Benchmark System Bioinformatika je pokus vybudovat přiměřenou testovací rámec, testy, a data, s cílem umožnit koncovým uživatelům a prodejcům sonda výkonnost svých systémů.
Co se snažíme udělat, je vytvořit rámec pro testování, a základní sadu testů, které všechny mohou stáhnout a používat sondovat specifických prvků systémů výkonu.
Kromě toho, aby zdroj těchto testů jsou k dispozici pod GPL, a jsou hostovány na Bioinformatics.org a Scalable informatika LLC Cílem je umožnit koncovým uživatelům, spotřebitelé, vývojáři systémů a ostatní, aby se snadno vytvářet a používat smysluplné testy pro měření a tuning důvodů ,
Joe Landman z Scalable informatiky LLC dostal nápad a napsal původní kód. Těšíme se na další návrhy benchmarkových kód, testy, datových souborů, atd
Současné testy výchozího stavu jsou několik NCBI BLAST běží několik HMMER běží, a řada dalších. Plánujeme zařadit ClustalW, Tandem X!, Různé chemii, dynamiku, a související testy, stejně jako několik dalších.
Testy, jako je LINPACK nebo HPL prostě nemají poskytovat smysluplné ukazatele výkonnosti nebo prediktivní modely pro vysoce výkonné informatiky. Bohužel, ani řadu novějších a soustředěný testů.
To je problém, protože Linpack a HPL specificky otestovat výkon na různých maticové operace, kde máte efektivně pravidelný přístup paměti vzory, a konkrétní matematické operace.
Tyto kódy jsou nejvíce užitečné pro srovnání s kódy s těžkými pohyblivou řádovou čárkou, a prokládané paměti dopravy. Tyto kódy nebyly navrženy pro komplexní systémy benchmarking, kde disk I / O, paměť latence, a další faktory přispívají k problémům s výkonem.
Nejlepší testy jsou ty, které jsou nejvíce podobné kódy budete provozovat na stroji. Testy samy o sobě by měly být přiměřené aproximace skutečné realizaci vašeho kódu, s využitím reálných dat. Možná budete muset pare zpět, aby si realistické dobu chodu.
Měli byste mít rozumnou podmnožinu datové velikosti. Jediný test nemusí vám říct, jak váš systém váhy, a jedním z důvodů pro existencí tohoto testu je konkrétně vám umožní otestovat výkon a zároveň zvýšíte různé aspekty pracovního zatížení.
Ty se jen zřídka dostanou klidového systém v clusteru, takže bychom doporučujeme pokusu o spuštění v realistickém jako provozní prostředí, jak je to možné. Výchozí v klidovém systému je v pořádku, ale to může nastavit vaše očekávání nepřiměřeně.
top
Komentáře nebyl nalezen