Spindel je alternativní přístup pro biologickou identifikace založená na délce ribozomální RNA (rRNA), genových regionů. Obecně platí, že zarovnání primárních rRNA genových sekvencí z různých druhů zvířat ukazují střídající oblasti konzervace nukleotidové a variací, a to jak pokud jde o nukleotidových substitucí (obvykle nazývané "SNP"), a vložení / mazání (indel) události. Přítomnost výsledků indels v sekvencích různých délkách a zavádí mezery ve vyrovnání, typicky označil pomlčkou "-".
Naše koncepce pro biologickou identifikaci používá genové sekvence rRNA takto: konzervované regiony jsou používány k definování proměnných segmenty ("Spindel hypervariabilní oblasti"), ve kterých kombinace sekvence délky je charakteristické pro každý druh ("Spindel profil"). Tedy, každý druh může být definována unikátní číselnou profilu.
Teoreticky, průzkum pouhých 6 hypervariabilní oblasti s 20 alel každý (nebo 11 regionů s 5 alel každý) je dost, aby diskriminovat všechny eukaryotických druhů na Zemi, které jsou odhadovány být mezi 5 a 15 milionů v řadě. V praxi, Spindel je schopna diskriminovat 93,3% z eukaryontních druhů s nízkou vnitrodruhovou variací a vysoké fylogenetické rozlišení.
Komentáře nebyl nalezen