goby

přehlédnutí je Python API pro čtení binárních datových souborů vytvořených pomocí rámce pro správu dat Goby next-gen.
Za normálních okolností, tento adresář je jako součást kompletního Goby balíček, k dispozici od:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Kompletní balení obsahuje zdrojový kód v jazyce Java. Pokud jste si stáhli tento balíček z PyPI nebo jinou Python specifické zdroje, může jste obdrželi pouze Python část kódu.
Rozvoj Varování
V Goby Python knihovny nejsou tak zralý jako implementace Java. To může být kočárek a není určen pro kompletní sadu funkcí, které se nacházejí ve verzi Java.
Instalace:
& Nbsp; 1. Ujistěte se, že máte Python 2.5 nebo novější. Pokud si nejste jisti, spusťte:
python -V
& Nbsp; 2. Stáhněte si a nainstalujte předpoklad python balíčků:
& Nbsp; 1. Protokol Nárazníky
& Nbsp; Dostupný z http://code.google.com/p/protobuf/ nebo PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python náhrada za java.util.Properties
& Nbsp; dispozici od http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Nainstalujte balíček Goby:
python setup.py nainstalovat
& Nbsp; Tento krok může vyžadovat práva superuživatele.
Použití:
Příklad skripty jsou poskytovány ukázat, jak přistupovat k obsahu Goby souborů v Pythonu.
& Nbsp; * Zde je, jak kontrolovat soubor zarovnání Goby:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Soubory basename.entries a basename.header nutné ukončit.)
& Nbsp; * další příkaz vypíše obsah souboru vyrovnání jako text:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * další příkaz převést kompaktní čte soubor FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-čte
& Nbsp; * další příkaz vytiskne statistiku o obsahu kompaktního čte soubor:
GobyReadsStats.py file.compact-čte

Požadavky na :

• Python