E-Cell System

E-Cell System je koncept budování virtuálních buněk na počítačích.
E-Cell System je sada softwaru objektově orientovaný pro modelování, simulaci a analýze rozsáhlých komplexních systémů, jako jsou biologické buňky, architected podle Kouichi Takahashi a napsaných nádherné týmu vývojářů. Jádro součástí systému, E-Cell simulačního prostředí verze 3, umožňuje mnoho komponent poháněných více algoritmy s různými lhůtami na koexistovat.
E-Cell Projekt je mezinárodní výzkumný projekt zaměřený na rozvoj potřebných teoretických podpěry, technologie a softwarové platformy umožňující přesné simulaci celou buněk.
E-Cell Systém se skládá z následujících tří hlavních částí:
- E-Cell simulačního prostředí (nebo E-Cell SE)
- E-Cell Modeling pro životní prostředí (nebo E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Vlastnosti :

• Základní možnosti:
• Objektově orientované modelování a simulace komplexních systémů.
• Plug-in architekturu. Nové třídy user-objektů mohou být vyvinuty, dynamicky zavedeno, a použitý v simulaci.
• interakce v reálném čase uživatele a vizualizace během simulace.


• Scripting:
• Python skriptovací ze simulační relace (manipulace run / stop / parametr / zpracování dat, atd ...).
• Python scripting ze simulačního experimentu, který zahrnuje mnoho běhů simulace zasedání (jako ladění parametrů, metabolického kontrolní analýzou atd ..)
• Python scripting výroby modelu souboru (např pro automatizovanou modelovou stavbu z databází).


• Kompatibilní:
• na úrovni SBML 1/2 import.
• na úrovni SBML polovina vývozu.


• Paralelní výpočet:
• sdílené paměti, multi-thread paralelizace jediné simulační relace. (Které mají být sloučeny do hlavní větve.)
• Cluster a mřížka distribuovaný výpočet různých simulačních relací. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Co je nového v této verzi:.

• Tato verze přidává různé opravy chyb

Co je nového ve verzi 3.1.107 RC2:

• Opravena chyba v ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Opravena chyba v ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Co je nového ve verzi 3.1.107 RC1:

• Opraven problém kompilace na novějších GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Integrované pyecs do pyecell. (Moriyoshi)
• Sloučený ecell.emc do ecell.ecs, aby se zabránilo statické inicializátor podivnosti v nějaké platformy (včetně Mac OS X). (Moriyoshi)
• dvě GUI frontendy (session-monitoru a model-editor) byly obnoveny, že dva balíčky python modulů, ecell.ui.osogo a ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• přesunuto GtkSessionMonitor na ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, který se nachází v ecell / frontend / SESSION_MANAGER. (Moriyoshi)
• Přejmenovaný ecell.SessionManager na ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Odstraněno následující konstanty z ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)