misopy

MISO (směs izoforem) je pravděpodobnostní framework napsaný v Pythonu, který quantitates hladinu exprese & nbsp; z alternativnímu sestřihu genů z RNA Seq dat, a identifikuje rozdílně regulované izoformy nebo exony přes vzorků.
Modelováním generativní proces, který čte jsou vyrobeny z izoforem v RNA-Seq, model MISO používá Bayesian závěr pro výpočet pravděpodobnosti, že čtení pochází z určitého izoformy.
MISO používá odvozený přiřazení čte izoforem pro kvantifikaci abundances základní sady alternativních mRNA izoforem. Intervaly spolehlivosti nad odhady mohou být získány, který kvantifikovat spolehlivost odhadů.
Pro MISO manuál a dokumentaci naleznete http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/

Požadavky na :.

• Python