Staden Package je plně rozvinutý soubor sestavy sekvence DNA (Gap4), editaci a analytických nástrojů (Spin) pro Unix, Linux, MacOSX a MS Windows.
Na Gap4 frontě došlo k několika menší spojování související
zlepšení v tom, jak skóre připojí v Najít Vnitřní Spoje a
funkčnost tlačítka align v Přidejte editoru.
I následky pro gap4 jsou různé změny io_lib (
Knihovna pro všechny I / O různých formátů souboru trasování). S přidáním
nového hash_exp programem, který nyní umožňuje pro experiment soubory, které budou
spojení společně a indexovány. Seznam názvů souborů experiment
by měl být dodáván do stil gap4, ale za předpokladu, že EXP_PATH prostředí
proměnná byl nastaven správně gap4 budou moci načíst jednotlivé
sekvence ven z zřetězený experimentu souboru
archiv. Vylepšení uživatelského rozhraní pro to ještě musí být
provedena.
454 SFF archivy jsou nyní lépe podporovány. V defsult 454 Indexy
nyní pracovat, i když je program hash_sff může být použit pro poskytnutí
Alternativní strategií indexování (případně rychlejší v některých případech).
Gap4 a Trev mají také další trasování styl zobrazení na stopy, které
mají 1 vzorek skenování (x4 kanály) na základní výzvy. V tomto případě to může
také čerpat 4 hodnoty spolehlivosti namísto 1 za základny. Tyto schopnosti
umožní lepší začlenění Solexa stopy při snadněji
k dispozici.
Plus samozřejmě obvyklý mix oprav chyb a drobné vychytávky. Viz
plná log změn Podrobnosti (přes místě SourceForge).
Jiné pozoruhodné změny
Gap4
Komentáře nebyl nalezen