POY

POY je fylogenetická analýza program, který podporuje více typů dat (např morfologie, nukleotidů, genů a genových regionů, chromozomy, a celých genomů). POY je zvláštní v tom, že může provést skutečnou zarovnání a fylogeneze závěr tedy vstupní sekvence nemusí být prealigned. Inzerce, delece a přeskupení, pak mohou být zahrnuty do celkového skóre stromu pod maximální šetrností, nebo v modelu pod maximální věrohodnosti. Různé heuristické algoritmy byly vyvinuty pro tento účel, a jsou realizovány v POY.