Open Babel

Otevřít Babel je open source, spolupráce, svobodný a multiplatformní software, knihovna, který byl navržen tak, aby jednala jako chemické nástrojů speciálně navrženy rozpoznat řadu jazyků chemických dat. Je to prostě přezdíván & ldquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Funkce za glanceWith Otevřít Babel, uživatelé budou moci vyhledávat, analyzovat, převádět a ukládat data z chemie, molekulární modelování, biochemie, jakož i dalších souvisejících oblastí. Podporuje širokou škálu běžných formátů souborů, včetně chemických Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, usmívá se, a CML.
Kromě toho, Open Babel poskytuje toolkit, chemický MIME podporuje plně vybavený programátora, SMARTS dohazovač, flexibilní atom / dluhopisů Typer, odstranění vodíku a sčítání, bitvector třídu, maticové a vektorové transformace, stejně jako molekulární testovací suite.Under kapotu a podporovaných operačních systemsOpen Babel je napsáno úplně v programovacího jazyka C ++. Je-rsquo; sa pravda cross-platform software, který podporuje GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows a operační systémy Mac OS X. Oba 32-bit a 64-bitové počítače jsou oficiálně podporovány v době psaní this.Getting začínal otevřené BabelFirst všeho, důrazně doporučujeme, abyste instalaci otevřít Babel pomocí předpřipravených binární balíčky od standardního softwaru úložišť vašich Linux distribuce. Pokud váš systém GNU / Linux neprobíhá rsquo; t mít k dispozici software Otevřít Babel ve svých repo operací, pak jste a rsquo, budete muset sestavit a instalace aplikace pomocí univerzálních Archivní prameny uvedených na Softoware.
Stáhněte si archiv (archiv tar.gz), rozbalte ho na místě dle Vašeho výběru, otevřete emulátor terminálu, přejděte do složky extrahované a spustit & ldquo;. CZkontrolujte & rdquo; příkaz (bez uvozovek) a konfiguraci projektu. Potom musíte spustit a ldquo, jak & rdquo; příkaz, bez uvozovek, samozřejmě ji sestavit. Ujistěte se, že nástroj cZkontrolujte nainstalován ve vašem operačním systému před výše uvedených pokynů

Co je nového v této verzi:.

• Tato verze představuje zásadní chyby-opravy-vydání, a měla by být stabilní aktualizace, důrazně doporučuje všem uživatelům Otevřít Babel. Mnoho chyb a vylepšení byly přidány v loňském roce od vydání 2.3.0.

Co je nového ve verzi 2.2.2:

• Tato verze představuje zásadní bug-fix vydání a je stabilní aktualizace, důrazně doporučuje všem uživatelům Otevřít Babel. I když nemusí být mnoho nových funkcí, mnoho pády a další chyby byly opraveny od 2.2.1.
• upgrade na novou verzi InChI 1.02 verzi vyrábět standardizované inchi a InChIKey výstup.
• Opraveno mnoho chyb Stereochemistry při čtení / zápisu úsměvy. To je součástí širšího projektu, který bude dokončen v 2.3 verzi.
• Pevné kompilace a instalace Cygwin a MinGW platformách.
• výrazně zlepšila aromaticity a Kekule přiřazení vazbu.
• Vylepšený 2D - & gt; 3D souřadnicové generace
• Lepší koordinovat generace pomocí --gen3d příkazového řádku operace
• Lepší výkon pro souřadnicové generaci.
• New --fillUC příkazového řádku operace pro babel.
• Opravy na pH v závislosti na vodík navíc.
• Byla přidána podpora pro čtení dat z vibrační Molden, Molpro a NWChem výstupních souborů.
• Aktualizováno atomy s poloměry z posledních teoretických výpočtů.
• Opravena chyba při čtení komprimovaný Mol2 nebo XML soubory.
• Zavřít soubory po chybě. Opravuje chybu s Pybel, kdy by soubory zůstat otevřené.
• i mnoho dalších oprav a drobných vylepšení funkce. == Nové formáty souborů == Import & Export:
• Molpro vstup a výstup.
• VASP soubory souřadnic (CONTCAR a POSCAR).

Co je nového ve verzi 2.2.1:

• Lepší psát rozhraní, včetně Python 3, podpory a zlepšení # podpora Java a C.
• Přidána podpora pro MACCS otisky prstů. Díky RDKit projektu.
• Mnoho oprav a vylepšení síle pole kód. Zejména provedení silové pole UFF, by měli zacházet mnoho dalších molekul.
• Lepší 3D souřadnic generaci, a to zejména s kruhovými fragmenty. Můžete si dát to zkusit s obgen nástroj.
• Pevná řada chyb PNR dovozu s typy atomových.
• Přidána podpora pro čtení poplatků a poloměry z formátů PQR souborů.
• Přidána podpora pro čtení a zápis základních buněk v PNR na formátech.
• New & quot; výstup & quot; formát souboru pro přijetí generické & quot; OUT & quot ;, & quot; log-quot ;, a & quot; .dat & quot; Soubory a čtení s vhodným typem souboru na základě obsahu. V současné době funguje velmi dobře pro kvantové chemie balíčky.
• Přidána lepší zpracování chyb a podávání zpráv, kdy nelze načíst formáty souborů.
• Vylepšená CIF podpora formátů souborů.
• Mnoho, mnoho, mnoho dalších oprav a drobných vylepšení.