relax

relaxovat je open source a volně distribuovaný softwarový projekt, který byl navržen pro studium molekulární dynamiky na základě analýzy experimentálních NMR dat, podporující organické molekuly RNA, bílkoviny, cukry, DNA a mnoho dalších biomolekul.

relaxovat podporuje několik NMR teorií, realizuje různé nástroje pro analýzu dat, jako modulárních komponent, a to může komunikovat s dalšími programy, jako je například Dasha a Modelfree. Kromě toho podporuje široké spektrum NMR teorií, obsahuje několik nástrojů pro analýzu dat, umožňuje vizualizovat dat, jakož i pro komunikaci s jinými programy.

Navzdory tomu, že aplikace přichází s oběma CLI (Command-Line Interface) a GUI (Graphical User Interface) front-end, několik třetích stran grafickým uživatelským rozhraním (GUI) existují pro relaxaci.

Mezi podporované typy analýz, uvolnit zvládne relaxace disperze, testování konzistence vícenásobné pole NMR (nukleární magnetická rezonance) relaxační údaje, N-stavový model a rám pořadí, model bez analýzy, R1 a R2, NOE, RSDM (Snížená Spektrální mapování hustoty), stejně jako vyšetřování prostorovým uspořádáním.

K automatizaci procesu analýzy dat, je možné vytvořit velmi složité skripty pomocí stavebních bloků. Za tímto účelem se vývojáři poskytují různé ukázkové skripty, které vám pomohou pochopit konstrukci skriptu a snadněji vytvořit svůj vlastní.

Při pohledu pod kapotu, můžeme si všimnout, že program je napsán zcela v programovacím jazyce Python a používá cross-platform Qt GUI toolkit pro své grafické uživatelské rozhraní, což znamená, že běží na Linuxu, Microsoft Windows a Mac OS X. operační systémy.

Aplikace je k dispozici ke stažení jako binární archivů pro mnoho GNU / Linux operačních systémech, které podporují 32bitové (x86) a 64-bit (x86_64) instrukční sady architektury, stejně jako zdrojový tarball.

Co je nového v této verzi:

• Vlastnosti:
• Mnoho vylepšení pro sestavování HTML verze manuálu relaxaci.
• Aktualizováno relaxovat odstranit všechny FutureWarnings z Numpy & ge; 1,9, aby budoucí-důkaz relaxovat proti chystané změny chování numpy.
• Schopnost zvládnout replikovány R2, EFF datové body, které relax_disp.r2eff_read uživatelské funkce, ale přidáním 0,001 až na hodnotu frekvence pro replikované bodu.
• nový vzorek skript pro načítání souboru modelu bez výsledků a back-výpočet relaxační dat.
• Vylepšení pro zacházení s PNR konstrukčních dat.
• Implementace uživatelské funkce structure.pca pro provádění principu komponenta analýzy (PCA) kompletu struktur.
• Přidání skriptu pro rychlé nasazení na infrastruktuře Google Cloud Computing.
• Změny:
• Fix pro tuhý rám pořadí modelu 2. studia objednávek rám matrice v manuálu. byl použit nesprávný symbol.
• odstranili newparagraph a newsubparagraph definice z manualu LaTeXu. Ty byly příčinou konfliktů s LaTeX2HTML, předcházet HTML verzi manuálu před sestaven. Tyto definice jsou zbytečné pro aktuální zřízení útvaru pro krájení v manuálu.
• Modifikovaná krátké titulky v nových modelech rám kapitole manuálu. Runic A> Z charakteru byl nahrazen pouhým "Daeg". Je to z důvodu nekompatibility s LaTeX2HTML což zabraňuje příručka ve formátu HTML z být sestaven.
• Odstranění definice s pevnou šířkou sloupce tabulky z LaTeX manuální preambuli. Tento krok je nutný, protože přestávky definice LaTeX2HTML kompatibilitu, což způsobuje poškození v číslování Údaj zjištěný v obrazech ve formátu HTML, které mají být v podstatě náhodně.
• Po odstranění obalu efektem bylo možné příručka ve formátu HTML, které mají být sestavovány. Balíček akcenty LaTeX není kompatibilní s LaTeX2HTML, takže nejjednodušší oprava je odstranit balíček.
• Ručně otáčet rám pořadí prvek matice EPS manuální postavy, pro LaTeX2HTML kompatibilitu. Příkaz '90 rotačním byla vymazána a ohraničujícím rámečkem deionizovaná jako b c d - & gt; b -c d -a. To umožňuje úhel argumentem v includegraphics {} příkaz být zrušen, protože LaTeX2HTML nerozpozná to. To umožňuje, aby údaje, aby byly viditelné v HTML verze manuálu.
• Redesign objednávky rámu parametrů hnízdění tabulky v návodu k LaTeX2HTML kompatibilitu. V tabulce používá tikz balíček, který je fatální pro LaTeX2HTML, i když nejsou používány. Z tohoto důvodu tabulka v / latex / frame_order / parameter_nesting.tex souboru docs byl převeden do samostatného dokumentu LaTeXu k vytvoření oříznuté PostScript verzi tabulky tikz naformátován. Kompilace Skript byl také přidán. Výsledný soubor * .ps je nyní zařazena do PCS numerické integrace sekce, spíše než této sekci vytvoření tabulky tikz. Celý text tikz preambule byla odstraněna, aby LaTeX2HTML spustit.
• Řešení pro LaTeX2HTML není schopen zvládnout balíček allrunes nebo přidružené písmo. V preambuli htmlonly prostředí, symboly pořadí rám se obnovoval pomocí textu "Daeg" namísto runový znak A> Z.
• Opravy sub a horních této příručce. Tím vzniká {} okolo všech dílčích a superscripted textrm {} případech. Toto není nutné pro verzi PDF příručky jako chybějící problém konzola je zabráněno, ale ovlivňuje HTML verzi manuálu zkompilovaný LaTeX2HTML, který vyžaduje správné značení. Opravy jsou pro obě novou kapitolu objednávky rám, jakož i kapitoly relaxace disperze.
• Úpravy a opravy pro relaxaci 4.0.0 část souboru změn.
• aktualizovány a vylepšovány podle pokynů wiki v dokumentu relaxovat uvolnit seznamu.
• Ještě jedna wiki instrukce o kontrolu nefunkční odkazy v kontrolním seznamu uvolnění dokumentu.
• Další drobné změny v sekci "Oznámení" dotazníku vydání dokumentu.
• Aktualizovaný skript shell pro nalezení duplicitních titulů v latexu souborech manuálu.
• přepočtu duplicitní název najít skript do Python skriptu. Python skript je mnohem vyspělejší a používá odlišnou logiku produkovat tabulku replikovaných titulů a jejich počet. Skript také vrátí neúspěšný návratový kód, pokud existují opakování.
• přepočtu replikovanou titul najít skript se používat třídní strukturu. To umožňuje skript má být dovezen jako modul. Nález replika byla posunuta do našli) metodu třídy (.
• přejmenována na titul replicate nalezení skriptu.
• Odstraněno duplicitní název LaTeX najít skript. To se nyní řeší daleko vyspělejší Python skriptu.
• Scons Sestavování PDF a HTML manuály nyní kontroluje replikovaných tituly. Nová cílová replicate_title_check byla přidána do scons skriptů. To volá metodu find () z replikou LaTeX nález název skriptu určit, zda nějaké tituly jsou replikovány, a pokud ano, jsou scons zaměřit se vrací s sys.exit (1) hovoru. Tento cíl je stanoven na začátku cíli user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Výsledkem je, že ruční nelze sestavit, pokud existují opakovaných tituly, nutit tituly, které mají být změněny. Výsledkem bude, že HTML stránky budou všichni jedinečný, protože replikovány titulů má za následek pouze jedna stránka HTML byl vytvořen pro všechny sekce.
• Eliminace replikovaných titulů ve zdrojích LaTeXu, že nové kapitoly pořadí rám představen.
• Odstranění staré replikovány titulu ve zdrojích LaTeXu pro návodu. To je název "Model bez analýzy", který se používá pro celou kapitolu konkrétní analýzy, jakož i pro modelový bez bodu analýzu hodnot, přechody a Hessians pro optimalizaci kapitole.
• Opravy a vylepšené výtisky pro The replicate_title_check scons cíl.
• Aktualizovaný všechny relaxovat na ochranu proti budoucím změnám na obalu numpy Python. Z Numpy verze 1.9 se FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: srovnání s `None` bude mít za následek srovnání objektu elementwise v budoucnosti. je viděn ve velkém procentu všech uvolnit své uživatelské funkce. To je chycen a proměnil RelaxWarning se stejnou zprávou. Problém je, že chování porovnávací operátory == a! = Bude měnit s budoucími verzemi NumPy. Ty byly nahrazeny je a není v celé uvolnit kódu. Změny byly také provedeny na minfx a bmrblib balíčků, aby odpovídaly.
• Další budoucnost ochrana proti NumPy změnám. FutureWarning je `rank` se již nepoužívá; použijte `ndim` atribut nebo funkci místo. Chcete-li najít hodnost matice viz `numpy.linalg.matrix_rank`. Proto je N-state metoda modelu cílové funkce paramag_info () byl aktualizován na použití .ndim atribut a funkci déle použití numpy.rank ().
• Vytvořil testování systému Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. To je navržen tak, aby chytit chyba # 23933, dále jen "NameError: Globální název" id "není definováno" problém při načítání dat relaxace. Zkrácená verze PNR údajů ze spisu a relaxace, plné verze, které jsou připojeny ke zprávě o chybě, sestávající pouze zbytky 329, 330 a 331 byly přidány na testovací sada sdílených datových adresářů a testovací systém zapsány do chytit NameError.
• Aktualizováno systémového testu Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids chytit RelaxMultiSpinIDError. To umožňuje testovací systém se pak, když se očekává RelaxMultiSpinIDError.
• aktualizovala minfx a bmrblib verze v kontrolním seznamu uvolnění dokumentu 1.0.12 a 1.0.4. To je odstranit NumPy FutureWarning zprávy o == Žádný a =! Žádné srovnání k NumPy datových struktur, které se v budoucnu změní chování.
• Zvýšení GNA! novinka krájení hloubku v kontrolním seznamu uvolnění dokumentu.
• Rozšířený popis sequence.attach_protons uživatelské funkce. Vyplývá to z http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Přidal počáteční data pro testovací data z Paula Schanda. Tím bude prokázáno, že existuje několik možností k posílení R2, eff metodu bodu.
• Přidána testování systému Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Tím se chytit půjčování hodnot nan.
• Made dodatečnou kontrolu v sekvenčním čtení, že hodnoty nan jsou vynechány.
• Ujistěte se, zda replikovány 4000 Hz bodem pro experiment 950 MHz není přepsán.
• v testovacím systému Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, přidal test počítání R2, EFF hodnoty. To ukazuje, že replikovány R2, eff 950 MHz / 4000 Hz bodu přepsán. Řešením by mohlo být změnit frekvenci disperzní velmi málo, než aby umožňoval přidání datového bodu.
• Přidal další testy na Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. To ukáže, že replikuje R2, eff hodnoty není nakládáno stejně.
• Ve funkci r2eff_read v datovém modulu disperze, přidal možnosti číst R2, eff hodnoty, které jsou replikovány. To se provádí první kontrolu, zda existuje klíč disperze v R2, eff slovníku. Pokud existuje, i nadále přidat 0.001 na frekvenci, dokud existuje nová možnost. To by mělo pomoci zvládnout více R2, EFF body, jako samostatné hodnoty a neučinila žádné rozhodnutí o jejich průměr.
• Přidána očekávání vznesení relaxovat chybu, pokud se snaží plot a žádné informace o modelu se uloží.
• Zvýšení chybu, pokud vykreslování disperzních křivek a žádný model je uložen.
• Změnil ukázkový skript pro analýzu dat.
• Rozšířená testování systému Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 zahrnovat automatické analýzy a clustery záchvaty. To by mělo ukázat, že analýza je nyní možné.
• Přidal dočasný stav a skript pro nastavení GUI k datům Paul Schanda.
• Přidána test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. To ukáže, že načítání stát vytvoří problém. Traceback (poslední hovor poslední): TypeError:. Int) Argument (musí být řetězec nebo číslo, ne 'NoneType'
• Přidána ukázkový skript pro relaxaci zálohování dat výpočtem ze souboru výsledků modelového-free. To je užitečné, když soubor výsledků není Výsledný model, protože ty soubor výsledky neobsahují údaje o zpětně vypočtené. To je v reakci na Christina Moller je žádost o podporu # 3303.
• Použití Garyho lib.float.isNaN () namísto math.isnan (), mít zpětnou kompatibilitu s python 2.5.
• Fix pro pravopisné chyby a dokumentování nové chování relax_disp.r2eff_read, při čtení R2, EFF body se stejnou frekvencí. V případě, že spin-kontejner již obsahují R2, eff hodnoty s "frekvencí CPMG pulsu" nebo "intenzity pole spin-lock", frekvence měnit v nekonečně malé hodnoty ± 0,001 Hz. To umožní duplicity nebo více stejné frekvenci.
• Upravené vnitřní konstrukční objekt být méně ovlivněny formátu PNR. Sériové číslo PDB je nyní inteligentně zacházet v tom, že je nastaven na 1, když je vytvořen nový model. Tato informace je ještě držen pro podporu logiku přečtení CONECT záznamů, a budou odstraněny v budoucnosti. Informace o ID řetězec je nyní již není uložena ve vnitřní strukturální objektu, protože tato informace je znovu uživatelem structure.write_pdb funkce založené na tom, jak byla vytvořena vnitřní konstrukce objektu.
• Aktualizace zkušebních tříd Noe a struktura systému pro vnitřní změny strukturních objektů. Sériové číslo lze nyní resetovat a informace o ID řetězec již není uložena.
• Přidán soubor s vlastním sdíleným datům zkušebních pomoci realizovat strukturální analýzy PCA. To je N-doména vačky-IQ komplex použitý v analýze pořadí rámu. Jedná se o první 5 struktury z volání uživatelského frame_order.distribute funkce, s různými tuhými tělesy spojil dohromady do jediné molekuly.
• Vytvořil funkce přední koncový uživatel structure.pca. To je v současné době postaven na structure.rmsd rámci uživatelské funkce.
• Základní provedení uživatelského structure.pca funkce zadní konec. Jedná se o nový PCA () funkci pipe_control.structure.main modulu. Je to prostě provádí některé kontroly, montuje atomové koordináty, a předá řízení do funkce uvolnit knihovny pca_analysis () aktuálně nerealizované lib.structure.pca modulu.
• Částečné implementována analýzy PCA v knihovně relaxovat. Jedná se o nové funkce uživatelského structure.pca. Modul lib.structure.pca byl vytvořen, a funkci pca_analysis () byl vytvořen pro výpočet struktura kovarianční matice, pomocí funkce calc_covariance_matrix (), a pak vypočítá vlastní čísla a vlastní vektory kovarianční matice, jejich třídění a zkracovat na požadovaný počet režimů PCA.
• Přidal argumenty algoritmus a num_modes do uživatelského structure.pca funkce. Jedná se o prošel celou cestu do knihovny relaxovat backend.
• implementoval algoritmus SVD pro analýzu PCA v knihovně relaxovat. To jednoduše volá numpy.linalg.svd ().
• Analýza PCA v knihovně relaxovat nyní počítá na struktuře projekce podél počítačích.
• Analýza funkce PCA v knihovně Relax se nyní vrací data. To zahrnuje hodnoty PCA a vektorů, a na struktuře projekce.
• PCA hodnoty a vektory, a na struktuře projekce jsou nyní uloženy. To je ve funkčním koncovému uživatele structure.pca v pipe_control.structure.main modulu.
• Přidána formát a dir argumenty k uživatelské structure.pca funkce. To je na přední a zadní konce.
• upravili assemble_structural_coordinates () metoda vrátí více informací. To je z pipe_control.structure.main modulu. Boolean Argument seznamy je nyní přijímána, která způsobí, že funkce dodatečně vrátit seznamu ID objektu na molekulu, seznam číslo modelu na molekulu, a seznam názvů molekulu na molekulu.
• Uživatel structure.pca funkce nyní vytváří grafy projekcí PC. To zahrnuje PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, atd.
• Přidal výsledky Gromacs PCA pro soubor distribution.pdb. To zahrnuje skript používá k provádění všech částí GROMACS a všechny výstupní soubory.
• Aktualizováno výsledky Gromacs PCA pro nejnovější verzi 5.1.1 GROMACS.
• Vytvořil počáteční testování systému Structure.test_pca. Tento zpracovává nová funkce uživatelského structure.pca, a kontroluje, zda jsou data uložena v cdp.structure.
• Lepší grafy v backend uživatelského structure.pca funkce. Grafy jsou nyní seskupeny tak, že různé modely stejné struktuře ve stejném datovém trubky jsou v jednom grafu sady. V záhlaví grafu byla také vylepšena.
• Rozšířený testovací systém kontroly Structure.test_pca porovnání s hodnotami z GROMACS.
• A vážený průměr struktura může být nyní vypočítat. To je pro funkci calc_mean_structure () z knihovny relaxaci lib.structure.statistics modulů. Váhy mohou být nyní dodávány pro každou strukturu, aby byla umožněna vážený průměr se vypočte a vrátil se.
• Byla přidána podpora pro pozorovatelů struktur v uživatelské structure.pca funkce. To umožňuje podmnožinu struktur použitých v analýze PC mít nulovou hmotností tak, že tyto struktury mohou být použity pro účely srovnání. Tyto obs_pipes, obs_models a obs_molecules argumenty byly přidány do přední části uživatelské funkce. Backend používá toto vytvoření pole vah za jednotlivé struktury. A lib.structure.pca funkce používají nuly váhy za účelem odstranění tohoto pozorovatele struktury z výpočtů režimu PC.
• Vytvořil testování systému Structure.test_pca_observers. To je pro testování nového pozorovatele struktury koncept uživatelského structure.pca funkce.
• Lepší kvalita výtisků z relaxačního knihovny analýzy principu komponent. To je ve funkci pca_analysis () z lib.structure.pca modulu.
• Opravy a vylepšení pro grafy produkovaných uživatele structure.pca funkce. Tyto různé soubory jsou nyní vytvořen správně, a nyní jsou označeny v plochách.
• Přidání testovací nasadit skript pro rychlé nasazení ve službě Google Cloud Computing. To je pro zamýšlené instalaci v Ubuntu 14.04 LTS.
• Rozšíření skriptu pro instalaci.
• Uvedení instalace do funkce v nasadit skriptu.
• Dělení nasazení skript do několika menších funkcí.
• Přidávání prohlášení kontrolních k instalaci skriptu.
• Při získávání skriptů, několik funkcí mohou být prováděny místo.
• Přidány prostory pro instalaci skriptu pro lepší tisk.
• Přidání výukový scénář.
• přidají 2 výukové skripty.
• Fix pro malé chyby spin ID ve výukovém skriptu.
• Vytvořeno testovací systém pro zachycení chyba # 24131, vývoz selhání BMRB, kdy objekt SpinContainer nemá atribut S2, jak informoval Martin Ballaschk.
• Modifikovaná systémového testu Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition ke kontrole na RelaxError. Výsledky testů v RelaxError, protože soubor výsledků obsahuje vybrané zatočení.
• Přidána systému testu Mf.test_bug_24131_missing_interaction chytit další problém. Jedná se o součást chybě # 24131, exportní selhání BMRB s objektem SpinContainer, který nemá hodnotu S2. Nicméně předchozí oprava přeskočení nezaškrtnuté spiny představil nový problém odpočinku stále hledá pro interatomic interakce pro danou odpojen rotaci.
• Opravy chyb:
• Replikovány tituly v HTML verze manuálu relaxovat, a tedy replikovat názvy souborů ve formátu HTML přepisu předchozích částech, byly odstraněny.
• Oprava pro chybu # 23933, dále jen "NameError: Globální název" id "není definován" problém při načítání dat relaxace. Chyba byla představena v listopadu 2014, a je kvůli nějaké neúplného kódu zpracování chyb. Problém je v tom, že typ spin, že uvolnění data patří (@N vs. @H) nebyla specifikována. Nyní je správný RelaxMultiSpinIDError je zvednutá. IDS proměnná neexistovala. - To byl kód, který byl plánoval být přidány, ale nikdy nebyla a bylo zapomenuto
• Fix pro CSA konstantní rovnice v modelu bez kapitole manuálu. To byl spatřen Christina Moller a informoval o Relax-konferenci Linux.
• Oprava chyby pro skladování strukturální objektu XML v souborech státních a výsledky. Dříve jakékoliv předměty přidávají do cdp.structure (nebo jakýkoli předmět struktura) by neměly být ukládány metodou strukturální objekt to_xml (), pokud je funkce výslovně upraven pro uložení tohoto objektu. Nyní jsou všechny objekty přítomné budou převedeny do formátu XML.
• Fix pro analýzu relaxační disperzní v GUI, jak ulovených testem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Při načítání ze státního souboru skriptu, mohou být přítomny hodnotu Žádný. To je nyní nastaven na standardní hodnoty.
• Fix pro běh relaxovat na serveru bez grafického displeje a pomocí matplotlib. Tato chyba byla nalezena v testu systému Relax_disp.test_repeat_cpmg. A generována chyba byla: QXcbConnection: Nelze se připojit k zobrazení. Přerušena (jádro dumpingové). Backend z matplotlib se musí změnit. To je například popsána v: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display a http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Upravené chování bmrb.write uživatelské funkce backend pro analýzu modelu bez (oprava chyby # 24131). To je v metodě bmrb_write () modelu bez analýzy API. Nevybrané spiny jsou nyní přeskočeno a kontrola byla přidána být jisti, že spin údaje byly shromážděny.
• Další fix pro bug # 24131, selhání exportu BMRB když objekt SpinContainer nemá atribut S2. Nyní žádná data jsou uložena v souboru BMRB-li model bez modelu nebyl nastaven pro roztočení. To umožňuje testovací sada projít.
• Oprava chyby, aby test Mf.test_bug_24131_missing_interaction systém projít. Jedná se o součást chybě # 24131, exportní selhání BMRB s objektem SpinContainer, který nemá hodnotu S2. Problém byl při sestavování dat difúze tensor. Funkce spin_loop () byla volána, protože difúze tensor je hlášena pro všechny zbytky. Proto je skip_desel = TRUE byla přidána tak, aby odpovídala modelu bez část.

Co je nového ve verzi 4.0.0:

• Vlastnosti:
• Konečný, úplné a správné provádění rámu objednávky teorie pro studium tuhé těleso pohyby. To je v současné době pro analýzu RDC a PCS data z vnitřně sladěný systém.
• Změny:
• Vypuštění uživatelské frame_order.average_position funkce a všechny přidružené backend kód. Tato uživatelská funkce umožněno uživateli zadat pět různých typů posunutí na průměrnou pozici pohyblivého domény: čistý rotaci, bez překladu, o otočného bodu pohybu v systému; rotace kolem osy z pohybu systému společně s překladem; čistý překlad bez otáčení; otáčení kolem středu hmotnosti pohybující se domény bez překladu; otáčení kolem středu hmotnosti pohybující se domény spolu s překladem. Nyní je poslední možností bude implicitní a jediná možnost. Tato možnost je ekvivalentní standardním algoritmem superpozice (algoritmu Kabsch) do hypotetického strukturu na skutečné průměrné polohy. Ostatní čtyři jsou vzhledem k historii vývoje teorie. Tyto mezní užitečnost teorie a způsobí jen zmatek.
• Clean up objednávky rám kód cílové funkce. To odpovídá předchozí změnu vymazání uživatelského frame_order.average_position funkce. Tyto změny zahrnují odstranění příznaku překladu optimalizace, protože to je nyní vždy provádí, a odstranění příznaku, která způsobuje, že průměrná rotace domény otočného bodu tak, aby odpovídala pohybovou otočného bodu, protože jsou nyní trvale odděleny.
• abecední uspořádání funkcí v lib.frame_order.pseudo_ellipse modulu.
• vypadl všechny "čára" frame řádu modelů, protože nejsou dosud implementována. To je jen nadstavba kód -. Backend neexistuje
• Aktualizované izotropní kužel CAM pořadí rám testovací model optimalizace skript. Vzhledem k všechny změny v řadové analýzy rám, starý scénář byl již není funkční.
• Vytvořil skript pro pořádek testovací modely vačkou rámu pro nalezení průměrnou pozici domény. Jak otáčení kolem pevného čepu byla odstraněna, posun od 1J7P_1st_NH_rot.pdb do 1J7P_1st_NH.pdb, musí být převeden na překladu a otáčení kolem COM. Tento skript bude použit k nahrazení rotace pivot Euler úhly s překladem vektorem a COM rotace Euler úhly. structure.superimpose uživatelské funkce však bude muset být upraven tak, aby zvládnout i standardní těžiště superpozice, stejně jako CoM překrytím.
• Aktualizováno vačkou rámu pořadí testovacího modelu překrytím skript. Structure.superimpose funkce uživatel je nyní správně nazývá. Výstupní soubor protokolu byl přidán do úložiště, neboť obsahuje správný překlad a informace o otáčení Euler potřebné pro testovací modely.
• Aktualizace parametrů pro izotropní kužel CaM pořadí rám testovací model optimalizace skriptu. Euler úhly pro otáčení kolem pohybového čepu byly nahrazeny překlad vektorových i úhlových Euler parametrů rotace COM.
• Fix na počtu objednávek rám modely, které nemají parametr omezení. Funkce linear_constraint () se vrací a, b = [] [] pro tyto modely, ale tyto prázdné NumPy pole byly příčinou knihovna minfx k nezdaru. Tyto hodnoty jsou nyní chycen a algoritmus omezení vypnuta v minimalizaci () specifické metody API.
• Zvýšená přesnost všech dat v vačkou rámu pořadí generování testů datové základny skriptu. Všechny byly převedeny z float16 do float64 NumPy typy.
• Fix pro nastavení RVV chyb v vačkou rámu pořadí generování testů datové základny skriptu. Struktura rdc_err dat se nachází v interatomic datové kontejnery, žádné spin kontejnery.
• Změna struktury nakládací části vačky rámu generace pořadí datové základny skriptu. Tyto struktury jsou nyní načteny pouze tehdy, když je nastaven příznak DIST_PDB, protože se používají pouze pro generování 3D rozdělení struktur. To ušetří spoustu času a paměti počítače.
• Obrovské zrychlení vačky rámu generace objednat zkušební údaje nejsou k základním scénáři. Pomocí vícerozměrných NumPy polí pro ukládání atomové pozice a XH jednotkových vektorů všech spiny a provedením rotace na těchto struktur pomocí numpy.tensordot (), výpočty jsou nyní faktorem 10 krát rychlejší. Měřič pokrok musel být změněn, aby ukázat všechny 1000 spíše než 100 iterací. Tyto otáčky pozic a vektorů jsou nyní prováděny postupně, náhodně, kterým se chyba s modely dvojitých pohybu (to jest "double rotor" model).
• Modifikovaná vačkou rámu objednávka zkušební generování dat základní scénář za účelem úspory paměti RAM počítače. XH vektor a atomové pozice datové struktury pro všechny rotací N jsou nyní k numpy.float32 spíše než typ numpy.float64. Hlavní změnou je k výpočtu průměrných RDS a průměrně PCSs odděleně, odstraněním N-velké datové struktury, jakmile datové soubory jsou v písemné formě.
• Kompletní redesign vačkové rámu generace pořadí datové základny skript pro úsporu rychlosti a paměti. Ačkoli otočený XH vazba vektorové a atomové číslo pozice byla velmi rychlá, množství paměti potřebné k uložení je do spinové kontejnerech a meziatomového datové kontejnery byl obrovský, když N & gt; 1E6. Následné rdc.back_calc a uživatelské pcs.back_calc volání funkce by také trvat příliš dlouho. Z tohoto důvodu byla upravena základna skript. Metoda _create_distribution () byla rozdělena na čtyři části: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () a _pipe_setup (). Metoda _pipe_setup () je volána nejprve nastavit datový přenos se všemi potřebnými údaji. Potom _calculate_rdc () a _calculate_pcs () metody, a nakonec _create_distribution () je-li DIST_PDB je nastaven příznak. Volání uživatelských funkcí rdc.back_calc a pcs.back_calc byly odstraněny. Místo toho _calculate_rdc () a _calculate_pcs () metody výpočtu průměrných RDC a PCS sebe jako NumPy pole struktur. Spíše než ukládání obrovské otočené vektory a atomové pozice datové struktury jsou RDS a PCSs jsou sečteny. Ty jsou pak dělí self.N na konci k průměru hodnot. Ve srovnání se starým kódu, je-li N nastaven na 20 milionů využití RAM klesne z ~ 20 GB do ~ 65 MB. Celková doba chodu se také snížil na jednom systému od několika dnů až po několik hodin (objednávky nebo dva magnitudy).
• Změnil o pokroku metr aktualizace pro vačkou rámu pořadí generování testů datové základny skriptu. Kužel byl příliš rychlý, aktualizace každých 5 krocích, a je nyní aktualizován každý 250. A celkový počet je nyní pouze tištěnou každých 10.000 stupních.
• Vylepšení metr pokroku vačkou rámu generace objednat zkušební údaje nejsou k základním scénáři. Čárky jsou nyní tiskne mezi tisíci a čísla jsou nyní zarovnán vpravo.
• Výrazné zvýšení přesnosti RDC a PCS průměrování. To je pro vačkou rámu generace objednat zkušební údaje nejsou k základním scénáři. Sečtením RDS a PCSs do 1D numpy.float128 polí (k tomu je vyžadován 64-bitový systém), a poté vydělením N na konci, průměrná hodnota může být vypočítána s mnohem vyšší přesností. Jako N se zvětší, číselná průměrování zavádí větší a větší množství zkrácených artefaktů. Takže tato změna snižuje toto.
• Fix pro RVV a PCS v průměru v vačkou rámu pořadí generování testů datové základny skriptu. U dvojitého rotoru modelu, nebo jakékoliv vícenásobné modelu pohybového režimu, průměrování bylo nesprávné. Místo toho, aby dělení N, by měly být hodnoty rozdělena N ^ M, kde M je počet pohybových režimů.
• Obrovské zvýšení přesnosti zdarma rotoru modelu testovacích dat vačkou rám pořadí. Čím vyšší přesnost je proto, že počet struktury v distribuci je nyní dvacet milionů spíše než jeden milion, a byl používán mnohem vyšší přesnost numpy.float128 zprůměrování aktualizované generace datové základny skriptu. Tyto údaje by měly umožnit mnohem lepší odhad hodnot parametrů polohy beta a gama průměr domény pro modely volné rotoru, které jsou ovlivněny kolapsem parametru alfa na nulu.
• Obrovské zvýšení přesnosti pro dvojitého rotoru modelu testovacích dat vačkou rám pořadí. Čím vyšší přesnost je proto, že počet struktury v distribuci je nyní více než dvacet milionů (4500 ^ 2) spíše než čtvrt milionu (500 ^ 2). A byl používán mnohem vyšší přesnost numpy.float128 zprůměrování aktualizované generace datové základny skriptu.

• Změny:



• Opravy chyb:

• Vlastnosti:















• Změny:












































































































Tj.

Co je nového ve verzi 3.3.4:

• Vlastnosti:






• Změny:






































































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:








• Změny:





















































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:








• Změny:








































































































































• Opravy chyb:

• Změny:












































































































































































































































• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 3.3.0:

• Vlastnosti:



















• Změny:

Co je nového ve verzi 3.1.5:

• Změny:




• Opravy chyb:

• Vlastnosti:




• Změny:
























• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 3.1.3:

• Změny:

Co je nového ve verzi 3.1.2:

• Změny:













• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 3.1.1:

• Vlastnosti:













• Změny:

• Vlastnosti:






























• Změny:

• Vlastnosti:




• Změny:























































• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 3.0.1:

• Vlastnosti:






• Změny:







































































































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:





















• Změny:





























































































































































































































































































































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:







• Změny:










































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:


• Změny:

• Vlastnosti:









• Změny:














































































































































• Opravy chyb:

• Vlastnosti:


• Změny:


























• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 2.2.1:

• Změny:









• Opravy chyb:

• Vlastnosti:













• Změny:




















































































































• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 2.1.2:

• Vlastnosti:





• Změny:

Co je nového ve verzi 2.1.1:

• Vlastnosti:










• Změny:


















































































































































• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 2.1.0:

• Vlastnosti:





• Změny:




































































































































• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 2.0.0:

• Vlastnosti:





















• Změny:

Co je nového ve verzi 1.3.16:

Co je nového ve verzi 1.3.15:

• Vlastnosti:


• Změny:


• Opravy chyb:

Co je nového ve verzi 1.3.8:

Požadavky

• Python