Jmol

• Oprava chyby: Jmol SMILES neumožňuje hledání vkládání kódu - ^ " pro vložení kódu: [G # 129 ^ A. *]

Co je nového ve verzi:

- přidá "^" pro vložení kódu: [G # 129 ^ A. *]

Co je nového ve verzi 14.20.3:

hledání kódu - přidá "^" pro vložení kódu: [G # 129 ^ A. *]

Co je nového ve verzi 14.6.5:

• Oprava chyby: Jmol SMILES, který neumožňuje vyhledávání pomocí vkládání kódu, přidává výraz "^" pro vložení kódu: [G # 129 ^ A. *]

Co je nového ve verzi 14.6.1:

hledání kódu - přidá "^" pro vložení kódu: [G # 129 ^ A. *]

Co je nového ve verzi 14.4.4 Build 2016.04.22:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.4 Build 2016.04.14:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.4 Build 2016.03.31:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.3 Build 2016.03.02:

• Oprava chyby: atomové sady anotací nejsou upraveny pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.3 Build 2016.02.28:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.2 Build 2016.02.05:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.4.0 Build 2015.12.02:

• neupravené pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.2.15:

• oprava chyby: množiny atomových anotací nejsou upraveny pro přidané vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.2.13:

• vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.2.12:

• opravu chyb: vodíky
• oprava chyby: 14.3.3_2014.08.02 zlomila čtečku mmCIF
• oprava chyby: BinaryDocument (soubor Spartan) čtený v 14.1.12_2014.03.18

Co je nového ve verzi 14.1.8 Beta:

• nová funkce - nastavení cartoonRibose:
• kreslí ribózní kroužky, s fazetami, které ukazují zvlnění
• se explicitně připojí přes C4'-C5'-O5'-P
• znamená odkaz C3'-O3.
• zakáže cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• zakázáno SET cartoonBaseEdges zapnuto
• navrhl Rick Spinney, stát Ohio
• nová funkce: rámeček animace [a, b, c, d] pracuje s negativními čísly pro označení rozmezí:
• rámeček animace [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• číst jako "1 až 5 a potom 10 až 6"
• nová funkce: čtečka souborů Tinker (a upgrade čtečky FoldingXYZ):
• Může používat Tinker ::, ale je to nutné pouze v případě, že první řádek je JUST atomCount
• vyhoví starším formátu Tinker s atomy n-1 pro atomCount
• umožňuje trajektorie a požadované číslo modelu
• nová funkce: (vlastně 13,1, ale nedokumentovaný) animační rámec [51 50 49 48 47 46 45 (atd.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (atd.)]
• nová funkce: x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• nová funkce: x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "vše")
• nová funkce: x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "nejlepší")
• nová funkce: x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• nová funkce: x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• nová funkce - x = porovnat ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• generuje jeden nebo více seznamů korelací založených na nearomatických SMILES
• volitelně obsahuje atomy H
• volitelně generuje všechna možná mapování atomů
• vrací int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• kde a a bn jsou indexy atomů celých čísel nebo seznam, když "all" volba.
• Následující bude generovat jednu atomovou korelační mapu pro dvě struktury včetně atomů vodíku: soubory načítání "a.mol" "b.mol" x = porovnat ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
• Následující článek porovnává model kofeinu z NCI s publikem PubChem:
• načíst $ caffeine; načíst přiložit: kofein; rámeček *
• vyberte 2.1; označení% [atomIndex]
• porovnat {1.1} {2.1} SMILES otočit překlad
• x = porovnat ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• pro (a v x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; vyberte atomindex = a1; label @ a2}
• nová funkce: porovnat {model1} {model2} SMILES:
• není potřeba dát SMILES; Jmol je může generovat z {model1}
• nová funkce: x = {*} find ("SMILES", "H"):
• generuje SMILES s explicitními atomy H
• chyba opravit: substructure () funkce pomocí SMILES namísto SMARTS, tak pouze plné struktury;
• oprava chyby: lepší zachytávání chyb a zprávy v metodách SMILES
• oprava chyby: Zjistěte, že webexport cesta k Jmol.jar a jsmol.zip je robustnější.
• oprava chyby: getProperty extractModel nehodnotí podmnožinu
• oprava chyby: nastavit pdbGetHeader TRUE nezachytí REMARK3 REMARK290 REMARK350
• Oprava chyby: getProperty ("JSON", ....) by měla zabalit hodnotu v {value: ...}
• oprava chyby: MO trvalá průsvitnost porušená v 11.x
• oprava chyby: zobrazit MENU zapsat MENU načíst MENU vše rozbité v 12.2
• oprava chyby: {*} [n] by měla být prázdná, pokud nAtoms

Co je nového ve verzi 14.0.7:

unitcell a echo rendering, getProperty

Co je nového ve verzi 14.0.5:

• Oprava chyb: LCAOCartoon translucency broken
• Oprava chyb: průlomová páteřní zlomená
• Oprava chyb: chybné čtečky pqr, p2n
• Oprava chyby: Vlastnost map isosurface xxx může selhat, pokud je povrch fragment, který má nějaký bod, který není spojen se základním atomem.

Co je nového ve verzi 14.1.5 Beta:

• chyba opravy: LCAOCartoon translucency broken >
• oprava chyby: průsvitná páteřní zlomená
• chyba opravit: pqr, p2n čtenáři rozbití
• Oprava chyby: Vlastnost map isosurface xxx může selhat, pokud povrch je fragment, který má nějaký bod, který není spojen se základním atomem.

Co je nového ve verzi 14.0.4:

Co je nového ve verzi 14.0.2:

• oprava chyby: modulace, která nerozlišuje mezi q a t;
• oprava chyby: modulovaná měření nefungují
• oprava chyby: nepřeskočíte set defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• oprava chyby: isosurface mapová atomová orbita selže
• oprava chyby: vibrační zobrazení modulace s vzdáleností se neaktualizuje
• Oprava chyby: vypnutí vibrací způsobuje zbytečné varování v konzole
• oprava chyby: kreslení symop zlomené
• oprava chyby: array.mul (matrix3f) selhává Jmol
• oprava chyby: vyberte symop = 1555 zlomený
• oprava chyby: výběr výběru dragSelected nefunguje
• kód: refokovaný CifReader, oddělující kód MMCifReader a MSCifReader: drobné přejmenování / refaktorování metod v SV
• kód: přidává rozhraní javajs.api.JSONEncodable
• super-jednoduchá implementace v org.jmol.script.SV
• dovoluje implementacím javajů doručovat vlastní JSON výsledky

Co je nového ve verzi 14.1.2 Beta:

• nová funkce: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, výraz):
• lepší než Jmol.evaluate, protože výsledek je proměnná jazyka JavaScript, nikoliv řetězec.
• ZRUŠENÍ JSmol api Jmol.evaluate (applet, výraz)
• nová funkce: getProperty ("JSON", ....):
• vrací kód JSON pro vlastnost
• povoluje JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "nějaký výraz")
• nová funkce: getProperty variableInfo:
• umožňuje načítání proměnných ve formátu Java nebo JSON
• hodnotí výraz
• výchozí je "all"
• nová funkce: modulace nastavitelná pomocí q a t, až do d = 3:
• zapnuto / vypnuto modulace (všechny atomy)
• modulace {atom set} zapnuto / vypnuto
• modulace int q-offset
• modulace x.x t-offset
• modulace {t1 t2 t3}
• modulace {q1 q2 q3} TRUE
• nová funkce: pickedList:
• uspořádané pole nedávno vybraných atomů
• lze použít stejně jako proměnná PICKED, ale je uspořádána postupně, nikoliv dočasně
• struktura dvakrát kliknutím vymaže seznam
• @ {pickedList} [0] posledně zvolený atom
• @ {pickedList} [- 1] přidružený atom
• @ {pickedList} [- 1] [0] posledních dvou vybraných atomů
• nová funkce: array.pop (), array.push () - podobně jako JavaScript
• nová funkce: stupnice modulace x.x
• nová funkce: nadpis "xxxxx" x.x - počet sekund pro spuštění
• nová funkce: modulace 0.2 // nastaví hodnotu t
• nová funkce: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("testování"); tisk a.pop ()
• nová funkce: vyberte atomovou množinu ON / OFF:
• zapíná nebo vypíná výběrová tlačítka, stejně jako výběr
• pouze pohodlí
• nová funkce: pt1.mul3 (pt2):
• vrací {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• pokud oba nejsou body, vrátí se k jednoduchému násobení
• nová reatura: array.mul3 (pt2) - platí mul3 pro všechny prvky pole
• nová funkce: {atomset} .modulace (typ, t):
• dodává P3 (modulace posunutí)
• implementováno pouze pro typ = "D" (volitelně)
• volitelně t je 0 ve výchozím nastavení
• oprava chyby: modulace, která nerozlišuje mezi q a t;
• oprava chyby: modulovaná měření nefungují
• oprava chyby: nepřeskočíte set defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• oprava chyby: isosurface mapová atomová orbita selhala
• Oprava chyby: vibrační zobrazení modulace s vzdáleností se neaktualizuje
• Oprava chyby: vypnutí vibrací způsobuje zbytečné varování v konzole
• oprava chyby: kreslení symop zlomené
• oprava chyby: array.mul (matrix3f) selhává Jmol
• oprava chyby: vyberte symop = 1555 poškozená oprava chyby: sada výběru dragSelected nefunguje
• kód: refaktor CifReader, oddělující MMCifReader a MSCifReader
• kód: drobné přejmenování / refaktorování metod v SV
• kód: přidává rozhraní javajs.api.JSONEncodable:
• super-jednoduchá implementace v org.jmol.script.SV
• dovoluje implementacím javajů doručovat vlastní JSON výsledky

Co je nového ve verzi 14.0.1:

• nová funkce: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (výchozí 55)
• nová funkce: load (), jako při tisku ("xxx"), omezený lokální soubor v appletu:
• žádné soubory adresářů
• žádné soubory bez rozšíření
• žádné soubory s "/.& quot; v cestě
• nová funkce: JAR soubory bezpečně podepsané
• nová funkce: JAR soubory appletů obsahují protokoly JNLPs (Java Network Launch Protocols) pro lokální načítání souborů
• nová funkce: volby adresy JSmol _USE = _JAR = _J2S = přepíše informace o datech
• nová vlastnost: (byla přítomna, ale nedokumentovaná) tisk quaternion ([pole quaternionů]) - vrací sférický průměr a la Buss a Fillmore
• nová funkce: tisková quaternion (pole quaternions), true):
• vrátí směrodatnou odchylku pro sférický průměr a la Buss a Fillmore
• jednotky jsou úhlové stupně
• nová funkce - jmenovité hodnoty modulu quaternion:
• tisk quaternion (1,0,0,0)% "matice"
• volby zahrnují w x y z normální eulerzxz eulerzyz vektoru theta axisx axy axisz matice osy
• funkce - nastavte celShadingPower:
• nastavuje pevnost celního stínění
• celočíselné hodnoty
• výchozí 10 je tlustá čára
• 5 je jemný řádek
• 0 vypne stínování
• záporná hodnota odstraňuje vnitřní stínování - pouze obrysy
• pracuje na pixelech na základě normálního zdroje světla (výkon> 0) nebo uživatele (výkon <0)
• nastaví barvu na kontrast pozadí (černá nebo bílá), když normální_z < 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• nová funkce: zprávy MMCIF čtení _citation.title v skriptu Jmol konzole
• nová funkce: minimalizujte volbu SELECT {atomets} POUZE - POUZE možnost vylučuje všechny ostatní atomy
• nová funkce: minimalizujte {atomet} - implicitní SELECT a LEN
• nová funkce - "rozšíření" adresáře v JSmol pro příspěvky JS a SPT skripty:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• nová funkce: načíst ... filtr "ADDHYDROGENS" - lokální nastavení pdbAddHydrogens pouze pro jeden příkaz pro načítání
• nová funkce: porovnejte {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• nová funkce: list = porovnat ({atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDS")
• nová funkce: zapište JSON xxx.json
• nová funkce: [# 210] JSON {"mol": ...} čtenář
• funkce - nastavte částiceRadius:
• globální rádius pro atomy nad maximální hodnotou poloměru (16.0)
• výchozí hodnota je 20,0
• nová funkce - filtry CIF a PDB "BYCHAIN" a "BYSYMOP" pro částici viru:
• vytvoří pouze jeden atom na řetězec nebo na sympem
• velikost může být zmenšena o více než 16 angstromů, například pomocí:
• nastavte částiceRadius 30;
• spacefill 30; // libovolné číslo nad 16 zde používá místoRadius
• nová funkce: list = porovnat ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• nová funkce: symop () umožňuje symetrii z biomolekulového filtru pro PDB a mmCIF
• nová funkce - isosurface SYMMETRY:
• platí operátory symetrie k isosurface
• efektivnější vykreslování a vytváření
• výchozí výběr je pouze {symop = 1}
• výchozí barvení je barvou podle symbopu založené na vlastnictvíColorScheme
• Příklad:
• načíst 1.palcový filtr "biomolekuly 1"
• barevná vlastnost symop
• isosurface sa rozlišení 0,8 symetrie sasurface 0
• nová funkce - nová vlastnost atomu: řetězecNo:
• postupně od 1 pro každý model;
• řetězecNo == 0 znamená "žádný řetězec" nebo řetězec = ''
• nová funkce - nová vlastnostColorScheme "přátelská":
• barevná schéma přátelská k barvě slepoty
• použito v RCSD
• nová funkce: JSpecView zcela bez Java; zahrnuje 2D NMR a PDF tisk spektra
• nová funkce - WRITE PDF "xxx.pdf" kvalita & gt; 1 požadavky režim na šířku:
• používá efektivní vlastní třídy vytváření PDF
• velikost obrázku, aby se vešla, pokud je příliš velká
• nová funkce: JSpecView přidává PDF a 2D NMR pro JavaScript
• nová funkce: zatížení "== xxx" FILTER "NOIDEAL" - zatížení chemické složky z PDB za použití " sada souřadnic
• oprava chyby: zápis CD odstraněn; ChemDoodle změnil formáty; místo toho použijte JSON
• Oprava chyb: Soubory PDB a CIF označily sestavy, jako je například PAU, jako velké záporné číslo
• oprava chyby: SROVNÁNÍ s žádnou rotací spustí nekonečnou smyčku
• Oprava chyby: Problém se smyčkou se zpožděním (-1)
• Oprava chyby: Kolečko myši pro Chrome v jazyce JavaScript
• oprava chyby: oprava jazykových úprav jazyka JavaScript
• oprava chyby: komponenty jádra jazyka JavaScript nejsou zpracovávány; Jmol._debugCode není rozpoznán
• oprava chyby: nesprávně kompenzovaná jednotka buněk pro biomolekuly; nesprávný původ pro osy.
• oprava chyby: isosurface / mo FRONTONLY broken
• oprava chyby: jazyková lokalizace je v jazyce JavaScript porušena
• oprava chyby: čtečka ADF nečte výstup MO z DIRAC Build 201304052106
• oprava chyby: Safari hlásí žluté informace Jmol namísto požadavku na přijetí appletu
• - značka musí být
• oprava chyby: čtečka CIF správně nesprávně zpracovává soubor _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - nesprávný soubor atomů pro zatížení = filtr 3fsx.cif "ASSEMBLY 1"
• Oprava chyby: [# 558 Problém s kompatibilitou s ChemDoodle] JSmol chyba v definici čísla.sub (<)
• Oprava chyby: Kolečko myši nefunguje správně
• Oprava chyby: Chyba kompilátoru jazyka J2S nevyžaduje int + = float na celé číslo
• oprava chyby: možnost JavaScript WEBGL je porušena
• oprava chyby: JavaScriptCalculace jazyka JavaScript nemá přístup k prostředkům
• oprava chyby: stereo JavaScript není implementován
• oprava chyby: oprava čtečky MOL pro soubor s více modely (pouze 13.3.9_dev)
• oprava chyby: Chyba čtečky MOL s načtením APPEND - nepřetržitá čísla atomů
• oprava chyby: CIF čtečka modulace nečítají lineární kombinace vektorů buněčných vln
• oprava chyby: čtení CIF s filtrem "BIOMOLECULE 1" se nezdaří pouze při identifikační operaci
• oprava chyby: čtečka mmCIF nečte všechny možnosti _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• oprava chyby: položka PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 by neměla znamenat "žádná jednotková buňka" bez ohledu na biomolekulový filtr
• oprava chyby: plošná plocha není dobře přizpůsobitelná pro ploché molekuly, jako je HEM
• oprava chyby: tisk userfunc () může selhat (userfunc () sám o sobě je v pořádku)
• oprava chyby: uvnitř (šroubovice) není implementována pro polymery pouze C-alfa
• oprava chyby: _modelTitle není aktualizován při načtení nebo zapnutí nového souboru
• oprava chyby: {*}. symop.all neposkytuje správně operátor symetrie
• oprava chyby: pro trojnásobnou vazbu v SMILES v adresách URL
• oprava chyby: build.xml chybějící třídy vytváření PDF
• oprava chyby: po aktualizaci Java, přidání správné kontroly cesty pro místní podepsaný applet
• oprava chyby: {xxx} .property_xx nebyla uložena ve stavu (přerušena 8/7/2013 rev 18518)
• oprava chyby: Manifesty byly aktualizovány pro podepsané a nepodepsané soubory JAR appletů
• oprava chyby: zápis selže
• Oprava chyby: metoda zlomená metoda applet scriptWait ()
• Oprava chyby: relace PyMOL může zobrazovat buňku jednotky po přečtení z uloženého stavu
• oprava chyby: čtečka MMCIF se nezdaří pro více typů sestav
• oprava chyby: čtečka CIF "biomolekuly 1" translaci na "molekulární" spíše než "sestavení"
• oprava chyby: trajektorie načítání s více soubory nefunguje
• oprava chyby: Rozbalovací nabídka aplikace JS applet, která se při změně jazyka nezapíná správně,
• oprava chyby: atribut id pro přihlašovací schránku HTML není přiřazen
• kód: refaktorování kódu applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• kód: refaktorování, zjednodušení vyrovnávacích čteček a vyrovnávací vstupy.
• kód: JavaScript refactoring, lepší build _... xml
• kód: JavaScript celé číslo, dlouhé, krátké, bajtové, plovoucí, dvojité vše přepracované
• kód: disambiguace GT.
• kód: Zrušil všechny zbytečně vnitřní třídy na nejvyšší úroveň
• kód: izolované util / ModulationSet pomocí api / JmolModulationSet
• kód - Všechna lokalizace jazyka appletu čtená z jednoduchých souborů .po:
• již pro jazyk JavaScript
• není potřeba kompilovat soubory třídy pro jazyky appletu
• Žádné soubory jazyka .jar
• Nový adresář jsmol / idioma obsahuje soubory .po pro jazyky Java a HTML5
• kód: rychlejší vykreslování isosurface s přidáním implicitního "frontonly" s výběrem položky {xxx} POUZE
• kód: rychlejší rendering s implicitní "isosurfacepropertySmoothing FALSE" v příslušných (celočíselných) případech
• kód: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsoliduje všechny odkazy na URL.getContent () a Class.getResource ()
• kód: JavaScript pracuje pro problém s vnitřní třídou s proměnnou změnou názvu
• kód: work-around pro eval (functionName) nefunguje v jazyce JavaScript.
• kód: experimentování s okolní okluzí
• kód: Požadované manifesty přidány pro Java Ju51 (leden 2014).
• kód: JmolOutputChannel přesunut do javajs.util.OutputChannel
• kód: jsmol.php opraven, aby povolil " v metodě saveFile
• kód: refactoring Parser do javajs.util
• kód: DSSP se přesunul na org.jmol.dssx, což snížilo biologickou zátěž JSmol o 20K
• kód: Balík iText byl odstraněn, už ne, jelikož jsem psal vlastní tvůrce PDF

Požadavky :