tigreBrowser

tigreBrowser je genová exprese vzor prohlížeč pro výsledky z tigre R balení (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Instalace:
tigreBrowser vyžaduje Python verze> = 2.5. tigreBrowser lze nainstalovat pomocí následujícího příkazu:
python setup.py nainstalovat
Pro více informací o instalaci modulů Pythonu (například instalaci bez kořenových oprávnění pouze pro aktuálního uživatele), viz http://docs.python.org/install/
Spuštění serveru
Webový server ve tigreBrowser musí být spuštěna, aby mohli používat skutečného výsledku prohlížeče.
Budete potřebovat databázový soubor vytvořený R balíčkem tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Tento balíček obsahuje testovací soubor databáze "database.sqlite ', které mohou být použity k testování tigreBrowser. Testovací databáze byla vytvořena pomocí pokynů a příklady údajů obsažených ve městě Tigre balení.
Provést tigreServer.py spustit grafické uživatelské rozhraní serveru. Aby bylo možné začít s výsledky prohlížeč, jeden musí nejprve vybrat soubor databáze z nichž bude zobrazovat výsledky. To lze provést volbou "Otevřít soubor databáze 'a výběrem databázový soubor. Databázový soubor nesmí mít oprávnění k zápisu. Server pak lze spustit kliknutím na tlačítko "Start Server". Po kliknutí štítek se zobrazí pod tlačítky ukázat URL výsledku prohlížeči.
Výsledkem prohlížeč je nyní přístupná v této adrese URL pomocí standardního webového prohlížeče. Návod na použití prohlížeče jsou v další části této příručky. Prohlížeč je k dispozici, dokud server je zastaven s tlačítkem "ukončit server".
tigreServer.py může být také použit s rozhraní příkazového řádku. Spusťte skript s volbou "--help 'pro více informací.
Používání prohlížeče
Dataset výběr
Volba datové sady určuje, které výsledky budou viditelné v seznamu výsledků av jakém pořadí. Experiment set volba slouží k výběru sady experimentů. Pouze výsledky z těchto experimentů se zobrazí v seznamu.
Dále při výběru datového souboru je výběr transkripční faktor (TF) nebo cílové sadě, v závislosti na tom, zda výsledek prohlížeč je nastaven na režim Target nebo regulátor pořadí režimu hodnocení (viz instalace). V cílovém žebříčku režimu, výběr TF je k dispozici, a seznam výsledků obsahuje výsledky pro různé cíle s danou TF. V regulátoru žebříčku režimu, cílová sada je vybrána, a seznam se zobrazí výsledky pro různé regulátory.
Vzhledem k tomu, počet výsledků může být vysoká, že výsledky mohou být rozdělena do více stran. "Počet genů na stránku" výběru mohou být použity k úpravě počtu ukázala výsledků. To může být užitečné snížit počet výsledků, když se stránka načte pomalu kvůli obrovskému počtu snímků.
A konečně, pořadí, ve kterém jsou výsledky ukázaly, je možno měnit s "Seřadit podle" výběru. Výsledky budou řazeny sestupně podle daného kritéria.
Filtrování
Výsledky lze filtrovat podle různých kritérií. Jeden může, například, zobrazit pouze výsledky pro geny, které mají Z-skóre vyšší než určitá prahová hodnota.
Je možné kombinovat více kritérií při filtrování. "[+]" Odkaz může být použit pro přidání jiné kritérium. Kritérium může být také odstraněn pomocí "[-]" odkaz (není ukázal, pokud je tam jen jeden kritérium). Pokud je použito více kritérií, výsledek gen musí splňovat všechna kritéria, které mají být ukázal v seznamu.
Filtrování se aktivuje pomocí "Uplatnit filtry" políčko.
Zvýraznění
Pokud geny v databázi obsahují doplňkové údaje, výsledky mohou být zvýrazněny pomocí těchto dat. Dostupné zvýraznění možnosti jsou ukázal s barvami spojených s těmito možnostmi.
Zvýraznění díla ukazující barevné krabice pod názvy sondy ve výsledku výpisu genů, které mají dodatečné údaje, které odpovídá výběr.
Vyhledávání
Je možné, aby výsledky vyhledávání pro dané geny. Vyhledávací díla zadáním čárkami oddělený seznam genových nebo sondy jmen do vyhledávacího pole. Genové alias může být také použit jako vstup vyhledávání.
Zobrazeny výsledky
Výsledky pro daný výběr datové sady, filtrů, světel a hledání se ukázalo při "Odeslat" je klepnutí na tlačítko. Databáze bude následně být dotazovány na výsledky, které odpovídají dané výběr. "Reset" lze vymazat všechny výběry a textfields.
Výsledky výpis obsahuje více sloupců. V prvním sloupci je zobrazen název sonda s GENENAME spojenou se sondou. Vedle názvu genu, je exprese genu číslo, pokud je definována v databázi. Následující sloupec obsahuje skutečné výsledky pro geny. Jakékoli doplňující údaje jsou zde také zobrazeny. Experiment údaje se zobrazí vedle výsledkových hodnot.
. Konečně, parametry experimentu, je-li vložena do databáze, budou zobrazeny jako tabulku vedle údajů

Požadavky na :

• Python