Cell Elektrofyziologie simulačního prostředí (CESE) je komplexní rámec speciálně navržen tak, aby provádět výpočetní elektrofyziologické simulace, například, simulace srdeční myocytů elektrické aktivity.
Cell Elektrofyziologie simulační prostředí je vhodný pro simulace akčních potenciálů, individuálních iontových proudů, a změny v iontových koncentracích.
CESE je program, cross-platform, že běží na systému, který má Java Runtime Environment (JRE) verze 1.4 nebo vyšší. To byl testován na Windows, Linux, Solaris, MacOS X, a AIX.
CESE uživatelé
CESE je integrované prostředí pro provádění počítačových simulací s použitím různých elektrofyziologických modelů.
V této fázi CESE umožňuje vytváření a realizaci modelů single-buněk (které obsahují jak Hodgkinova-Huxley (hh) a markovovské aktuální formulace). Modely elektrické aktivity kardiomyocytů se zdrojovým kódem jsou zahrnuty v distribuci CESE. Doufáme, že k rozšíření počtu dostupných modelů, a přidat některé modely neuronových v budoucnu.
Hlavní síla CESE je v jeho jednotnosti & # 65533; programovací rozhraní zůstává stejný pro různé typy modelů. Můžete snadno přepínat mezi modely a porovnávat simulace výstupů. Parametry modelu mohou být modifikovány, vybrané pro výstup a / nebo upnut stejným, standardním způsobem.
CESE rozšiřuje konvenční elektrofyziologické význam "napětí svorky". Můžete upnout prakticky jakýkoliv modelu proměnné, včetně napětí (membránového potenciálu), celkové nebo jednotlivé iontové proudy, iontové koncentraci, teplotu, vtokové proměnných, atd Upínací příkazy mohou být složité kus-moudrý funkce, individuálně nastavit pro modelový proměnnou zájmu , To otevírá nekonečné možnosti pro zkoumání složitého modelu chování.
CESE nabízí jednoduché, ale efektivní vizualizace dat. Výsledky simulace mohou být prezentovány v grafických a tabulkových formách. Pozemky lze přizpůsobit, a oblasti zájmu přiblížení.
I když CESE nebyl navržen tak, aby analýzu dat nástroj, můžete generovat proud-napětí vztahy (I-VS) a vypočítat statistické parametry pro daný signál v rámci programu. Můžete exportovat data do ASCII, Axon Text File (ATF), a formáty netCDF pokračovat v analýze ve vašem oblíbeném balíku.
CESE Vývojáři
CESE byl vytvořen od základu tak, aby začlenit ty nejlepší programovací postupy k dispozici pro vývojáře Java, a to jak z hlediska konzistence uživatelského rozhraní a přehlednosti kódu a opětovné použití. Všude tam, kde je to možné, CESE spoléhají na dostupných Java API (například Java2D, JavaBeans, JAXP) pro zjednodušení kódu.
Tvorba Model vyžaduje řadu house-keeping funkcí, které mají být kódovány & # 65533; mezi ně patří ODE integrátory, rutiny pro manipulaci s parametry modelu, ukládání / obnovení modelu státu, vizualizace výsledků simulace, atd. CESE vám poskytuje implementaci pro tyto rutiny, a proto, se můžete soustředit na psaní kódu pro konkrétní iontového proudu (y), a CESE se postará o zbytek.
CESE se nesnaží vytvářet složité programování rámců na vlastní & # 65533; spíše, využívá základní Java API. Například modely jsou Java komponenty vyhovující specifikaci JavaBeans. Používáme XML specifikovat upínacích příkazy, a Java objekt serializace uložit / obnovit parametry modelu.
Co je nového v této verzi:
Komentáře nebyl nalezen