kroků je balíček pro přesné stochastické simulace systémů reakce-difuze v libovolně složitých 3D geometrie. Naším základním simulace algoritmus je implementace Gillespie je SSA, rozšířila se vypořádat s difúze molekul přes prvků 3D čtyřboká ok.
I když bylo vyvinuto především pro simulaci detailní modely neuronových signálních drah v dendritů a kolem synapsí, to je obecný nástroj a mohou být použity pro studium jakékoliv biochemickou cestu, ve které prostorové gradienty a morfologie jsou zřejmě hrají roli.
Zavedli jsme kroky jako sadu modulů Pythonu, což znamená, že KROKY uživatelé mohou používat Python skripty řídit všechny aspekty nastavení modelu, generování pletivo, řízení simulaci a generování a analýzu výkonu. Jádro výpočetní postupy jsou stále realizovány jako C / C ++ přídavnými moduly pro maximální rychlost provedení.
. KROKY je šířen pod licencí GPL v3
Požadavky na :
- Python
Komentáře nebyl nalezen