CLC Main Workbench

Tento 4-týdenní plně funkční demo CLC kombinované Workbench agregáty všechny sekvence DNA analýzy CLC Gene Workbench a celou sekvenci proteinu analýzy CLC Protein Workbench. Všechny analýzy jsou plně integrovány v jediném, uživatelsky přívětivé a intuitivní softwarové aplikace

Co je nového v této verzi:.

vylepšení

• Aktualizováno seznam restrikční enzym z rebase. & nbsp;

• Opraven problém se spouštěním Blast MacOS Sierra
• Aktualizované pfam odkazy. & nbsp; vykázané pfam doména nástroje pro vyhledávání
• Opravena chyba představen v & nbsp;.. CLC Hlavní Workbench 7.7.2, kde chyběly enzymy jsou uvedeny v abecedním pořadí po RdeGBI methylace informace
• Různé drobné opravy chyb

Co je nového ve verzi 7.7.2:

Workflows

• Workflow výstupy lze nyní nakonfigurovat tak, aby byly vytvořeny podsložky obsahují výstupy.
• Nové zástupné symboly jsou k dispozici při definování jména workflow výstupů: {user}, {hostitele} a za prvků časové razítko objektu výstupního {rok}, {měsíc}, {den}, {hodiny} {minuty}, {druhé}.
• Symboly v rámci pracovního postupu výstupních jmen, které byly dříve k dispozici pouze jako číslice lze nyní zadat pomocí napsaná jména: {name} je synonymem pro {1} a {} vstup je synonyma pro {2}
.
• 
  

  Při použití {2} vyhrazené místo pro vlastní pojmenování ve workflow výstupních prvků, tak odemknuté vstupy budou zahrnuty do vygenerovaného jména.

  
  
• 
  

  ve vytvořeném pdf zobrazující všechny nakonfigurované parametry pracovního postupu, vstupy pro parametry připojeno k nástroji nebo vstupní prvek nyní seznam jmen určujících prvků. Dříve parametrů zápisy pro tyto prvky zůstaly prázdné.

  
  
• 
  

  Kde je název nástroj byl změněn v pracovním postupu, původní název je nyní zahrnut vedle změněným názvem při exportu parametrů pracovního postupu.

• 
  

  Pohled Historie datových prvků vytvořených pomocí workflow nyní obsahuje informace o postupu, který je vytvořil.

  
  
• Pořadí nástrojů v pracovním postupu "Přidat prvek" menu nyní odpovídá pořadí v menu Workbench prvky.
• lepší kontrolou pracovní postup na pomoc uživateli při identifikaci vstupy, které budou ignorovány kvůli konfiguraci pracovního postupu prvků.

& nbsp;

& nbsp;

• Rychlé spuštění nástroje se nyní nachází v menu Nástroje místo v nabídce Zobrazit a tlačítko s názvem Launch, která vyvolá tento nástroj byl přidán do panelu nástrojů.

• Analýzy lze nyní spuštěna na datových prvků uvedených v tabulce výsledků v tabulce místní vyhledávání výběrem prvků zájmu, kliknutí pravým tlačítkem myši a navigace pomocí kontextového menu, které se objeví.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp; ". Odstraňte Association (y)" možnost pro odstranění sdružení metadat z vybraných datových prvků byla přidána sin pohled prvky metadat v pravým tlačítkem myši kontextové menu

• v metadatech Najít související data zobrazení je nyní také možné použít najít v oblasti navigace při výběru více řádků.

  
  
• Při importu metadat z tabulky s formulí v tom, výsledek vyhodnocení vzorce (jak je zobrazen v Excelu) je nyní importovány spíše než samotný vzorce.

& nbsp;

• Veškerá komunikace serveru NCBI je nyní kódován. (NCBI bude pohybující se všechny webové služby protokolu HTTPS dne 30. září 2016). & Nbsp;

  
  

• Seznam enzymů předinstalovanými v pracovním stole. & Nbsp; byl aktualizován z Rebase

  
  

• Volba "není v seznamu" byl představen jako nová možnost filtrování tabulky.

  
  

• přečíst podrobnosti skupiny jsou nyní zobrazeny na Element Info pohledu seznamu sekvencí.

  
  

• GenBank import nyní také umožňuje názvy souborů s "GBFF 'rozšíření.

  
  

• "Uspořádat složky" nástroj nyní používá číselné třídění pro názvy souborů s předponou číslem.

• Nové zástupné symboly při definování jména vývozce výstupy jsou k dispozici: & nbsp; {User}, & nbsp; {hostitel}, a pro prvky časové razítko objektu výstupního {rok}, & nbsp; {měsíc}, & nbsp; {den}, & nbsp; {hodin, & nbsp; {minuty}, & nbsp; . {druhé} & nbsp;
• Symboly v rámci export výstupních jmen, které byly dříve k dispozici pouze jako číslice lze nyní zadat pomocí napsaná jména: {input} je synonymem pro {1}, {rozšíření} je synonymem pro {2} a {čítač} je synonymum pro {3}.

Co je nového ve verzi 7.7.1:

• Opravena chyba, která vznikla při provádění pracovních postupů s více vstupů v dávce, ve kterých provedené změny na předem definované fixní vstupy zadané během procesu spuštění nebyly použity.
• Opravena chyba, kdy nástroj Motif Search nesprávně ohlášené všechna utkání přesnosti jsou buď 0% nebo 100%.
• Opravena chyba, kdy třídění složky při ukládání do něj mohla být podnětem k chybě.
• Opravena chyba v dialogu dávkovém režimu, která by vedla k chybě, když se vyskytly problémy spojené s podkladovým souboru nebo lokalizačních údajů.

Co je nového ve verzi 7.7:

Import Metadata - základní a snadný import metadat. Tento nástroj doplňuje nástroje jsou k dispozici v tabulce Metadata editoru.

Co je nového ve verzi 7.6.4:

• Byl opraven bug, kdy hledání sekvencí na nástroj národní centrální banky by se nepodaří stáhnout nukleotidových sekvencí s chybovým hlášením "Následující sekvence nebyly staženy správně.
• opraven problém s výbuch NCBI kroku Create protein sestavy nástroje.
• Opravena chyba vedoucí k chybě při exportu VCF, kde uvedené údaje byly původně dovezeny z VCF souborů a hodnoty v poli QUAL byly celá čísla. & Nbsp;
• Export v pohyblivé řádové čárce (desetinná čísla) na VCF & nbsp; formát byly dříve závislé na zadané národní. Tento problém byl opraven tak, aby se & nbsp; oddělovač desetinných míst. & Nbsp; nyní vždy je bod
• Při automatické přiřazení metadat, záznam nyní ukazuje, které řádky metadat nebyly spojeny s žádnými daty.
• Opravena chyba, která zabránila metadata manuální informace, které mají být přístupné zevnitř Workbench.
• Opravena chyba, kdy dělal automatickou asociaci pomocí tabulky metadat uložen na serveru CLC by selhat.
• Automatická asociace metadat nyní zpracovává sdružení založené na prefix jmen datových spíše a přesné shody na celý název dat.
• tabulka metadata již nepotřebuje klíčový sloupec pro jeho řádky být ručně spojena s datovými prvky.
• Možnost potlačit role metadat dříve viditelné v konfiguraci Workflow výstupů byl odstraněn.
• Opravena chyba děje, když byl Workbench Umístění dat ukázal na souboru v systému namísto složky. To se nyní zobrazí jako nedostupné v oblasti Workbench navigace.
• Povolené popisky pro všechny parametry při konfiguraci a vykonávající pracovní postupy.
• přihlašovací proces od Workbench na CLC Server před otevřením CLC url začne nyní musí dokončit.
• Oprava problému na Macích, kde byl Workbench není uznáván jako vlastní popisovač protokolu pro CLC: //. Adresy URL
• Vyřešeno vzácnou vyskytující výjimku, která by mohla být vyvolána přepínání zobrazení editoru s dvojitým kliknutím.

Co je nového ve verzi 7.6.3:

Nové funkce a vylepšení

• Batching na vybraných prvků je nyní možné: to bývalo být omezena na vybraných složek
.
• Jeden může nyní vybrat "EST", jak je databáze při použití Search for sekvence na nástroj NCBI.
• hierarchického shlukování vzorků nástroje mohou být nyní provedeny jako součást pracovních postupů a na serveru.
• Vylepšená správa paměti při zpracování velkých sestav prvků.
• Popisy na listech fylogenetických stromů nyní zobrazí popis připojené sekvence.
• Čísla jsou již připojeny ke jménům Workflow prvků při vytváření kopii Workflow pomocí "Open kopii Workflow".
• Správa metadat. Mějte přehled o vstupních souborů a importovat metainformace pro vaše vzorky.

Opravy chyb

• Opravena výjimečná vyskytující problém, kdy by Workbench zobrazí chybové hlášení při instalaci 3. stran licencovaný plugin.
• Opravena chyba, kdy převzetí některé položky v tabulce výsledků výbuch by mohl zvýraznit špatné zarovnání při výbuchu editoru kdyby byla tabulka filtrovány nebo třídit.
• Opravena chyba, kdy kliknutím na anotaci v editoru Konstrukční Půdy může vést k chybovým hlášením.
• Opravena chyba, kdy anotace který by překlenul konce kruhové posloupnosti by být nesprávně umístěn v kruhovém Sequence View.
• Opravena chyba, která způsobila pracovní stůl zmrazit, pokud určité sekvence byly zobrazeny v kruhové zobrazení s radiálním vykreslování štítků.
• Pevné vyvážené zprávy, které mají špatnou autora v určitých situacích.
• Opravena chyba, kdy Vytvořit krabicový graf a Principal Component Analysis mohl někdy být spuštěn s nelegálními argumentů, což vede k chybové hlášení.
• Výstup nástroje reverzní komplement sekvence se dostane příponu -RC připojen k názvu vstupu místo -1 dříve.
• Opravena chyba v Předpovědět sekundární struktuře nástroje, kdy byla vybrána možnost pro výpočet funkce oddíl pro dlouhé molekuly (více než 1000 nukleotidů).
• Opravena chyba, kdy člověk nemůže přiblížit po oddálení plně na velmi velkých pracovních postupů.
• Opravena chyba, která bránila kořenový adresář na Windows pohání byly použity jako umístění souborů.
• Opravena chyba, kdy aktualizaci stávající instalace systému Windows by mělo za následek souboru .vmoptions nebyla odstraněna, což činí Workbench spustit s výchozí konfiguraci Java.

Co je nového ve verzi 7.6.2:

• Přidán práci kolem problému Java, který občas vyústila v Workbench zobrazování neinformativní chybu a nutnosti restartování pokračovat v práci.
• Opraven problém se spouštěním výbuch NCBI kde NCBI generované chyba o jejich limitu využití CPU překročení nebyla hlášena transparentně a výsledkem "bez hitů" byla hlášena místo.
• Oprava byla použita, aby se zabránilo výjimku v případech, kdy vyčištění stažených souborů z vysokých nezdařila.
• The Reverse Přeložit nástroj ignoruje jakýkoli genetický kód zadaný v kodonu frekvenčních tabulek. Všechny zpětný překlad by tedy použita standardní genetického kódu.
• Při instalaci workflow s balíčků dat je již možné vybrat složku jen pro čtení pro ukládání dat.
• Opraveno špatné zobrazování "podporovaného formátu" při exportu prvky z obou editoru složky nebo lokální vyhledávací Editor.
• Oprava možného chybného souboru, který je uložen při úpravách nalezený soubor přes Local Search Editor.
• Parcely uvnitř zpráv jsou nyní zobrazeny s jejich uložené nastavení bočního panelu.
• Pevná ukládání různých čar barvy na pozemcích přes bočním panelu.
• možnost Boční panel pro zobrazení legendy na pozemku s více než 10 vzorků je nyní povolena.
• Opravena chyba, která vedla k chybě při vykreslování pozemky pro prázdných datových sad.
• Opravena chyba, kdy volba "Empty Koš" Byl někdy nesprávně nedostupné.

Co je nového ve verzi 7.6.1:

• GTF vývozce je nyní k dispozici pro hlavní Workbench.
• Transkriptomika experiment a ukázkové tabulky může být nyní řazen, dokonce s velkým počtem řádků.
• Lepší Excel, HTML a tabulátory export variant (Vyberte pouze anotace / sloupce, které potřebujete).

• Oprava chyby, které ovlivňují "Cut Sequence před / po Selection" nástroj v klonování editoru.
• Opravena chyba, kdy levým tlačítkem myši rychle následoval pravým tlačítkem myši bylo interpretováno jako poklepání na OS X (v seznamu výsledků hledání vytrvalost, v panelu nástrojů stromu a v workflow editoru).

Co je nového ve verzi 7.6:

• Skladby:
  • Konzistentní výstup při obohacování varianty skladby a anotace skladeb s možností sloupců tabulky. Výstupní stopy z těchto nástrojů se mají stejný počet přidaných sloupců tabulky a sloupce bude vždy ve stejném pořadí. Dříve, pokud se přidá sloupec měl prázdné hodnoty pro všechny varianty řádky, že by byly odstraněny z konečné tabulky, což má za následek různý počet a relativní pořadí dalších sloupcích, kdy byly více vzorků zpracovaných pomocí stejných nástrojů / pracovních postupů. Všechny sloupy jsou zachovány nyní, což usnadňuje následné zpracování exportovaných tabulek, a poskytuje okamžitou vizuální reference o tom, které byly použity obohacení / anotace nástroje, a to i v případě, že nepřinesly žádné výsledky pro určitý vzorek.
  • Stoly pro variantní tratí a anotace stopy mohou nyní Uspořádání a filtrování sloupy s buňkami, které obsahují více čísel.
  • Lepší divák trať pro variantu sleduje ukázat sekvenční změnu na vykreslené variantu.
  • Graf stopy nyní ukazují záporné hodnoty naplněn vzhůru, aby y = 0 (podle očekávání).
  • Vyšší počet desetinných míst pro čísla při exportu tabulky do formátu CSV, tabulátorem textový a tabulkový procesor Excel.
  • Lepší hlášení chyb týkajících se nedostatku místa na disku.
  
  

Co je nového ve verzi 7.5.1:

• Nyní je možné spustit pracovní postup bez volitelného vstupu.
• AAC nástroj neměl komentovat varianty v 3 'UTR s jejich změnou DNA hladiny pomocí HGV c.xxx formátu. To má vliv na žádnou analýzu vykonanou v Gx 7,5 nebo dříve na základě ENSEMBL CDS skladby ze starších versons. Analýza AAC by měl být přepracován pomocí Gx 7.5.1 pro správnou anotaci.
• Pfam filtrování chyba opravena. Dříve Pfam vykazovat pouze první domény každého typu v dotazu a v důsledku toho mnoho oblastí zmizely. Doporučujeme, aby uživatelé, jejichž výzkum závisí na tom, pfam anotací znovu spusťte nástroj na jejich data.
• Opravena chyba v "Maximum Pravděpodobnost Phylogeny" nástroj, který selhal při generování bootstrap hodnoty pro některé vstupní zarovnání.
• Pevné problém s rolováním na příslušné soubory při výběru objektů jako parametry průvodců nástrojů.
• Blast textové výsledky byly vylepšeny tak, aby ukazují správný dotaz a předmět pozice bez ohledu na vlákna.
• Opraven problém, který brání trhacích prací při výběru ke spuštění těchto na CLC serveru.
• Nyní je možné spustit pracovní postup bez volitelného vstupu.