Swiss-PdbViewer (aka DeepView) je aplikace, která poskytuje uživatelsky příjemné rozhraní, které umožňuje analyzovat několik proteinů současně. Tyto proteiny mohou překrývat, aby bylo možné vyvodit strukturálních vyrovnání a porovnat jejich aktivní místa nebo jakékoliv jiné příslušné části. Kyseliny mutace amino, H-vazby, úhly a vzdálenosti mezi atomy jsou snadno získat díky intuitivnímu grafickému a nabídky rozhraní.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) byl vyvinut od roku 1994 Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer je úzce spojena s SWISS-MODEL, automatizované homologní modelování serveru vyvinutý v rámci švýcarského institutu bioinformatiky (SIB) na strukturální skupina bioinformatiky na Biozentrum v Basileji.
Práce s těmito dvěma programy, výrazně snižuje množství práce potřebné k vytvoření modelů, jak je to možné, aby závit protein primární sekvenci na 3D šablony a získat okamžitou zpětnou vazbu o tom, jak dobře se závitem protein bude přijatým referenčním strukturou před podáním žádosti na vybudování chybějící smyčky a zdokonalit postranního řetězce balení.
Swiss-PdbViewer si také přečíst mapy elektronové hustoty, a poskytuje různé nástroje k vytvoření do hustoty. Kromě toho, různé modelovací nástroje jsou integrovány a řídicí soubory pro populární minimalizace energie balení mohou být generovány.
A nakonec, jako speciální bonus, POV-Ray scény mohou být generovány ze současného pohledu v aby ohromující ray vysledovat obraz kvalitní.
Co je nového v této verzi:
- Tymin C6 atom je nyní správně načten
- Pevná POV-Ray výstup nekonečná smyčka na PC verzi
- občasný pád při ukládání PDB soubory (například 2i37) na PC, byla stanovena
- Aktualizace adresa Uppsala Electron Density Mapový server
Komentáře nebyl nalezen