STEME

STEME Projekt začal život jako přiblížení k očekávání, Maximalizace algoritmu pro typ použitého modelu v motivu vyhledávačů, jako je MEME.
STEME & rsquo; s EM přiblížení provozuje řádově rychleji než provádění MEME pro typické nastavení parametrů. STEME nyní vyvinul v plnohodnotnou motivem hledáčku v jeho vlastní pravý.
Proč používat STEME?
Osvědčené zjištění techniky motiv
STEME je založen na ověřené a testované MEME algoritmu. MEME je jedním z nejvíce zralé a populárních motivů nálezci. Byl to jeden z nejlepších umělců v Tompa et al-rsquo; s. Měřítkem srovnání motivu nálezci.
Navrženo pro přenos velkých datových souborů
STEME je určen pro použití na typu velkých datových souborů typicky vytvářeny moderní biologické pokusy. STEME byl testován na vstupu v desítkách megabases, ale není tam žádný důvod, proč by neměl být používán u větších datových souborů.
Rychlý
STEME je velmi jednoduché. Typicky motiv nálezci mají výdrž, která roste rychle s velikostí vstupu. Vzhledem k STEME & rsquo; s použitím přípony stromů není tento problém trpět. STEME poskytuje možnosti ovládat runtime tak, aby uživatel určuje, jak dlouho jsou připraveni čekat na výsledky.
Flexibilní modely motiv
Mnoho motiv nálezci (především rychlé Výčtové motiv hledáčků) používají konvenční sekvence jako modely vazebná místa. Ty nejsou tak flexibilní jako PWM, které STEME využití a nemůže zachytit stejný rozsah motivů jako PWM.
Snadné použití
STEME produkuje výstup v MEME & rsquo; to dobře zavedený formát takže je snadné použití v navazujících nástrojů. STEME & rsquo; s výstupem byl testován s nástroji z Meme, Biopython a BioPerl.
Přesné výpočty významnosti
STEME & rsquo; s význam výpočty jsou navrženy s velkými soubory dat v paměti. Motif nálezci, které nebyly napsány pro přenos velkých datových souborů může často špatně přepočítat význam motivů, které najdou. To je obzvláště zákeřná problém a těžké pro uživatele identifikovat.
K dispozici jako webová služba
STEME lze nainstalovat lokálně na vašem počítači, nebo lze spustit přes internet na našich serverech.
Dokumentace balení

Požadavky na :

• Python