Základní Local Alignment Search Tool je v krátké době Blast je sada podobnosti programů, vyhledávání, jejichž cílem je prozkoumat všechny dostupné databáze sekvencí bez ohledu na to, zda je dotaz protein nebo DNA.
Používá heuristický algoritmus, který se snaží místní na rozdíl od globální zarovnání, a je proto schopen detekovat vztahů mezi sekvencemi, které sdílejí pouze izolované oblasti podobnosti.
To může být provozován lokálně jako úplný spustitelný, a může být použit ke spuštění vyhledávání BLAST proti vlastním, lokálních databází, nebo stažené kopie databáze NCBI. To běží na systému Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF a HP-UX
Co je nového v této verzi:.
- Zlepšení:
- Enhanced dokumentace, obsahuje zjednodušené pokyny pro nastavení, k dispozici na http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- Byla přidána podpora pro hard-maskování vysokých databází.
- Zlepšit výkon makeblastdb pro FASTA vstup s velkým počtem sekvencí, zlepšit kontrolu chyb.
- Povolit Nejlepší možnosti hitem a XML formátování režimu Blast2Sequences
- Povolit více sekvencí dotazů pro psiblast.
- Povolit udání vícenásobného sekvenčního pořadí jako master s -in_msa psiblast argumentu.
- Přidat volitelnou -input_type argument makeblastdb.
- Byla přidána podpora pro dotaz a délky na něž se vztahuje tabulky výkonem.
- Výkon -seqidlist argumentu zlepšila.
- Minimální počtu popisů a zarovnání se nyní používá pro tabulkové a výstup XML (v souladu s chováním starších blastall aplikací).
- Opravy chyb:
- Makeblastdb a blastdbcmd problémy se zpracováním, ukládání a načítání sekvenční identifikátory.
- identifikátory Chybějící podléhající v přehledné výstupy.
- Blast_formatter ignorování -num_alignments a -num_descriptions
- Blast archiv formát by mohl být nesprávně uložen s několika dotazy.
- Blast_formatter založil připojení nepotřebný k síti.
- Blast_formatter nezachránila maskovat informace správně.
- Rpstblastn může selhat, pokud hledáte mnoho sekvencí.
- indexovány Megablast by se spustit v vícevláknové režimu.
- title dotazu v PSSM ušetřené psiblast nebyl byly uloženy.
- Možnost selhání spustit v vícevláknové režimu s více dotazů nebo velké databáze sekvencí.
- TBLASTN pracuje s databází maskováním by mohl chybět zápasy.
- Zkrácená výstup pro sekvenční vstup s extra prostor v defline
- Problem MacOSX binární soubory na MacOSX 10.5
Co je nového ve verzi 2.2.24:
- Představí BLAST formát Archiv povolit přeformátování z pohotovostního sám BLAST hledá se blast_formatter.
- Je přidává podporu pro překládal předmětů měkké maskování při výbuchu databázích.
- Je přidává podporu pro BLAST Trace-back operace (btop) výstupního formátu.
- Dodává možnosti příkazového řádku blastdbcmd na seznam dostupných BLAST databáze.
- Lepší výkon formátování vzdálených vyhledávání výbuchu. Používá konzistentní výstupní kód Nedostatek paměti podmínek.
- Oprava chyby v indexované Megablast s více prostorově oddělené BLAST databáze.
Co je nového ve verzi 2.2.19:
- Proměnná BLASTDB prostředí nyní podporuje více vyhledávací databáze cest , Pokud je to možné, menší protein vyhledávací tabulka slouží ke zlepšení výkonu.
- formatrpsdb nyní podporuje vytváření databází větší než 2G.
- seedtop nyní podporuje vyhledávání seznamy GI.
- Hodnota X3 pro BLASTN / Megablast byla opravena.
Komentáře nebyl nalezen