Genomu-široký mRNA profilování poskytuje přehled o globálním stavu buněk za různých podmínek. Nicméně, hladiny mRNA neposkytují přímé pochopení upstream regulačních mechanismů. Expression2Kinases (X2K) je nový přístup k identifikaci upstream regulátory pravděpodobně zodpovědné za pozorované změny v genomu-široký genové exprese. Díky integraci chip-násl / čip a pozice hmotnosti matric (PWM), údaje, interakce protein-protein, a fosforylačních reakce kinázy-substrátu X2K mohou být použity k identifikaci regulační mechanismy proti proudu genomu-široký rozdíly v expresi genů. Cílem je, aby nejprve odvodit nejpravděpodobnější transkripční faktory, které regulují rozdíly v genové expresi, pak použijte interakce protein-protein se připojit zjištěných transkripční faktory pomocí dalších proteinů pro budování transkripční regulační podsítě soustředil na tyto faktory, a nakonec pomocí kinázy-substrát fosforylačních reakce protein, identifikovat a hodnost kandidátské protein-kinázy, že s největší pravděpodobností regulují tvorbu identifikovaných transkripčních komplexů. X2K také obsahuje nástroje pro provádění gen-list obohacení analýzy a předpovídají, drogy, které může zvrátit nebo zhoršit změny v genové expresi. . Přístup X2K může naše chápání buněčné signalizace a rozluštit drogy mechanismy působení
Požadavky na :
Java Runtime Environment 6.0
Komentáře nebyl nalezen