SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter je grafický Python nástroj pro interaktivně segmentu obrazová stohy buněk v tkáni se okrajových štítků & nbsp (AKA White obrysy.),. Tyto interakce jsou zcela založeny na editaci semen, což je rozšířen o povodí algoritmus. Hlavní rozdíl mezi SWS a dalších nástrojů je to, že můžete umístit více než jedno semeno na buňku, která vám pomůže nastavit hranice obtížných buněk.
SWS je postaven na vrcholu wxPython, matplotlib, numpy, scipy a mahotas.
Ve své podstatě se používá bleskové povodí algoritmu (díky projektu mahotas) a umožňuje v reálném čase aktualizace. To má jednoduchý (pokud je zaplněný), rozhraní a je plně interaktivní, a to i včetně 1 na úrovni undo.
Publikace o SWS, který poskytuje všechny tyto detaily a další v cytometrie Část A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Zdrojový kód se odráží na čtyři úložišť a PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Stránka Google Code má i některé binární distribuci (http://code.google.com/p/seedwater/), který by měl fungovat na 32-bitových Windows, nebo 64-bit Linux, ale ty jsou už staré. Prosím, použijte metodu "easy_install" teď.
Pro více informací, viz Python Instalace návod 20XX.txt Můžete také chtít, aby si přečíst manuál: SeedWater Segmenter v xx Manual.txt
Instalace a spuštění
Instalace je konečně snadné!
Ve skutečnosti, můžete nyní "easy_install SeedWaterSegmenter"
Rychlé instrukce:
Windows / Mac:
& Nbsp; Instalace Enthought Python Distribuce http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-zobrazovací python-xlrd python-xlwt
V cmd okně (je nutné spustit jako správce v systému Windows Vista / 7) nebo Terminal (Mac / Linux), spusťte:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Podrobný popis:
Nejnovější verze se jmenuje:
"Python Instalace Instrukce 2012.txt srpna"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Instalace Instrukce 2012.txt August

Požadavky na :

< li> Python