GAMGI

GAMGI je open source a zcela svobodný softwarový projekt navržený od základů, který se používá k vytváření a analýze atomových struktur. Obsahuje grafické uživatelské rozhraní, které je jednoduché, čisté, snadno použitelné a výkonné.

Podporuje širokou škálu atomových struktur

Aplikace podporuje širokou škálu atomových struktur, jako jsou krystaly, molekuly, kapaliny a brýle. Podporuje také 230 krystalografických prostorových skupin a může být použito k provádění analýzy 3D Voronoi a bodové symetrie.

Podporuje mnoho typů objektů

GAMGI podporuje mnoho typů objektů, včetně textů, orbitalů, vazeb, atomů, směrů, rovin, skupin, molekul, clusteru, buňky, šipky, tvaru, grafu, sestavení, světla, vrstvy a okna. Navíc program nabízí maximální kontrolu nad nízkoúrovňovými objekty jako atomy.

Vybudovat náhodné uzavření Balení struktury
Mezi další funkce patří schopnost budovat struktury RCP (Random Close Packing), krystaly pro libovolnou prostorovou skupinu symetrie, stejně jako koordinační polyhedra a Voronoi pro náhodné struktury. Může také určit libovolnou bodovou skupinu symetrie.

Dodává se s rozsáhlou dokumentací

Další zajímavou vlastností je schopnost provádět akce v seznamu objektů nebo jediného objektu, který byl dříve zvýrazněn. Dodává se s komplexní dokumentací a atomovými daty, včetně izotopových dat a iontového poloměru. Navíc software může manipulovat s velkým množstvím nezávislých oken, světla včetně bodových, směrových a polohových vrstev s různými pohledy, referenčními prvky, výřezy nebo projekcemi, stejně jako 3D textová písma, která mohou být buď vytažena, nebo extrudována.

Může být použita ve školách a na univerzitách

Aplikace GAMGI může být také využita ve školách a na univerzitách pro výuku atomové struktury hmoty. Je dokonalým nástrojem pro vědce, kteří pracují v atomistickém modelování, stejně jako pro ty, kteří potřebují open source aplikaci pro studium atomových struktur a přípravu obrázků pro své prezentace. Co je nového v této verzi:

• Aktualizované nápovědy & gt; Konfiguracní soubory pro objekty Light a Atom.
• Synchronizované stromy gamgi-g a gamgi-x.
• Aktualizováno gamgi_expat_import_object: Import objektů dat buňky do souborů XML s novými pravidly pro konfiguraci by měl fungovat dobře.
• Aktualizováno gamgi_expat_export_object: export dat objektů buňky do souborů XML s novými pravidly pro konfiguraci je nyní v pořádku.
• V buňkách - & gt; Vytvořit a Cell - & gt; modify, vektory původu a osy jsou nyní automaticky aktualizovány pro implicitní (konvenční nebo primitivní) volby, když model změní.
• Nahrazena buňka -> okraje = FALSE podle buňky -> hranice = GAMGI_PHYS_NONE, v kódu motoru, gtk, expat a mesa.
• Aktualizováno gamgi_expat_export_config: Export dat pro konfigurování dat v buňkách do souborů XML je nyní v pořádku
• Aktualizováno gamgi_expat_import_config: import konfiguračních dat buněk ze souborů XML je nyní v pořádku
• Zlepšili dialogové okno Cell -> Config, aby se zabývaly i výchozími hodnotami modelu, hranic, tváří a uzlů.
• Přepracované dialogové okno Object- & Config: Konfigurované data jsou nyní odděleny ve výchozích datech (na stránkách se stejnými názvy jako v Object- & gt; Vytvoření dialogů) a globálních dat (platí pro všechny objekty, nový) v globální (poslední) stránce notebooku. Dialogy ovlivněny: Atom-> Config, Cell-> Config, Light- & Config.
• Implementované dialogové okno a infrastruktura Cell & Config. Velikost buněčných ohraničujících čar, bodů uzlů a vektorových os lze nyní globálně nastavit pro všechny buňky v GAMGI, což je nezbytně nutná funkce. Byly také nastaveny výchozí hodnoty pro použití barvy a os.
• Opraven problém v gamgi_gtk_bond_create: barva nastavená ve static_init ignorovala předchozí konfigurační data.
• Opraven problém v gamgi_mesa_draw_pick a gamgi_mesa_draw_grab: Šířka vykreslování buněk byla nastavena na šířku řádku namísto šířky bodu.

Co je nového ve verzi:

• Opravena chyba, která byla právě uvedena: po odstranění GL kontextu nemůžeme odstranit vizuální obraz GDK. Tento kód byl právě odebrán. GTK to zřejmě dělá, když je widget zničen.
• Vylepšená verze gamgi_gtk_area.c použitá ve verzi X GAMGI, která nahrazuje knihovnu GTKGLExt vlastním kódem založeným na protokolu GLX. Javier Cabezas přenesl tento kód na GTK 3 a funguje dobře! Zpětně přenesené změny, takže rozdíly mezi kódem pro GTK 2 a GTK 3 jsou absolutně minimální.
• Nelze použít barvy r, g, b kvůli osám buněk a, b, c.
• Vylepšené rozvržení os v nástrojích Orbital-> Vytvořit a orbitální-> Změnit dialogy.
• Modifikovaný štítek modelu na rozsah v Orbital-> Vytvoření a orbitální- & gt; Změna a změna rozhraní nápovědy.
• Zkontrolovali všechny stránky dokumentace formátu nápovědy.
• Aktualizovaná dokumentace nápovědy pro formáty clusterů.
• pole clusteru -> barvy již nejsou ukončeny nulou.
• Synchronizované větve gamgi a gamgi_exp.
• V souborech XML v prvcích skupiny je typ atributu nahrazen odkazem.
• Aktualizovaná dokumentace nápovědy pro formáty rovin a směrů.
• Aktualizovaná nápověda pro rozhraní a formáty skupin.
• Obnovili ochrannou známku EU GAMGI do roku 2024.
• Aktualizovala licence pro zdrojový kód a dokumentaci na GPL v3.
• Začněte pomocí součtu sha256sum ke kontrolnímu součtu všech distribučních souborů.
• Obnovili registraci domén gamgi.org do roku 2020

Co je nového ve verzi 0.17:

• Opravena chyba makefile (zavedena v gamgi0.15.6) ve větvi GAMGI, která nevyžaduje knihovnu GtkGlExt: make_rules obsahuje závislosti gtkglext, které by tam neměly být.
• Letadla, trasy lze nyní volit pomocí projekční sítě: Wulff nebo Schmidt.
• Synchronizovaný kód, dokumentace a datové soubory mezi stromy distribuce gamgi a gamgi_exp
• Ověřené datové / orbitální soubory XML k aktualizaci atributů orbitálních os.
• Zkontrolovali všechny datové / XML soubory, které mají nahradit typ atributu štítkem v elementu atomu.
• Zkontrolovali všechny soubory dat / XML, aby nahradily typ atributu podle modelu, v rovině, směru, buněčných prvcích.
• Kvůli konzistenci globálně nahradil projekci názvů sítí ve směrovém a rovinném kódu a prvky XML.
• Z důvodu konzistence globálně nahradil typ názvu podle modelu v buňce, rovině, kódu a prvky XML.
• Změnil typ štítku v modelu v buňce -> vytvořit a v buňce -> upravit.
• Změna popisu Metoda pro zadání příkazu Bond-> Vytvořit.
• Aktualizovaná nápověda & gt; Formátová dokumentace pro objekty roviny XML a směru.
• Aktualizovaná nápověda & gt; Dokumentace rozhraní pro typ a projekci v rovině- & gt; Vytvořit, Plane- & gt; Modify, Direction- & gt; Vytvořit, Směrovat & gt;
• Atomová teplota Debye-Wallera nyní může mít hodnoty pouze mezi 0,0 (modrá) a 100,0 (červená), což je obvyklé v této analýze.
• Aktualizovaná dokumentace rozhraní a formátů objektů Bond.
• Opravena výchozí atomová teplota Debye-Wallera: nová hodnota je 0.0, což odpovídá atomu s dobře známou polohou.
• Aktualizovaná dokumentace formátu pro objekty Atom a Cell.
• Nápověda & gt; Aktuální a nápověda & gt; Téma nyní můžete přečíst dokumentaci pro Orbital- & gt; Upravit.
• Napsali dokumentaci pro Orbital-> Modify.
• Aktualizovaná dokumentace pro Orbital-> Create.
• Kruhové osy se nyní ovládají mnohem jednodušším způsobem v souborech Orbital-> Create, Orbital-> Modify a XML nativní
.
• Funkce Orbital-> Select nyní funguje dobře pro všechny možnosti, včetně mnoha vlastností, které lze použít k výběru orbitalů.
• Mírně zjednodušené funkce gamgi_gtk_select _ *. c.
• Opravena dvě chyby v kódu H orbitals, zavedeném v GAMGI 0.16.6: 1) výrazy rho ** L (od Laguerreových polynomů) a 1 / r ** L (z funkcí Legendre) , kromě konstanty, která chyběla. 2) výpočtu výchozího poloměru chyběl termín rho ** L.
• Seznamy rovin mohou být nyní vybrány podle modelu: Polygon, Pole, Trace, Vector.
• Seznamy tras lze nyní vybrat podle modelu: Řádek, Pole, Trasa.

Co je nového ve verzi 0.16.8:

• Ve stereografických projekcích mírně zvýšil výšku z bitových polí (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), takže se vždy zobrazují nad stopami. To řeší vizuální závadu, ale také usnadňuje výběr pólů se stopami, protože barvy jsou nyní jasně odděleny.
• Synchronizované pobočky kódu gamgi a gamgi_exp.
• Aktualizováno static_press v rovině-> Změna a Direcyion- & gt; Upravit, takže název objektu není přepsán automatickým nastavením jména.
• Automatická změna názvu v rovině - & gt; Modify and Direction- & gt; Modify funguje nyní dobře pro krystalografické roviny, diretcions.
• Nalezeno a odstraněno chyba v programu Plane-> Vytvoření a směrování- & gt; Vytvoření: v některých případech bylo jméno objektu označené uživatelem ignorováno.
• Byla nalezena a odstraněna závažná chyba v nástroji Plane-> Vytvoření a směrování- & gt; Vytváření: Po vytvoření rovin / směrů pomocí seznamů vytvořených dříve v dialogu Seznam druhé úrovně nebyla tato nastavení správně vynulována. V některých situacích by to mohlo způsobit selhání GAMGI.
• Nalezeno a odstraněno chyba v rovině - & gt; Vytvoření a směrování - & gt; Vytvoření: Pole a Trace nebyly vytvořeny současně, je-li požadováno, pouze jedenkrát.
• Orbital-> Select nyní pracuje. Seznamy orbitálů lze kopírovat, propojit, vybrat, modifikovat nebo odstranit, stejně jako u jiných objektů.
• Synchronizované pobočky kódu gamgi a gamgi_exp.
• Pevná buňka - & gt; Link: funguje (znovu) jemně pro seznam buněk, v objektech (nad a pod), krystalů a náhodných režimů.
• Byla nalezena a odstraněna jednoduchá, ale vážná chyba: když bylo otevřeno více oken a seznam objektů byl aktivní a vybrán jako aktuální objekt, Reset (ale ne Exit) by Gamgi selhalo.
• Funkce Cell Link & Random (RCP) nefungovala: nahrazena starším kódem. Cell-Link vyžaduje více práce.
• Zkompilujte znovu s příznakem -O3.
• Opravena vážná chyba ve všech dialogových oknech Object-> Select, v metodě Region: když vzorkovací obdélník nebyl plně v grafické oblasti, některé vzorky by nebyly definovány a GAMGI by při stisknutí tlačítka Ok selhal. Pády byly odhaleny již dávno, ale příčina byla až dosud nejasná.

Co je nového ve verzi 0.16.7:

• Synchronizované datové stromy gamgi / dat a gamgi_exp / dat.
• Synchronizované stromy dokumentace dokumentace gamgi / doc a gamgi_exp / doc.
• Synchronizované stromy kódů gamgi / src a gamgi_exp / src.
• Opraveny další závady GUI v Orbital-> Modify.
• Pevná orbitální-> Změna zhroucení: orbitální-> tečky musí být resetovány na hodnotu 0.
• www.gamgi.org a ftp.gamgi.org jsou nyní podávány z VM hostované v IT centru na Lisabonské univerzitě. Doufejme, že to znamená spolehlivější spojení a méně času.
• Automatická změna názvu v nástroji Orbital-> Upravit funguje dobře.
• Automatická změna názvu v Atom-> Změna funguje nyní.
• Implementoval automatické změnu názvu v Atom-> Modify.
• Realizuje automatické změny názvu v nástroji Orbital-> Změnit.
• Orbital- & gt; Modify nyní pracuje pro jednotlivé orbitály. Seznamy orbitálů by měly fungovat v příštím vydání.
• Překlad, Rotace nyní pracují pro Orbital-> Modify.
• static_apply pro Orbital- & gt; Modifikace se většinou provádí.
• Dokončeno static_grab pro Orbital-> Změnit.
• Přidány static_ok_global a static_ok_local pro Orbital-> Modify.
• Dokončeno static_press pro Orbital-> Změnit.
• Chování GUI pro Orbital-> Změnit je téměř dokončeno.
• Začal pracovat na nástroji Orbital-> Modify and Orbital-> Select.
• Aktualizováno gamgi_mesa_pick.c a gamgi_mesa_grab.c zohlednit pevných reprezentací orbitalů.
• Opravena malá chyba v kreslicím kódu okružní osy.
• Laguerrovy polynomy mají faktor r ** L (L = úhlová kvantové číslo), které ruší přesně s faktorem 1 / r ** L funkcí Legendrových, takže matematické popisy H orbitalů získání mnohem jednodušší! Děkuji Jose Luis Martins za to, že mi to ukázal! Pro takové nízké hustoty pravděpodobnosti (1 E-6), jsou číselné problémy jsou tak citlivé, že orbitální vizuální zobrazení přijít trochu odlišné, a to i pro L = 1, po této zjednodušení.

Co je nového ve verzi 0.16.6:

• Synchronizované stromy zdrojových kódů gamgi / dat a gamgi_exp / dat.
• Synchronizované stromy zdrojových kódů gamgi / src a gamgi_exp / src.
• Přidány screenshoty s novými reprezentacemi pro orbitály.
• Mírně se zvýšila přesnost theta, phi při určování poloměru vzorkování z výchozího orbitálu: testováno na (6, 5, -5) orbitální (6hy5).
• Debugged code pro provádění interpolace signálů v solidních orbitálech. Teď funguje dobře! Byla to opravdu poslední překážka, která měla mít v GAMGI orbitální reprezentaci světové třídy! Čas pro screenshoty! Budeme se snažit snížit počet vrcholů, normálů a trojúhelníků a mohli bychom zavést stínování Goraulda, ale nic z toho nezmění vědecké a vizuální schopnosti současného modelu. Sklenici portu na oslavu!
• Implementovala metodu pro interpolaci signálu v pevných orbitálech, aby vyřešila problém s nepřesností signálu, který byl nalezen dříve.
• Vyčištěný kód v gamgi_chem_orbital.c a gamgi_chem_orbital.h.
• Opravena chyba: pravděpodobnost hustoty orbitální pravděpodobnosti nebyla správně exportována do souborů XML.
• Okružní osy jsou nyní jednodušší a mají více možností.
• Kód signálu pracuje nyní: 3D orbitály vypadají opravdu fantasticky, ale kód signálu musí být vylepšen, protože nedostatek interpolace vede k příliš velkému vizuálnímu šumu při změně signálu.
• Opraven kód pro výměnu kladných a negarantních trojúhelníků.
• Opraven kód kódování interpolace signálu v static_edge.
• Vyřešil problém interpolace související s orbitálním isosurface cibulovým účinkem: zlomek síly do rozsahu [0,1].
• Pevná orientace okrajů pevného orbitálního kódu: je to zapotřebí pro přesnou interpolaci.
• Pevné číselné chyby: jen chyba rozdělující kostky (jako v 3D šachovnici). Vypadá skvěle!
• Debugoval pevný orbitální 3D kód, zdá se, že funguje dobře, stále s některými číselnými nedbalemi na povrchu.

Co je nového ve verzi 0.16.5:

• nativní soubory XML. Nahradil rekurzivní rutinu static_outside verzí smyčky a zásobníku, čímž odstranil kritický úsek v pevném orbitálním kódu. Opravené úniky mem v kódu GTK, chyby syntaxe ve výběru objektu podle barvy, varování z nepoužívaných proměnných atd.

Co je nového ve verzi 0.16.4:

• Synchronizované zdrojové větve gamgi a gamgi_exp.
• Aktualizovaný make_local, který obsahuje cesty: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / Ubuntu.
• Opravena chyba v novém pevném orbitálním kódu: test délky r má smysl v kabelovém zobrazení, ale ne v pevném!
• Nový rekurzivní kód pracuje pro bitové pole velice velké jako 160x160x160, v nejhorším případě.
• Rekurzivní kód pro nalezení vnějších ploch se zrcadlí pro bitové pole větší než 50x50x50. Hledáte alternativní smyčku.
• Orbitální kód: Interpolace s vlnovou funkcí pro vytvoření reprezentace založené na trojúhelníku funguje opravdu dobře.
• Trojúhelníkové 2D pevné vykreslování rovinných povrchů v orbitálech založených na H je nyní dobře testováno a funguje dobře! To je klíčové pro vytvoření oktantové reprezentace těchto orbitálů, kde si uživatelé mohou vybrat, které oktanty se mají zobrazit.
• Přidány nové zrcadla, http://atom.ist.utl.pt a ftp://atom.ist.utl.pt, budoucí hostitel gamgi.org.
• Byla přidána pěkná struktura a informační soubory pro vysokoteplotní beta-křemen, beta-cristobalit a beta-trydimit.
• Implementovalo nové zrcadlo: http://gamgi.ist.utl.pt/ nebo http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Zjednodušená volba způsobu H-orbitálních oktanů v režimu Kabelové.
• Pro každou H orbitální oktant napsal topologický kód pro sestavení všech trojúhelníků potřebných k popisu vnějšího 3D isosurface (algoritmus tetracubes) plus interních 2D oktančních hranic.
• Pro každý orbitální oktant H napsal a testoval kód bitového pole potřebný k odstranění vnitřních ploch isofurfů a ukázal pouze vnější.
• Zjednodušený oktantový binární kód v gamgi_chem_orbital.c.

Co je nového ve verzi 0.16.3:

• Vylepšená čitelnost ve všech dialogových oknech Object-> Copy.
• Přidána dokumentace pro Orbital-> Vytvoření, Orbital- & gt; Kopírovat, Orbital- & gt; Link a Orbital- & gt; Odstranit.
• Aktualizované nápovědy & gt; Aktuální a nápověda & gt; Téma přidělit Orbital- & gt; Vytvoření, Orbital- & gt; Kopírovat, Orbital-> Link, Orbital- & gt;
• Synchronizované stromy gamgi a gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Link nyní funguje dobře (seznamy orbitálů dosud nebyly implementovány).
• Opravena závada ve všech souborech link_object.html, což vedlo k chybové zprávě GAMGI, když se podsystém Nápověda pokoušel otevřít jeden z těchto souborů.
• Orbital- & gt; Kopie je nyní v pořádku (seznamy orbitálů dosud nebyly implementovány).
• Orbitální -> Odstranit je nyní v pořádku (seznamy orbitálů dosud nebyly implementovány).
• Začal vytvářet dialogy Orbital-> Copy, Orbital-> Link a Orbital-> Odstranit.
• Rozložení oktanů v dialogovém okně Orbital-> Create je nyní mnohem intuitivnější.

Co je nového ve verzi 0.16.2:

• Synchronizované verze gamgi / (s GtkGLExt) a gamgi_exp / (s GLX).
• Filtrační objemové oktanty nyní fungují dobře pro orbitály H.
• Dokončeno hledání nejlepších výchozích hodnot pro orbitály založené na H. Výchozí hustota je 1E-6, což je nutné pro zobrazení všech regionů v orbitálech 6s. Body jsou 50000 x n, což je rozumný kompromis. Výchozí poloměr je vypočítán z posledního maxima v radiální hustotě f2r2 a minimální délky 2,0, dokud maximální hustota (hledání na theta, phi) bude nižší než implicitní hustota.
• Vylepšeno, přepracováno dialogové okno Orbital-> Create.
• H orbitály nyní fungují v Gamgi. Hledáte nyní nejlepší standardní hodnoty.
• byl přidán veškerý kód potřebný pro sestavení a vykreslení orbitálů H.
• Optimalizovaný orbitální kód H pro rychlost.
• Pro všechny orbitaly na bázi vodíku od n = 1 do 6 vypočtené vzdálenosti pro maximální radiální polinomii.
• Pro všechny orbitaly na bázi vodíku od n = 1 do 6 vypočtete vzdálenosti pro nuly radiální polinomie.
• Okrajové objekty mohou být nyní vytvořeny, zmenšeny (kolem aktuálního středu), přesunuty, otáčející se, jako každý jiný objekt Gamgi.
• Dokončeno dialogové okno Orbital-> Vytvoření sestavení orbitalů na bázi vodíku.
• Napsal kód grafického motoru, aby provedl orbity na bázi vodíku v tečkovaném režimu.
• Přidány a testovány s, p, d, f, g, h orbitály na bázi vodíku pro n = 6, v kartézských souřadnicích x, y, z.

Požadavky :

• GTK +