DendroPy

Je to poskytuje třídy a funkce pro práci s fylogenetických údajů, jako jsou stromy a charakteru matice.
Podporuje také čtení a zápis dat v rozsahu standardních fylogenetických datových formátů, jako je například NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, atd ..
Kromě toho, skripty pro provádění některé užitečné fylogenetické výpočty jsou distribuovány jako části knihovny, jako je například SumTrees, která shrnuje podporu pro rozdělí nebo clades daných zadního vzorku fylogenetických stromů.
Tam jsou rozšířeny dokumentace a výukových soubory v balíčku ke stažení

Co je nového v této verzi:.

• Nová infrastruktura pro metadata anotace:. AnnotationSet a Anotace
• Plná podpora NeXML 0,9 metadata analýze a psaní.
• get_from_url () a read_from_url () metody, nyní umožňují čtení fylogenetických dat z URL.
• Přidaný GBIF interoperabilita modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Co je nového ve verzi 3.12.2:

• Nová infrastruktura pro anotace metadat: AnnotationSet a Anotace.
• Plná podpora NeXML 0,9 metadata analýze a psaní.
• get_from_url () a read_from_url () metody, nyní umožňují čtení fylogenetických dat z URL.
• Přidaný GBIF interoperabilita modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Co je nového ve verzi 3.11.0:

• Nová aplikace skript pro zřetězení oborových etiket z celé více vstupních stromy:. sumlabels.py
• Nová třída interoperabilita dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper pro Seq-Gen integrován do knihovny
• Nová funkce interoperability dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper pro vyrovnání MUSCLE
• Nová třída interoperabilita dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. wrapper pro RAxML
• metoda prune_taxa () přidávaný do CharacterMatrix.
• Math moduly se přestěhoval do vlastního subpackage:. dendropy.mathlib
• Nový modul pro maticové a vektorové výpočtů:. dendropy.mathlib.linearalg
• Nový modul pro výpočet statistické vzdálenosti:. dendropy.mathlib.distance
• Rodina Mahalanobisových výpočet vzdálenosti funkcí dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobisova, mahalanobis_1d

Co je nového ve verzi 3.9.0:

• Nové funkce:
• Fylogenetické nezávislé kontrasty (PIC), analýza je nyní možné provádět za použití třídy dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Zjednodušený obsahoval splývající (gen strom v dřevin) simulace.
• Změny:
• Klíčové argumenty as_string (byly), write_to_path (), write_to_file, atd metody byly štípnout, aby se více konzistentní pro NEXUS a formáty Newick. Předchozí klíčová slova jsou stále podporovány, ale bude odstraněno. Nový soubor klíčových argumentů podporovaných může být viděn v: ref: NEXUS a Newick psaní přizpůsobení & # x3c, Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3e; oddílu.
• NEXUS a Newick formáty nyní výchozí malá a velká písmena taxon štítky; specifikovat case_insensitive_taxon_labels = false na velkých a malých písmen.
• Opravy chyb:
• Čtení prokládaný znak matice delší žádné výsledky v následujícím bloku jsou vynechány (NEXUS).
• Caught OverflowError při výpočtu souhrnné statistiky.

Co je nového ve verzi 3.8.0:

• Tree objekty mohou být nyní rerooted na střed (viz Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Anotace (tj atributy strom, uzel nebo hran objektů, které měly & quot; anotaci () & quot; volal na ně) Nyní je možné psát jako metadata komentáře (& quot; [& pole = hodnota] & quot;), při psaní NEXUS / format Newick, pokud se používá klíčové slovo annotations_as_comments argument.
• Při čtení v NEXUS / Newick formátu stromy, s uvedením extract_comment_metadata = true bude mít za následek metadat komentářů vtažen do slovníku, s klíče byly názvů polí a hodnoty jsou hodnoty pole.
• Při čtení dat ve formátu nexus, stanoví bloky budou zpracovány, a znakové sady analyzovat do příslušného CharacterDataMatrix.
• znakových sad (jako například analyzovat z NEXUS SADY bloků: viz výše), lze exportovat jako nové CharacterDataMatrix objekty, a musí být uložen / manipulován / etc. independentally.
• Při psaní v Nexu nebo Newick formátů, může klíčové slovo argumentace write_item_comments (True nebo False) kontrolovat, zda rozšířené komentáře spojené s uzly na stromech bude zapsán nebo ne.
• TopologyCounter třída přidán dendropy.treesum:. umožňuje sledování topologie frekvencí
• treesplits.tree_from_splits () umožňuje Výstavba (topologie, jen stromy) ze souboru rozdělí.
• Most funkce, které bývaly 'dendropy.treemanip "byla nyní se stěhovali jako nativní metodami třídy dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip 'bude odstraněno.
• Stromy mohou být nyní stříhat na základě seznamu taxonů etiket odstranit nebo zachovat (předtím, metody by přijímal pouze seznam objektů taxonů).

Co je nového ve verzi 3.7.1:

• Nové funkce:
• Implementace "General Sampling přístup" (Hartman et al 2010:... Odběrové Stromy evoluční modely, Syst Biol 49, 465-476). metoda simulování stromů z modelu porodní smrti
• Změny:
• Opravit / konzistentní názvy pro některé pravděpodobnostní funkce.
• Opravy chyb:
• Chyba v potvrzení přepsání výstupního souboru při použití SumTrees '-e' / '- split-hrany. volbu
• Starověká a prošedivělý semi-zkamenělé odkaz na "taxa_block" opraven "taxon_set".

Co je nového ve verzi 3.7.0:.

• se stěhoval do BSD-licence stylu

Co je nového ve verzi 3.6.1:

• SumTrees nyní pracuje (v sériovém režimu) pod starší Python verze (tj & # x3c; 2,6).
• Opravy pro kompatibilitu s Python 2.4.x.

Co je nového ve verzi 3.5.0:

• metoda Přidal ladderize (), na objednávku uzly vzestupně (výchozí) nebo sestupném (ladderize (vpravo = True)) pořadí.
• Přidaný & quot; zvíře-summary-tree & quot; Specifikace schématu zpracovat BEAST anotované konsensu stromy.
• Přidán nový modul pro interakci s databází NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Co je nového ve verzi 3.4:..

• Přiložený ez_setup.py aktualizován na nejnovější verzi

Požadavky na

• Python 2,4-3,0