NeuronVisio

NeuronVisio spojuje s neuron pomocí nového rozhraní Python neuronu.
Instalace:
Chcete-li nainstalovat NeuronVisio musíte splňovat následující závislosti
& Nbsp; * PyGTK
& Nbsp; * vizuální
& Nbsp; * matplotlib
Snadná instalace
Nejjednodušší způsob, jak se dostat neuronvisio je, pokud máte nainstalovaný setuptools:
easy_install neuronvisio
Bez setuptools, je to ještě docela snadné. Stáhněte si soubor neuronvisio.tgz z Cheeseshop stránku neuronvisio to, rozbalte a spusťte:
python setup.py nainstalovat
Documentation
Dokumentace je k dispozici ve složce doc nebo on-line.
Rychlý
Tento kód je jen dát představu, v tom, jak používat nrnvisio modulu:
1. oheň up ipython konzola s pylab spínačem .:
& Nbsp; ipython -pylab # Pokud nechcete používat přepínač neuvidíte žádnou graf.
2. Importovat modul:
& Nbsp; z neuronvisio.controls dovozní kontroly
& nbsp; ovládacích prvků = Controls ()
Po spuštění nrnvisio vlákno je vypuštěn. V tomto tématu budou všechny proces nrnvisio se stalo bez blokování konzolu.
Jako rychlý příklad následující kód:
& Nbsp; 1. Vytvoří jednu sekci nazvanou soma
& Nbsp; 2. Vložte kanál Hodgkey, Huxley a pasivní vodivost
& Nbsp; 3. Vložte alphaSynapse poskytnout Stimul.
Rychlý Příkladem může být následující ::
od nrnvisio.controls dovozní kontroly
kontroly = Controls () # Spuštění GUI
od neuron importu h # Získání HocInterpreter
soma = h.Section () # Vytvoření sekci
soma.insert ("hh") # Vložení HH kanál
soma.insert ("pas") # vložení pasivní vodivost
syn = h.AlphaSynapse (0,5 sec = soma) # synaptické vstup
syn.onset = 0,5 #, kdy oheň
syn.gmax = 0,05 # vodivost synapse
syn.e = 0 # potenciální obrat
Další příklad v show příklad adresáře, jak používat Neuronvisio více komplexního modelu

Vlastnosti :.

• 3D vizualizace modelu s možností měnit jejich runtime
• Tvorba vektorů zaznamenat všechny proměnné, které jsou v sekci
• Pylab integrace na pozemku přímo výsledek simulace
• Průzkum timecourse u všech proměnných mezi času pomocí barevně odlišeny stupnice
• GUI běží ve vlastním vláknu, takže je možné použít konzoli (silně navrhl ipython)

Požadavky na :

• Python