CodonW

CodonW je program určený ke zjednodušení vícerozměrné analýzy (analýza korespondence) využití kodonů a amino kyselin. To také počítá standardní indexech použití kodonů. To má jak nabídku a příkazového řádku rozhraní.
Projekt CodonW byl napsán Johnem Peden v laboratoři Paula Sharp, Dept genetiky, University of Nottingham. John pracuje v lidské genetiky a je v současné době zaměstnán jako ProCardis správce databází na WTCHG v oxfordské univerzitě.
Zde jsou některé klíčové rysy "CodonW":
· Je napsaný v ANSI vyhovující C
· Menu řízený
· Rozsáhlá řada možností příkazové řádky
· Genetický kód nezávislý
· Žádné omezení
1. počet sekvencí
Délka 2. sekvence
· Vypočítá indexy na použití kodonů
1. CAI: Codon index adaptace
2. Fop: Frekvence optimálních kodonech
3. Nc: Efektivní počet kodonů
4. CBI: Codon Bias Index
· Počítá indexy aminokyselin
1. Gravy skóre
2. Aromaticity
· Vypočítá korespondence analýzu
1. využití kodonů
2. RSCU (Relative synonymní využití kodonů)
3. aminokyselin použití
· Korespondence analýza
1. mohou zahrnout / vyloučit kodony / aminokyseliny
2. mohou generovat podrobné zprávy o trendech
3. pokusy o automatickou identifikaci optimálních kodonů
4. může dovolit další dat byly přidány
5. zaznamenává libovolný počet trendů
· Výpočet parametrů genové
Délka 1. Gene
2. GC, GC3s a poloze kodonu konkrétní G + C
3. dinukleotid složení (ve všech třech kodonů rámy)
4. aminokyselin využití
5. Relativní využití aminokyselina
6. Codon použití
7. Relativní Synonymem využití kodonů
· Může koncepčně překládá sekvencí proteinu
· Přeformátuje sekvence dat
· Human nebo strojově čitelné výstup
· Může zřetězit geny (při zachování čtecího rámce) pro výpočet
1. celkové využití kodonů
Obsah 2. GC
3. dinukleotidu složení
· Generuje tabulky kodonu, aminokyselinu, nebo je s nimi nakládáno RSCU
· Může dokonce vám pomůže naučit genetický kód.
· A další