snakemake

budování systémů, jako je make jsou často používány k vytváření složité pracovní postupy, např V bioinformatiky. & nbsp; snakemake si klade za cíl snížit složitost vytváření pracovních postupů tím, že poskytuje čisté a moderní jednotlivé oblasti specifikace jazyka (DSL) v Pythonu stylu, spolu s rychlou a komfortní prostředí pro spouštění.
Instalace
- V Ubuntu 12.04, můžete si nainstalovat balík Debian python3-snakemake k dispozici v našem příručního panelu úložišti.
- V ostatních systémech, budete potřebovat pracovní instalaci Pythonu> = 3.2. V závislosti na vašem systému, pak můžete nainstalovat snakemake vydáním buď easy_install snakemake nebo easy_install3 snakemake v příkazovém řádku. Pokud nemáte administrátorská priviledges, podívejte se na argumentu --user o easy_install.
- A konečně, snakemake lze nainstalovat ručně stažením archiv zdrojový kód z pypi.
Použít
Snakemake nabízí jednoduchý DSL popisující pracovní postupy, které vytvoří soubory v několika následujících krocích:
vzorky = ["01", "02"]
# Volitelně definovat adresář, kam by mělo být provedeno práce.
Workdir: "cesta / k / Workdir"
# Podobný, aby se, definovat pravidla, falešné, které působí jako sestavení cíle.
pravidlo all:
& Nbsp; input: "diffexpr.tsv", ...
pravidlo shrnout:
& Nbsp; input: "{} vzorek .mapped.bam" .format (vzorek = y) s ve vzorcích
& Nbsp; výstup: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; běh:
& Nbsp; # ... poskytnout určitý kód v jazyce Python produkovat výstup ze vstupních souborů
& Nbsp; # např. Přístup vstupní soubory podle indexu
& Nbsp; vstup [1]
& nbsp; # přístup zástupné hodnoty
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # snadno spouštět příkazy shellu automaticky pomocí implicitní shell a zároveň mají přímý přístup
& Nbsp; # do všech místních a globálních proměnných prostřednictvím formátu minilanguage
& Nbsp; threads = 6
& Nbsp; shell ("somecommand --threads {nitě} {vstup [0]} {výkon [0]}")
pravidlo map_reads:
& Nbsp; # přiřadit názvy pro vstupní a výstupní soubory
& Nbsp; vstup: čte = "{} vzorku .fastq", hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp; # výstupní značka soubory být chráněna proti zápisu po vytvoření
& Nbsp; výstup: mapovány = chráněná ("{} vzorek .mapped.sai")
& Nbsp; # Případně definovat zprávy, které se zobrazují místo obecným popisem pravidla o výkonu pravidla:
& Nbsp; zpráva: "Mapování čte {input.hg19}"
& nbsp; nitě: 8
& Nbsp; shell:
& Nbsp; # přímo poskytovat příkazy shellu (v multi nebo jednoho řádku řetězec), pokud není potřeba syntax python.
& Nbsp; # znovu, globální a lokální proměnné lze přistupovat pomocí formátu minilanguage.
& Nbsp; # Dále lze zadat počet vláken používaných pravidlem. Snakemake plánovač zajišťuje, že pravidlo je běh s zadaný počet vláken, pokud dostatek jádra jsou k dispozici prostřednictvím -j možností příkazového řádku.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; bwa aln -t {nitě} {} {input.hg19 input.reads}> {output.mapped}
& Nbsp; někteří --Ostatní --command
& Nbsp; "" "
Vzhledem k tomu, si "Snakefile", s takovým syntaxí, workflow mohou být provedeny (například s využitím až 6 paralelních procesů) by issueing:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
Pro více informací viz Tutorial

Vlastnosti :.

• Definovat pracovní postupy v textové způsobem písemně pravidla, jak vytvořit výstup soubory ze vstupních souborů v syntaxi jednoduchý python založené. Na rozdíl od GNU make (což je v první řadě build systém), snakemake umožňuje pravidlo vytvořit více výstupních souborů.
• Snakemake automaticky spočítá, které je třeba pravidla, které mají být provedeny pro vytvoření požadovaného výkonu.

Pravidla
• Jak skořápky, stejně jako full python syntax uvnitř pravidla je podporován. Příkazy Shell mají přímý přístup ke všem místním a globální proměnné python.
• Stejně jako GNU dělat, snakemake lze-li to možné naplánovat paralelní pravidel popravy. Dále, mimo pravidlo paralelizace lze kombinovat s pravidlem paralelizace uvnitř (např nitě) a snakemake zajišťuje, že počet použitých jader nepřekročí zadanou hodnotu.
• Soubory mohou být označeny jako dočasný (to znamená, že mohou být odstraněny, jakmile není potřeba více) nebo chráněné (to znamená, že bude chráněna proti zápisu po vytvoření).
• Vstupní a výstupní soubory mohou obsahovat více pojmenovaných zástupné znaky.
• Vstupní a výstupní soubory mohou být pojmenovány tak, že řešení je uvnitř vlády se stane po ruce.
• Mapa redukovat jako funkčnost se provádí pomocí snadno přečíst python syntaxe seznam s porozuměním.
• Jako experimentální funkci, snakemake může běžet na clusteru zadáním podat příkaz (např qsub Sun Grid Engine).

Požadavky na :

• Python