edittag je sbírka aplikace pro vytváření sad editačních metrických sekvence tagů, kontrola sekvenční značky pro konformaci na úpravy metriky, a integrace sekvenční značky platformě specifické sekvencování adaptérů a PCR primery. edittag se liší od jiných přístupů:
& Nbsp; * edittag vytváří libovolné délky editačních-metrický sekvencí značek v přiměřených lhůtách pomocí multiprocesing
& Nbsp; * edittag produkuje štítek sady editovat metrika sekvence odpovídají úprav vzdálenosti zvoleného
& Nbsp; * edittag používá primer3 k integraci sekvenčních tagy na PCR primery
Nabízíme několik velkých sad editačních metrický sekvencí značek, jejichž použití edittag v těchto formátech:
& Nbsp; * text - tento soubor je ve vhodném formátu pro check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite databáze
Citace
Faircloth BC, Glenn TC. Velké sady úprav, metrický identifikaci sekvence
tagy usnadnit rozsáhlé multiplexování čte z masivně
paralelní sekvenování. doi_
Instalace:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py nainstalovat
sklad
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
volitelný balíček (py-Levenshteinova)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshteinova-0.10.1.tar.bz2
python setup.py nainstalovat
volitelný balíček (primer3)
Pokud chcete navrhnout primery zahrnující úpravy metrický sekvenční značky, musíte nejprve nainstalovat upravenou verzi primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD mod-primer3 / src
dělat
make install
Ujistěte se, že budete pohybovat binární soubory z mod-primer3 na místo ve vaší cestě (pohybovat alespoň primer3 dlouhé a primer3_config do stejného adresáře v cestě). Poté můžete spustit
Požadavky na :
- Python
- numpy
- Levenshteinova
- mod-primer3
Komentáře nebyl nalezen