Pathomx

Pathomx (dříve MetaPath) je open source grafický software realizován v IPython, Qt a PyQt, navržen od základu tak, aby jednala jako interaktivní nástroj pro vizualizaci a analýzu metabolických údajů podle GNU / Linux a další POSIX & nbsp; provozní systémy. To bylo původně navržen tak, aby být použity pro zpracování Metabolomika data.Features na několika glanceKey funkce patří podpora pro import a export NMR (nukleární magnetická rezonance) dat, zpracování spektra, včetně normalizace, binning a zarovnání, stejně jako metabolickou dráhu vizualizace a hornictví. Budete mít také možnost importovat genomické a Metabolomika dat prostřednictvím různých cest k vizualizaci na určených drah.
Různé MetaCyc databáze anotace jsou také zahrnuty v žádosti Pathomx, mezi kterými můžeme zmínit sjednocujících databáze odkazy, synonyma, stejně jako související dráhy a reakce. Vezměte prosím na vědomí, že databáze MetaCyc je odvozen z veřejné API.
Aplikace používá výkonný MetaCyc databázi pro rychlé zkoumání složitých datových souborů, díky rozšiřitelné a konfigurovatelné pluginů. Kromě toho používá numpy a scipy knihovny pro číslo manipulaci, Matplotlib pro vytváření grafů, nmrglue pro NMR Import dat, d3.js pro interaktivní grafy, a scikit učit pro statistickou analýzu methods.Under kapucí a podporované OSesLooking pod kapotou Pathomx, můžeme si všimnout, že žádost byla vybudována na IPython příkazového prostředí. To také funguje dobře v operačních systémech Microsoft Windows a Mac OS X, pro které je k dispozici ke stažení jako předpřipravených binárních balíčků. Pro GNU / Linux, software je distribuován pouze jako komprimovaného archivu zdroj kompatibilní s 32-bit a 64-bitové hardwarové platformy.
Při použití Pathomx, uživatelé by měli mít na paměti, že aplikace využívá dat z dráhy databáze MetaCyc sám, který je součástí rodiny BioCyc. MetaCyc API se používá k výrobě dodanou databáze, která je uložena lokálně

Co je nového v této verzi:.

• Zcela nový drag-drop vizuální editor byl přidán.
• To vám umožní vytvářet analýzy pracovní postupy přetažením nástrojů do pracovního prostoru, editace spojení přetažením datové linky mezi nástroji, a pomocí zobrazení inline získat přehled současného zpracování.
• Data mohou být spadl do prostoru pro okamžité dovozu.
• také přidal živě per-nástroj pokroku oznámení, bary a indikátory stavu.
• Chyby jsou označeny s nápovědou (bubliny na nástroje, pokud je uvedeno červeně).

Požadavky na :

• Graphviz