SKC.
• Null hodnota majetku MolAtom nebylo vyvezeno / dovezeno ve formátu MRV.
• Podle dovážet určité chytrosti, špatný typ dluhopisů byl stanoven místo jednoho nebo aromatických vazbou.
• Některé držáky dovážené z CDX dokumentace vypracované v ChemDraw byly vystaveny špatným směrem.
• SMARTS export:. 1 atom jednoduchá vazba soused aromatického kruhu byl exportován jako jednoduché vazby namísto jednoho / aromatických
• Export dotazy s odkazem uzlu a R-skupiny ve formátu chytrosti byly nesprávné.
• Manipulace H atom byl nejednoznačný v chytrosti výrazech.
• Mol soubor kolonka import selhal.
• Import některých SMILES mýlil (topic forum).
• Pokud šablona obsahuje část řetězce, který může být umístěn v cíli, jako součást kruhu (nebo kruhového systému) bychom měli ignorovat, že část šablony.
• Fine s Hydrogenize možnost Clean3D ani oddělit S-skupiny automaticky (téma forum).
• Molecule.contractSgroups () pokazil v molekule souřadnic (téma forum).
• Explicitní hydrogens nebyly náležitě vzaty v úvahu cis / trans výpočtu uspořádáním.
• tautomer generátor hodil ArrayIndexOutOfBoundsException v některých případech.
• Homologie výčet vyrábí nekonzistentní molekuly nějakého VMN vstup.

Počet
• Nesprávné nabíjení po použití CovalentCounterion seřizovač.
• log výstupní formát StructureChecker příkazového řádku se liší od výstupního formátu průvodci.
• ChiralFlagErrorChecker nezvládl správně chiralitu. Místo toho, aby výpočet chirality z paritních dat, se používá k provádění založený na metodě isChiral z TopologyAnalyser.

Co je nového ve verzi 5.4.0.1:

• Highlighting průtočných šípů elektronů není v pořádku, když je základní nebo koncový bod byl (topic forum) dluhopisů.
• Serialized konfigurační menu nefunguje.
• Index multicentrické atomu byl nesprávně vytvořena během exportu MDL molfile v případě staveb, kde se R-group připojených ke multicentrické atomu (pozice variace dluhopisy).
• Implicitní hydrogens chyběly atomů po dovozu nebo pasta struktur v / Symyx formátu souboru Sketch (formát souboru SKC) ISIS.
• CDX soubory, včetně otočených grafických objektů vyvezených ze starých verzí ChemDraw by neměly být dováženy.
• výpočet tautomer
• Generické tautomeru nestačilo jedinečný v některých případech. Vzhledem k tomu, oprava, generické tautomer je k dispozici aromatická formulář.
• Canoncical výpočet tautomer byl vylepšen v důsledku opravy z dearomatization.
• Některé konstrukce s explicitními vodíků spojené s klínem vazbou dal výjimku při generické tautomerization.
• výpočet Volume chyběl cxcalc.
• Struktura Checker hodil NullPointerException místo ignorování nesprávný konfigurační soubor.

Co je nového ve verzi 5.1.03.2:

• IUPAC Jméno importu: převod IUPAC jména struktur.
• OLE 2 Podpora:. Vylepšená podpora vložení MarvinSketch objektů do dokumentů MS Office
• Chemické podmínky:. Dostupné z Marvin v příkazovém řádku, API a mohou být použity v Java skripty (v applety)
• Zrychlené inicializace MarvinSketch a MarvinView při startu, a to jak samostatné verze, a jako realizované složka v jiných aplikacích.

Požadavky na :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment