NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit nabízí bezplatné, přenosné, veřejné knihovny domén bez omezení používat. Funguje na Unix, MS Windows a Mac OS platformy:
ย ท sítí a komunikace mezi (IPC), knihovna s iostream adaptéry
ย ท multithreading Library
ย ท CGI a Fast-CGI Library
ย ท HTML Library Generation
ย ท SQL databáze Access Library
ย ท C ++ wrapper knihovna pro BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream adaptér / Wrapper Library
ย ท GZIP a BZ2 C ++ wrapper knihovna s iostream adaptéry
ย ท ASN.1 a XML serializace knihovna s C ++ generátor kódu Tool (datatool)
ย ท Datum a čas knihovna
ย ท File System knihovny funkcí
ย ท argument příkazového řádku, konfigurace a životní prostředí Processing Library
ย ท Sequence Alignment Algoritmy Library
ย ท Library BLAST Engine
ย ท biologických sekvencí získávání a zpracování knihovna
ย ท Portable FLTK a OpenGL GUI a grafické knihovny
Kromě výše, existuje mnohem více užitečných knihoven, a to jak pro všeobecné použití a biotechnologické účely, jež se neustále vyvíjí, udržovány a používány při výrobě real-život stovkami webu a samostatných aplikací a jejich programátory (také počítá ve stovkách).
Jste-li C ++ developer najdete přenosný charakter knihoven velmi užitečné při budování cross-platformní aplikace, i když nemáte velký zájem bioinformatiky. Knihovny, jako jsou ty, pro CGI / Fast-CGI, HTML, sítí, SQL databáze Access, ASN.1 a XML serializace jsou poměrně obecné účelu a mohou být použity v různých aplikacích mimo problémové domény Bioinformatika.
C ++ Toolkit prochází aktivní vývoj s knihovnami staví každou noc. Zdrojový kód je volně k dispozici prostřednictvím FTP a CVS. Dokumentace pro C ++ Toolkit je k dispozici on-line ve formátu NCBI Bookshelf a také jako ke stažení knihy ve formátu PDF Acrobatu

Co je nového v této verzi:.

• UDÁLOSTI:
• Added LDS2 (Local Data Storage v.2), který je založen na sqlite3, má nové funkce a lepší výkon. Také realizován Data Loader LDS2 použít LDS2 z Object Manager.
• XmlWrapp -to pohodlnější manipulaci s XML API bylo většinou skončil (a dokonce i leštěné).
• Realizace tunelování a povolení připojení HTTP a tunelování Secure Sockets, přes HTTP proxy.
• CFormatGuess nyní umožňuje rozlišovat mezi GTF, GFF3 a GFF2. Je to možná lámání změna. Pro více informací viz níže.
• Realizované hlavní části CFeatTree, třída organizovat funkce definované na biologický sekvence do hierarchie, která odráží jejich rodič-dítě vztahy (na základě funkce subtypy).
• CORELIB:
• Realizované locale nezávislá konverze řetězce na dvojnásobek a zpět; změněné základní knihovny ji používat.
• NStr :: bloku () - pro formátování odstavců textu
.
• CNcbiApplication - jak FindProgramExecutablePath statické, a robustnější; přidat statickou metodu GetAppName na vyšší úrovni. Podívejte se na globální konfigurační soubory ve více případech.
• CMetaRegistry :: FindRegistry. - Nový způsob vystavení logiku určující, který soubor (pokud existuje) k načtení
• CEnvironmentCleaner. - Nová třída se zbavit nechtěných proměnné prostředí
• CFileIO - zpět na původní chování:. Nezavírejte popisovač souboru, pokud je to přiděleno přes SetFileHandle ()
• Seriál:
• Serializace AnyContent datových objektů - pevné rozpoznat a správně proces atributy jejich hodnoty
.
• Opraveno čtení dat XML přiřadit implicitní hodnotu prvku, když to nemá žádný obsah.
• Přidána podpora pro sekvence prvků, kde je prvek má výchozí hodnotu.
• DATATOOL:
• Opraven kód generace:
• CHOICE objekty dat;
• binární datové typy s atributy.
• Opravený převod hodnot typu double zachovat více platných číslic.
• CONNECT:
• Přidána keepalive socket možnost (fSOCK_KeepAlive).
• Added NCBI Test připojení (CConnTest).
• Utility:
• g_FindDataFile. - Nová funkce pro umístění datových souborů (konfigurovatelné) standardní umístění
• CChecksumStreamWriter. - Nová třída pro výpočet kontrolního součtu písemných do proudu dat
• g_GZip_ScanForChunks () - nové API, na dotaz stlačený potok pozic. Přidána implementace pro získání pozice samostatných gzip soubory uvnitř zřetězeném gzip souboru.
• Přidáno komprese / dekomprese potok manipulátorů (include / util / kompresi / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) Aktualizován případně zlomit změnu. Účelem je, aby CFormatGuess rozlišovat mezi GTF, GFF3 a GFF2. V současné době boule všechny tyto formáty do jednoho "eGtf" hodnoty. Hodnota staré "eGtf" (3) je nahrazen "eGtf_POISONED", a nebudou znovu vrátit. Nová hodnota "eGtf" (21), bude znamenat soubor, který je třeba si přečíst s CGtfReader (objtools / čtenáři / gtf_reader.hpp). Nová hodnota "eGff3" (22) je pro soubory, chtěl číst s CGff3Reader (objtools / čtenáři / gff3_reader.hpp), a "eGff2" (24) je pro soubory chtěl číst s CGff2Reader (include / objtools / čtenářů /gff2_reader.hpp)
• BIO objekty:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nová metoda pomoci place sekvencí dovezené z Fasta souborů se specifikacemi rozsahu ve více souvislostech; obalené CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (rovněž nový).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Provádět nebo zlepšit uznávání pro více prefixů (GA, HH, HI, HO-hu, JA-JO, EAAA-EZZZ, a IAA-Izz, z nichž některé odpovídají nové možnosti DDBJ TPA WGS data) a smíšené, v TPA protein přístupech (většinou z EMBL, ale někteří z GenBank příliš).
• Rozlišujte WGS mistrovských přistoupení; novou vlajky bit. Relax Příliš přísná PNR logiku uznání.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nové funkce pro práci s plain-text sekvence identifikátorů, vytknout z CFastaReader a generalizované poněkud
• SSeqIdRange - Nový typ (kompletní s analyzátorem a on-the-fly & quot; iterator & quot;), pro práci s Sekvenční-id rozsahy, jak je přítomný v některých zdrojových FASTA defline modifikátory
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Volitelně přijmout vlastní názvy pro jednotlivé sekvence. Štítek negativní pramenů se pohybuje s předními "c letech.

.
• CFastaReader - Podpora negativní pramenů rozsahy a mezery syntaxe kompaktní defline stylu flitry se (? & Quot; & gt; N & quot; kde N je číslo, nebo & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Přidána možnost příkazového řádku -num_domain_hits že omezuje počet konzervovaných domén na pořadí používané při výpočtu omezení zarovnání.
• fylogenetických stromů:
• vyšší přidanou rozhraní úrovně pro výpočet fylogenetický strom z sekvenčních zarovnání (například výbuch a výsledky kobalt). Class CPhyTreeCalc počítá fylogenetický strom, a CPhyTreeFormater vytiskne strom Newick a Nexus formátu.
• BIO-objektových knihoven:
• Realizované CheckNumRows () a další metody pro řídké zarovnání.
• Chcete-li snížit nároky na paměť: přidáno čtení háčky snížit paměť používaná zarovnání po deserializace; Na-strand nyní používá jeden bajt paměti, kde je to možné; Score.value volba je nyní zakotven v CScore.
• Vydělat přistoupení v CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-Object Manager:
• Přidány getrové metody logická pole v CTableFieldHandle.
• Added GetBestGeneForFeat () na základě CFeatTree.
• Realizovaný GetBestOverlappingFeat () na CFeatTree.
• přidáno rychle cscope :: GetTaxid ().
• Realizováno bulk zatížení pro ACC / ver, gi, štítek, a taxid.
• Přidané mezery nulovou délkou zkontrolujte CSeqMap a CSeqVector.
• Realizovaný GetLength () a GetCoverage () pro dluhopisy míst.
• Zlepšení:
• Přidal metoda pomocník vyplnit CFeatTree na místě.
• zrychlil mapování jednoduchých CSeq_loc_mix míst v CFeat_CI.
• Přísnější třídění funkcí v CFeat_CI aby nedocházelo k nejasnostem.
• CSeq_feat_Handle getrů nyní pracují se SEK stůl je k dispozici také.
• vlastnosti Sekvenční stoly nyní podporují pole uživatelské multi-level.
• Non Sekvenční-feat Seq stoly jsou nyní uznávané, i když se nachází v rozděleném bloku.
• zrychlil CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimalizováno cscope :: AttachXxx ().
• Podpora split s názvem anotace.
• CSeqVector a CSeqVector_CI je CanGetRange () nyní vrací false místo vyvolání výjimky.
• Povolit určit, jak se vypořádat se stávajícími madly v ResetHistory ().
• Optimalizováno re-rodičovství, pokud jsou přidány další funkce, které CFeatTree.
• Přidána možnost ladění cscope vytvoření / smazání.
• Mnoho změn C ++ vyčištění funkce napodobit funkci vyčištění, které již v C. existuje Tam je ještě stále co dělat s BasicCleanup, ale bylo dosaženo významného pokroku. Málo práce byla provedena pro ExtendedCleanup jak přesto.
• CSeq_loc_Mapper lze nyní inicializovat pomocí GC-shromáždění.
• Opravy chyb:
• Pevná mapování mix míst na minus oblast v CFeat_CI.
• Mnoho oprav v cestě CFeatTree spojuje vlastnosti.
• několik závitů bezpečnostní opravy.
• Pevná překlep zabránit přidávání zarovná a grafů CSeq_annot_EditHandle.
• Safeguard proti výjimky při řazení funkcí CFeat_CI.
• GENBANK Data Loader:
• Registered HPRD externí poznámky.
• Přidáno volitelný exclude_wgs_master param v pubseqos / pubseqos2 čtenářů.
• Realizováno bulk zatížení pro ACC / ver, gi, štítek, a taxid.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Využití:
• Použití hromadné načítání žádosti v cscope :: GetBioseqHandles ().
• Oddělená statistika čtenář podle typu zatížených puntíky.
• Přidal timestamp ladění zprávy GenBank.
• Použít IConnValidator pro otevírání PubSeqOS připojení.
• Přidáno split-verze žádostí bloku a kus podklíče v GenBank mezipaměti se zabránilo používání nesprávné kusy, když blob dělená stav se změní v ID.
• Přidáno sekundární méně matoucí názvy param upřímné časového limitu.
• nemnoží počet opakování podle počtu připojení.
• Object Manager test a ukázkových aplikací:
• id2_fetch_simple. - Přidán -id možnosti pro libovolné Seq-id
• test_bulkinfo. - Nový testovací aplikace
• FASTA:
• funkce funkce tabulka C ++ byly více funkční, jako pro část BankIt projektu.
• asn2flat nástroj
• obrovské množství změn flatfile formátovací, aby byl mnohem blíže k uvolnění-ready stavu (případně uvolnit připraveno v tomto bodě, i když některé relativně drobné problémy i nadále).
• XMLWRAPP:
• Pevná chyba segmentace v případě přijetí odkaz na výraz XPath běží výsledky.
• Přidal pomocníky, aby si veřejnost ID, ID systému a název DTD pro vnější a vnitřní podskupin.
• Přidáno metody vyhledávání atributy uzlu.
• Pevné provedení výrazu XPath:. Nyní vychází z daného uzlu
• Pevná vyhledávání atributy (včetně výchozí), když je jmenný prostor k dispozici.
• Přidána možnost spustit výraz XPath bez nutnosti registrace jmenných prostorů explicitně.
• Přidána možnost zajistit kontejnery pro sběr chyby a varování při analýze dokumentů.
• Přidána možnost měnit hodnoty a jmenné prostory na výchozí atributy uzlu.
• Přidána možnost otestovat, zda atribut je výchozí nastavení.
• Přidána možnost vložit nebo odstranit atributy a zároveň s ohledem na jejich jmenných prostorů.
• Přidána možnost, aby se svlékli deklarace XML, kdy je dokument uložen.
• WindowMasker:
• Přidán nový vstupní formát, & quot; & quot ;; seqids V tomto vstupním formátem, vstup je soubor, který obsahuje pořadové číslo na každém řádku, a algoritmus používá Správce Bio-Object podívat do sekvence.
• Přidány nové třídy CWinMaskConfig, pro ukládání všech konfiguračních parametrů WindowMasker. Třída může být použit pro přidání potřebné argumenty příkazového řádku k CArgDescriptions, a pak se konfiguračních parametrů z příkazového řádku argumenty.
• BUILD RÁMEC (UNIX):
• Interpretace specifikace příkazového řádku APP_PROJ nebo LIB_PROJ jako narážka na vyklidit další * nastavení _PROJ tam není také k dispozici. (Vyžaduje GNU Udělat;. Staví se společností Sun dělají i nadále pracovat jako dříve)
• Supply další objekty v podadresářích:. * _F (S využitím místních plochých makefiles vyrobené na zakázku, bez závislostí na jiných částech stromu), * _fd (balící nejvyšší úrovně Makefile.flat), clean_sources a purge_sources
• Konfigurace a jeho pohodlí skripty (kompilátory / unix / * sh.):
• Za zmínku stojí nová vlajka --without-3psw. - Nelze použít s jakýmkoli software 3. stran
• Přidána šek na Glew.
• Lepší kontroluje Boost, a OpenGL.
• Podpora uvedením běh cesty na Darwin (Mac), systémy s moderními toolchains.
• BLAST:
• V Darwin (Mac OS X), stavět pouze pro procesory Intel i v jinak univerzální staví kvůli omezení PowerPC toolchain.
• Byla přidána podpora pro získávání NCBI Taxonomy ID, pro které je k dispozici podpora WindowMasker.
• Povolit specifikaci sekvence dotazu spolu s více souborových sekvenčního v psiblast.
• Přidána databáze hard-maskování support.
• Přidána databáze soft-maskování vícejazyčné vyhledávání.
• Byla přidána podpora pro btop (BLAST neexistuje mechanismus dohledávání operace) a dotaz a délka předmětu v tabulce zprávě.
• příkazového řádku aplikace - umožňují psiblast vyhledávat více dotazů, přidal volitelný -input_type pro makeblastdb
• Povolit použití nejlepších hit a XML v režimu blast2sequences.
• Lepší formátování výkon pro vzdálené vyhledávání.
• makembindex nyní postavit maskovaný index Megablast přímo z BLAST nukleotidů databázi pomocí maskovací informace uložené v databázi výbuchu. Toho je dosaženo novou možnost příkazového řádku -db_mask na makembindex. Volba přijímá celé číslo id filtračního algoritmu podporované databáze BLAST. Tuto možnost lze použít pouze ve spojení s -iformat blastdb.
• Chcete-li pomoci uživateli při hledání z číselných IDS filtračních algoritmů podporovaných databáze BLAST je zavedena vlajka -show_filters. Použití vlajku s -iformat blastdb a výbuch databáze, vstup způsobí makembindex výstup seznam dostupných filtrování algoritmů a východu.
• Aplikace NetCache:
• NetCache je přepracovaný obsahovat následující funkce:
• lepší řízení na disku;
• lock-méně práce s puntíky, verzování se používá místo;
• multi-portové poslech a za klientem nastavení odlišení.
• NetCache a ICache API:
• Použít uint8 všude velikost blob.
• Povolit částečné vyhledávání blob.
• Zavedena ochrana blob heslem; prázdná hesla jsou považovány za žádné heslo.
• Pracovní uzel APIs:
• Nový parametr pro ukončení uzlu pracovníků, pokud je jeho spotřeba paměti překročí stanovený limit (parametr & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nový parametr pro ukončení uzlu pracovníků, pokud jeho běhu překročí stanovený limit (parametr & quot; total_time_limit & quot;)
.
• GRID APLIKACE:
• netscheduled
• Opravena chyba, která způsobila žádnou odpověď na příkaz vymazání fronty.
• remote_app
• Nový konfigurační parametr (& quot; tmp_dir & quot;), kontrolovat, jak je dočasná generován název adresáře - snížit délku
• Přihlaste se blob chybě při zápisu.
• netcache_control
• Povolit částečné vyhledávání blob.
• Nový příkaz -remove odstranit kuličky podle jejich ID.
• Nový parametr -auth zadat ověřovací řetězec k použití.
• Nové příkazy -reconf a -reinit pro administrátory NetCache.
• netschedule_control
• Povoleno režim kompatibility, aby netschedule_control práce se staršími pracovníků uzly.
• cgi2rcgi.cgi
• Nevytvářejte prázdný NetCache blob jako zástupný symbol pro zprávu o pokroku.
• chyby Přihlásit Grid, které jsou hlášeny k uživateli.
• Povolit mezery v parametru ID úlohy.
• Podpora výstup informace o stavu úlohy ve formátu JSON.
• Povolit vlastní šablony HTML být definovány pro GRID chyby a další akce.
• přidán žádný-cache HTTP hlavičky, aby se zabránilo ukládání do mezipaměti průběžných výsledků.
• ncfetch.cgi
• Nový parametr pro přístup kuličky chráněné heslem.
• Interpret další parametr & quot; název & quot; jako název souboru staženého souboru.

Co je nového ve verzi 31 prosince 2008:

• Tato verze přidává metodu počítat sloupec specifické pseudocounts v PSI-Blast.
• Je refactors knihovnu mřížky služeb.
• Dodává unit testy rámec a protokolování chyb pro všechny třídy File API.
• Stanoví pthread podporu na IRIX. To zvyšuje podporu XML serializaci.
• Opravuje podporu pro Sybase.
• Je přidává podporu pro malé vyhledávací tabulky pro malé dotazů.
• Dodává API pro získání GenBank statistiky nakladače.
• Je nejrůznějších dalších vylepšení, speedups a oprav.