CaPSID

kapsidy je komplexní open source platforma, která integruje vysoce výkonný výpočetní potrubí pro identifikaci patogenů sekvence & nbsp; a charakterizace v lidských genomů a transkriptomu spolu s škálovatelné výsledky databáze a webové softwarové aplikace uživatelsky přívětivé pro správu, dotazování a vizualizaci výsledků.
Začínáme
Budete potřebovat databáze MongoDB, Python 2.6+ instalaci a Apache Tomcat 6+. Pro více informací, přečtěte si wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What je nový v této verzi:

• oprav Chybová zpráva při spuštění odčítání a vyrovnání není nalezen
• Další práce na stanovení dlouhé provozní dotazy

Co je nového ve verzi 1.4.2:

• Odstraní MongoKit závislost

Co je nového ve verzi 1.4.1:

• Opravy kurzor timeout pro dlouhé provozní statistiky dotazů

Co je nového ve verzi 1.4.0:

• statistika Přidá, zatímco oni jsou provozovány spíše než všichni na konci
• Uloží unikátní id genů jako uid

Co je nového ve verzi 1.2.7:

• Opravy README

Co je nového ve verzi 1.2.6:

• odčítání filtruje unmapped při budování mapované čte

Co je nového ve verzi 1.2:

• Utility pro vytvoření FastQ soubory z unmapped čte
• Utility vrátit průsečík FastQ souborů
• Utility vrátit filtr FastQ souborů
• Added mapq práh příznak odčítání
• Gbloader nyní načíst bakterií a hub genomy
• Šetří genomu sekvence do databáze pomocí GridFS
• Nižší nároky na paměť při výpočtu statistik
• použití podprocesy místo os.system
• mapq skóre filtr musí obsahovat 0

Co je nového ve verzi 1.1:

• přidává podporu pro dvojici konci čte

Co je nového ve verzi 1.0.1:

• Přidána podpora pro autentizaci MongoDB

Požadavky na :

• Python