tapir

tapír je nástroj, Python, který obsahuje programy pro odhad a pozemek fylogenetický informativnost pro velké soubory dat.
pochvalná tapír
Při použití tapír, prosím citovat:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapír umožňuje vysokou propustnost analýzu fylogenetické informativnost.
- Townsend JP: Profilování fylogenetický informativnost. Systematická Biol. 2007, 56: 222-231.
- Rybník SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: hypotéza testování pomocí phylogenies. Bioinformatika 2005, 21: 676-679.
Instalace
V této chvíli, nejjednodušší způsob, jak nainstalovat program je:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / cesta / k / tapír
Chcete-li spustit testy:
cd / cesta / k / tapír /
python test / test_townsend_code.py
Použít
Estimate_p_i.py kód volá dávkový soubor pro Hyphy, který je v šablonách /. Tento soubor musí být ve stejné pozici vzhledem k tam, kde si dát estimate_p_i.py. Pokud nainstalujete tenčí jak je uvedeno výše, budete v pořádku, pro tuto chvíli.
Běžet:
cd / cesta / k / tapír /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - výstup Output_Directory
& Nbsp; - epochy = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - doba = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing je volitelné, bez ní, bude každý místo probíhat postupně.
Pokud jste již spustili výše uvedené a uložené výsledky do výstupního adresáře (viz níže), můžete použít již existující záznamy site sazeb spíše než odhadování ty zase s:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - výstup Output_Directory
& Nbsp; - epochy = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - doba = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessingu
& Nbsp; - site-ceny
Výsledky
tapír píše výsledky do sqlite databáze v výstupní adresář vašeho výběru. Tento adresář je také držitelem sazeb webu soubory ve formátu JSON pro každý lokus prošel tapir_compute.py.
Můžete přistupovat výsledky v databázi následovně. Další příklady, včetně vyhodnocování, naleznete v dokumentaci
- Nahodit SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / fylogenetický-informativeness.sqlite
- Získat integrální data pro všechny epoch:
& Nbsp; vyberte místo, interval, pi z loci, kde interval loci.id = interval.id
- Získat nedílnou data pro konkrétní epochy:
& Nbsp; vyberte místo, interval, pi z loci, interval
& Nbsp; kde interval = '95 -105 'a loci.id = interval.id;
- Získat počet loci s max (PI) v různých epoch:
& Nbsp; vytvořit dočasné tabulky max jako select id, max (pi), jako maximálně z intervalu skupině pomocí id;
& Nbsp; vytvořit dočasné tabulky t jako vyberte interval.id, interval, max od intervalu, max
& Nbsp; kde interval.pi = max.max;
& Nbsp; zvolit interval, počítat (*) od t skupině pomocí intervalu;
Poděkování
Děkujeme Francesc Lopez-Giraldez a Jeffrey Townsend za poskytnutí nám kopii svého web-zdrojového kódu aplikace. . BCF díky S Hubbell a P Gowaty

Požadavky na :

• Python
• scipy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (prosím stáhněte nebo postavit jeden-threaded hyphy2)