PathVisio

PathVisio je open source a implementována v programovacím jazyce Java a od základů navržen tak, aby byl použit pro zobrazování, analýzu a editaci biologické cesty v rámci provozních GNU / Linux zcela zdarma grafická aplikace system.Can využít k tomu cesty , propojit biologický entitiesThe software umožňuje uživatelům kreslit cesty, propojení biologické entity (proteinů nebo genů) na biologických dat, s použitím databáze identifikátory, upravovat cesty, stejně jako analyzovat cesty. S PathVisio bude také moci Pro experimentální data, jako jsou například microarray dat, a vizualizovat ji na stávající dráhy výkresu.
Kromě toho, budete moci vybrat databázi genu, vyberte metabolické databázi, prohlížet statistiky, import výraz data, vyberte výraz datové sady, hledání cest, pohled legendy, manipulovat s předměty, import projektů, stejně jako instalace a správa pluginy, který lze přidat další funkce do app.Requires žádná installationThe aplikace mohou být použity bez instalace na vašem operačním systému GNU / Linux. Jediné, co musíte udělat, je stáhnout si binární balíček z Softoware, archiv uložit na místě dle Vašeho výběru, rozbalte ho pomocí archiv správce nástroj, otevřete extrahované adresář, a poklepejte na pathvisio.jar file.Under na hoodWhile přičemž rychlý pohled pod kapotu softwaru PathVisio, my a rsquo, jsem si všiml, že aplikace je psaný úplně v programovacím jazyce Java, a že jeho grafické uživatelské rozhraní je navrženo s nejnovějšími Java Swing technologií. We & rsquo, jsem úspěšně otestoval aplikace na počítačích podporujících jeden z 32 nebo 64-bit CPU architectures.Runs na jakémkoliv operačním systému, kde je Java supportedBeing napsaný v programovacím jazyce Java, PathVisio může být prohlášen aplikace je nezávislá na platformě, která podporuje GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, a jakýkoli jiný operační systém, ve kterém jsou podporovány nejnovější Java technologie

Co je nového v této verzi:.

• 31 leden 2014: Bug fix release
• GeneOntology termíny jsou nyní odstraněny z výsledků vyhledávání pro poznámky
• potřeba DataNodes být komentovaný s ID a zdroj dat nebo nic (ukládání dat uzly pouze s ID nebo zdroj dat není povoleno už)

Co je nového ve verzi 3.1.2:

• Major chyba v souboru importu modulu pevné: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Co je nového ve verzi 2.0.11:

• Automatické ukládání
• zoom pomocí kolečka
• Výběr linek je jednodušší: již není nutné kliknout na přesné pixel
• Nyní se dvěma metodami přes zastoupení analýzy; jedna cesta orientované a jeden datový orientovaný

Co je nového ve verzi 2.0.10:

• Nový způsob čerpání zaoblené obdélníky, aby se zabránilo protahování efekt
• Různé malé opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.9:

• Nový typ konektor pro konektor libovolné délky a svévolné úhly
• New & quot; buněčná složka & quot; vlastnost pro ukládání biologického významu z prostoru
• New & quot; double & quot; typ čáry (zvláště vhodné pro dvojité membraned organel)
• Klikací hypertextové odkazy v drahách
• viz milníku: & quot; milestone_27 & quot; Úplný seznam opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.8:

• Lepší tvary pro buněčné složky
• Po několika vylepšení použitelnosti, jako je kopírovat / vložit do kontextového menu
• viz milníku: & quot; milestone_26 & quot; Úplný seznam opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.7:

• ikony panelu nástrojů a nové boční panel, aby bylo snazší zvolte typ šipkami a tvary (díky liubing)
• cesta databáze jsou zahrnuty jako zdroj dat, takže si můžete přidat odkazy z jedné cesty na jiný
• BioPAX převodník byl vylepšen a produkuje více platných BioPAX dokumenty.
• nový typ konektoru, kde je možné jednotlivé body manipulovat (díky leonth)
• Počet datových zdrojů se zvýšil na více než 180
• viz milníku: & quot; milestone_25 & quot; Úplný seznam opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.6:

• lze zvýšit počet hmoždinek na tvar z výchozí 12.
• Legenda o vizualizaci dat lze nyní zobrazit na dráhy samotného obrazu. Dříve byl viditelný pouze v bočním panelu.
• viz milníku: & quot; milestone_24 & quot; Úplný seznam opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.4:

• zlepšila formátování textu tvarů, štítků a datanodes
• mnoho dalších tvarů pro datanodes
• jednoduchý pixelové souřadnice
• nastavit barvu na datanodes pozadí

Co je nového ve verzi 2.0.3:

• Nejpozoruhodnější v této verzi je nový XML Schema pro formát GPML dráhy (verze 2010a). Tento nový formát cesta bude umožní vznik řady nových grafické možnosti budoucnost, se můžete těšit na některé z těch, objevit se v příští verzi.
• Mezi další nové funkce:
• Neviditelné kotvy jsou opravdu neviditelné, alespoň pokud se něco s nimi spojené (Díky Margot)
• Extra -v příkazového řádku volba (díky Markovi)
• Aktuálně vybraný databáze správně zobrazí ve stavovém řádku znovu
• Mnoho nových rozšíření body za plugin vývojáře
• viz milníku: & quot; milestone_21 & quot; Úplný seznam opravy chyb

Co je nového ve verzi 2.0.1:

• Vylepšený algoritmus pro automatické konektory, které odkazují na kotvu .
• Lepší kresba typů šipek, které mají krátké & quot; mezera & quot; na konci.
• Vzhledem k tomu, Thawte freemail služba byla zrušena, jsme aktualizovali naše osvědčení o bezpečnosti
• Prohlížeč Cesta History měl chyba, kdy byl každý řádek považován za upravené, i když to nebylo. Tento problém byl opraven.

Požadavky na :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment